Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,555,223 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,555,223 | 0 | A | T | 99.6%
| 539.2
/ NA
| 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (106/123); minor base G (0/1); total (106/124) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,555,224 | 0 | G | C | 99.6%
| 530.1
/ NA
| 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (106/123); total (106/125) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,555,225 | 0 | T | A | 98.7%
| 529.0
/ NA
| 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (104/122); minor base C (1/2); total (106/125) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTAGTATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCAGTACCTTGATTCACAGCTTTCTGAACTGGAAAAGTCTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGCTTATTGCCGCGGGTCTGGTTAGCCTGATTGTGGGGAAACAGTAATTATTGCCGCGGGTCTGGTTTCGCACTTTGTGGGGAAACAGTAGTTAATCTCGCAATATATCGGCCTGGCGTTTGCC > CP042583/1554945‑1555494
|||
tattatTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGc > 1:1239795/1‑289 (MQ=255)
tgattTTTTGGCAAGTCAACCACGATGTTTGATGTCATGTTTCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAAACCCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGa < 2:1267189/287‑1 (MQ=255)
tattTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGAt < 1:1947804/289‑1 (MQ=255)
ttttttGGGAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTg < 1:246483/289‑1 (MQ=255)
ttttGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCCCTGGTGGCGATTGCa > 1:808874/1‑289 (MQ=255)
ttttGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCa < 2:851245/289‑1 (MQ=255)
taGGAAACCACGATGTTTGCTGTCACTTTGCGTGTCCTGCTGGTGTTAGCTGCGCTTGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGGGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCg < 2:1316492/288‑1 (MQ=255)
aaGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCg < 1:467190/289‑1 (MQ=255)
aaaCCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATGCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGAt < 1:777392/289‑1 (MQ=255)
cACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTg > 1:1691378/1‑287 (MQ=255)
cACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGt > 2:569335/1‑288 (MQ=255)
tGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCctg > 2:1724835/1‑289 (MQ=255)
gTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCctg > 2:237548/1‑288 (MQ=255)
ttGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCctggc < 1:569335/288‑1 (MQ=255)
ttGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCctggc < 1:1770290/288‑1 (MQ=255)
cTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGgcg > 2:308601/1‑289 (MQ=255)
aTCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCTTGATTGTCTCCTGGCTGGTGGGGCGCGGCGTGa > 2:1830075/1‑289 (MQ=255)
gCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTa > 1:756836/1‑289 (MQ=255)
ttgcttggcTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGcag < 1:156599/282‑1 (MQ=255)
gCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGcag < 1:1954618/277‑1 (MQ=255)
tATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGCTTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGCCGTTAATGGGCAGCCAGCCCCAACTGGTc > 2:651720/1‑289 (MQ=255)
cATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGgc < 1:1756353/289‑1 (MQ=255)
ccacTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGt < 1:1015473/289‑1 (MQ=255)
acTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGAt > 2:1963601/1‑215 (MQ=255)
acTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCtggg > 2:613049/1‑230 (MQ=255)
acTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCtggg < 1:613049/230‑1 (MQ=255)
acTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGTGTGGCGCGGCGGGCAGTTATTGGTCACCCAGCACCAACCGGTCGCCGGGCtggtgggcg > 2:827134/1‑286 (MQ=255)
acTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAg > 1:1254977/1‑289 (MQ=255)
acTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAg > 1:1538697/1‑289 (MQ=255)
acTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAg > 1:51277/1‑289 (MQ=255)
acTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAg > 1:845420/1‑289 (MQ=255)
acTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAg > 1:826570/1‑289 (MQ=255)
cTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACt > 1:911976/1‑268 (MQ=255)
gtctccgtttcagttCTGGTGTGAATCATTGTCAGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTGTCCTTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCTTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCa < 2:759263/276‑1 (MQ=255)
gTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCa < 2:819433/289‑1 (MQ=255)
tCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGcc > 2:1146555/1‑272 (MQ=255)
tCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGcc < 1:1146555/272‑1 (MQ=255)
tCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCAc > 1:95858/1‑289 (MQ=255)
gccgtttcaaTTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGTCGATTTCAGTAGGCGTGCTTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCCGTACGTGTCGCCGGGCTGCCGGTAGGccgtt > 2:1168425/10‑285 (MQ=255)
gccgtttcaaTTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGc > 1:1316613/10‑285 (MQ=255)
aTTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCg < 1:1940432/289‑1 (MQ=255)
gtgtTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATCATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCCGGGTGGGCGCGGCGGGACGTTTATGGGCAGCCAGCCGCACATGGCCGCCGGGCTGCTGGTAGGCCCGGTTTTAGGCTTAgc > 2:1043741/1‑287 (MQ=255)
ccGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGt < 1:318841/288‑1 (MQ=255)
cgcgTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGa > 1:1107075/1‑178 (MQ=255)
cgcgTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTa > 2:40491/1‑288 (MQ=255)
cgTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGgc > 1:104774/1‑242 (MQ=255)
gTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCgg > 1:1135139/1‑289 (MQ=255)
cacaCCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGtt < 2:860922/289‑1 (MQ=255)
acCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGAGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTggg < 2:1542528/289‑1 (MQ=255)
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tttttCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTcgcg < 2:1564782/261‑1 (MQ=255)
tttttCCGTGGATTGAAAAACAGCGGCTAATTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCCGCGGGACGCTACCTCCCCCAACCCTGATTCACTCGTTTCTGATCTGGAAGTCACTGGTGGCGATTTCAGTAGCCGCGATTGTCACCTGGTTGGGTCGGCGCGGCGTCCTGCTAAGGGGCAGCCGGCCGCACCTGGTCCCCCGTCTCCTGGTACTTATTGTTGTAGGCGTTGCGCTGTCTCTCTACGTACCGTTCTGGCCGCTTCTTGcaga > 2:935695/1‑286 (MQ=255)
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aTCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGc > 1:1238692/1‑192 (MQ=255)
aTCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGCTTATTGCCGCGGGTCTGGTTtcgctgattgtggggaaacagtagttaatct < 1:935753‑M1/289‑32 (MQ=255)
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aCGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGCTTATTGCCGCGGGTCTGGTTtcgctgattgtggggaaacagtagttaatctcgcaatata > 1:373558‑M1/1‑249 (MQ=255)
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cgtttctGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGCTTATTGCCGCGGGTCTGGTTtcgctgattgtggggaaacagtagttaatctcgcaatatatcggcctggcgtttgccccaggcctttcttaaacatagtaataaaggccgttgttgaatca < 1:1551042‑M1/287‑102 (MQ=255)
cgtttctGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGCTTATTGCCGCGGGTCTGGTTtcgctgattgtggggaaacagtagttaatctcgcaatatatcggcctggcgtttgccccaggcctttcttaaacatagtaataaaggccgttgttgaatca < 1:1803772‑M1/287‑102 (MQ=255)
|||
TATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTAGTATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCAGTACCTTGATTCACAGCTTTCTGAACTGGAAAAGTCTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGCTTATTGCCGCGGGTCTGGTTAGCCTGATTGTGGGGAAACAGTAATTATTGCCGCGGGTCTGGTTTCGCACTTTGTGGGGAAACAGTAGTTAATCTCGCAATATATCGGCCTGGCGTTTGCC > CP042583/1554945‑1555494
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
