Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,557,083 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,557,083 | 0 | A | T | 100.0%
| 595.6
/ NA
| 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (126/123); total (126/123) |
| * | CP042583 | 1,557,084 | 0 | G | C | 100.0%
| 592.1
/ NA
| 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (126/123); total (126/123) |
| * | CP042583 | 1,557,085 | 0 | T | A | 98.8%
| 581.9
/ NA
| 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (123/123); minor base C (3/0); total (126/123) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
TGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCAGCCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTAGTCCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACAGTCTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTAGTCTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGA‑TGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCAGCGCACGCGATCACCTGGACTCTGCTTTTCGGTTTTGGTTCCGGCGCAACAATGATACTGGGGTTGACGTTCATTGGTCTGCGGGCTAGTTCTGCGCATCAGGCGGCGGCACTCAGCGGGATGGCACAAT > CP042583/1556805‑1557359
|||
gCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGt > 1:594620/1‑289 (MQ=255)
cGCTGGCTTTGACCGGTTTGGGCTGGCAAGGAGCGTTGCTCATGCTGATGTGTATTCCTCTGCTGGCTCTTTGTTTATGGCTGCCACCGTGGAGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑GGTACCGCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCATATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGtt < 2:486668/288‑1 (MQ=255)
tGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTtgc < 2:426766/288‑1 (MQ=255)
ggTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCca < 1:149759/289‑1 (MQ=255)
gTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCcac > 1:1409338/1‑289 (MQ=255)
gggcAAGGCTCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTGTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACACCATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCAc < 2:1110969/288‑1 (MQ=255)
cAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTCTCTGGCGTTCACCGCTTTCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGAGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTACCGGCCATAGCCAAGCACAGGCGGGATCACTGCATGGTTTGATGCAACTAGCCCCAGCGTCACCCg > 2:1230694/1‑289 (MQ=255)
cAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGGATGGTTTTCTGCCACTAGGCCCCGCAGCACCCg > 2:1081574/1‑289 (MQ=255)
cAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTTCAACTAGCCACAGCAGCACCCg > 1:1332179/1‑289 (MQ=255)
cAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCCCCCg > 1:1461733/1‑289 (MQ=255)
cAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTAGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCg > 1:1998704/1‑289 (MQ=255)
cAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTACTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GGCACCTTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCGGGCGATCCTCATCAGTCACGTCTATAGCTAAGCACCGGCGGGTTCCCTGCATGGTGTTCTGCAAATAGCcacacccgatccgg > 2:558184/1‑279 (MQ=255)
gcgTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTg < 1:1081574/288‑1 (MQ=255)
ttGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCCTGGTTTGCTGCAACTAGCCACCGCAGCCCCCGGTTTGCTGa > 2:379956/1‑289 (MQ=255)
ttGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGa < 2:1149229/289‑1 (MQ=255)
tGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGa < 2:92295/288‑1 (MQ=255)
aTGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCAc < 2:594620/289‑1 (MQ=255)
tgtgTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCCCTCCATGGTCTGCCTCGACTAACCCAAGCCGGCCCCGGGTTGCTGACTCCCCtttcttt > 2:510599/1‑285 (MQ=255)
tgtgTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCtt > 1:1001827/1‑289 (MQ=255)
gtTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTAca < 1:2184344/289‑1 (MQ=255)
ttCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTAcatca < 1:1777919/289‑1 (MQ=255)
ttCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTAcatca < 1:1638990/289‑1 (MQ=255)
tCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTAcatcat > 1:979108/1‑289 (MQ=255)
tctGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCAtgtg < 1:909002/289‑1 (MQ=255)
ggCTCTTTTTTTATGGCCGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGAt < 1:2199782/289‑1 (MQ=255)
tttttttATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCg < 2:733737/289‑1 (MQ=255)
tttttttATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCg < 1:1160603/289‑1 (MQ=255)
tttttttATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAAC‑ACAAGGAAATTTGTAGTCCCTCGCGCGCCTTCAATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCg < 2:1382800/289‑1 (MQ=255)
ccACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGcgt > 2:70388/1‑289 (MQ=255)
ggCGAAGTCAACAACATGCAAGTTTG‑CCGACGTCGCGAGCCTTACATACTCGGGGTATCAGGCCTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATCGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACGGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACAGCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGcgttcg < 2:1318171/285‑1 (MQ=255)
ggCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTg < 1:1744592/288‑1 (MQ=255)
gCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTg > 1:605747/1‑287 (MQ=255)
aaGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTg > 1:96300/1‑289 (MQ=255)
aaaTTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGA‑TGTTCGCAGTGGgc > 1:734338/1‑289 (MQ=255)
aaTTTG‑AGTCACCTCCGCGCCTTACGTACTCGGGGTATCTGGCGTCAACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCGCATTTTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGA‑TGTGCGCAGTGGgcg < 2:1263478/289‑1 (MQ=255)
g‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCg < 2:1553231/243‑1 (MQ=255)
g‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCg > 1:1553231/1‑243 (MQ=255)
g‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGA‑TGTGCGCAGTGGGCGCGGtt < 1:389373/289‑1 (MQ=255)
g‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGA‑TGTGCGCAGTGGGCGCGGtt < 1:2048672/289‑1 (MQ=255)
ctcgcgcgCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGA‑TGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGctc < 1:70388/285‑1 (MQ=255)
ctcgcgcgCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGA‑TGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGctc < 1:555544/285‑1 (MQ=255)
ctcgcgcgCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGA‑TGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGctc < 1:1886426/285‑1 (MQ=255)
ctcgcgcgCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTCCAACTATCCACAGGCGCACCCGGTTTTCTGATCCCACTTTTCTTACATCATCTTAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCTGTGCCTTGC‑TTTGTGGAGTGGGCGCGGTggggt > 2:1825584/5‑286 (MQ=255)
cgcgcgCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGcgttcg > 1:1187752/3‑252 (MQ=255)
cgcgcgCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTAATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGA‑TGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGctct > 1:1397092/3‑288 (MQ=255)
gcgcCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGA‑TGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCt < 2:847371/288‑1 (MQ=255)
cagtACTCTGGGTTTGTGGAGTTGTCCGCTTGCCTGTTAGAGTCA‑ATTGTTTCTTGAGTCCAACTCACTGGTCTATTACGTTTTTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCCGTCACGGCTATAGCGCAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCTGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGC‑TGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCa < 2:1964420/286‑1 (MQ=255)
tCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGA‑TGTgcgc > 2:1037862/1‑252 (MQ=255)
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|||
TGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCAGCCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTAGTCCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACAGTCTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTAGTCTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGA‑TGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCAGCGCACGCGATCACCTGGACTCTGCTTTTCGGTTTTGGTTCCGGCGCAACAATGATACTGGGGTTGACGTTCATTGGTCTGCGGGCTAGTTCTGCGCATCAGGCGGCGGCACTCAGCGGGATGGCACAAT > CP042583/1556805‑1557359
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A