Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,574,847 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,574,847 | 0 | A | T | 100.0%
| 466.4
/ NA
| 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (124/72); total (124/72) |
| * | CP042583 | 1,574,848 | 0 | G | C | 100.0%
| 463.5
/ NA
| 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (124/72); total (124/72) |
| * | CP042583 | 1,574,849 | 0 | T | A | 100.0%
| 469.5
/ NA
| 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (124/72); total (124/72) |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GCAACTCTGGTTTTCTTTCTTAGCTGAACAATCTGGTTATAGCGTGCGGACTGACCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTAAGTGCGCCAACACCAAGTAGCATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTAGTACATATATG‑CAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGA > CP042583/1574570‑1575127
|||
tCTGGTTATAGCGTGCGGACTGACCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAgg > 1:1781943/1‑289 (MQ=255)
tCTGGTTATAGCGTGCGGACTGACCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAgg > 1:1297851/1‑289 (MQ=255)
aCTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTg > 1:2133803/1‑288 (MQ=255)
cTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGcc < 2:1702858/289‑1 (MQ=255)
cTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGcc < 2:257078/289‑1 (MQ=255)
tAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGa > 1:1827002/1‑269 (MQ=255)
cATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACg > 1:436228/1‑288 (MQ=255)
aTGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACATCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGgc < 1:128241/289‑1 (MQ=255)
gctgctACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGcgcg < 1:1495074/288‑1 (MQ=255)
ctgctACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAg > 2:1101474/1‑289 (MQ=255)
tgctACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAg < 2:1649207/288‑1 (MQ=255)
aaaaCACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGcc > 2:1763798/1‑259 (MQ=255)
acCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATAACGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGCTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCGGACACGGAAGGCTg > 1:1441751/1‑289 (MQ=255)
cTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGa > 2:1518535/1‑289 (MQ=255)
cAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTggg > 2:1240581/1‑289 (MQ=255)
gCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTAccc < 2:1348523/219‑1 (MQ=255)
atCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGa > 2:2063386/1‑289 (MQ=255)
ttATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTg > 2:1126169/1‑254 (MQ=255)
ttATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATggg > 1:1219385/1‑289 (MQ=255)
ttATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCCAGAGCTGCCCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGCAACAATGGTTGGATtgg > 2:1978992/1‑289 (MQ=255)
aTCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGTAGTACGCGCGAGAGCCGCTGATATTACGGCCCGAGCTGACGGGGGAGGCTGAAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGGGGGGTGGGCcaaa > 2:13734/1‑289 (MQ=255)
ccTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCaaaaaaa > 1:1832234/1‑289 (MQ=255)
ttGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATg > 1:1024522/1‑289 (MQ=255)
tatTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGgaga < 1:1240581/289‑1 (MQ=255)
tatTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGgaga < 2:2133803/289‑1 (MQ=255)
aGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCtgt > 1:193371/1‑289 (MQ=255)
ggTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGc < 2:2011658/258‑1 (MQ=255)
tatataGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAACAATGGTTGGATGGGCAAGAAAAATGGATAAAGTTGAACGTTCTGTGATTaa > 2:348903/1‑289 (MQ=255)
aGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAAt > 2:675984/1‑288 (MQ=255)
ccTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGa > 1:1427843/1‑133 (MQ=255)
ccTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGa < 2:1427843/133‑1 (MQ=255)
ccTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAACATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAAt > 1:1015334/1‑286 (MQ=255)
ccTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCaaa < 2:1228081/249‑1 (MQ=255)
ccTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAAt > 1:1132843/1‑286 (MQ=255)
ccTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAAt > 1:412789/1‑286 (MQ=255)
tATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGaa > 1:629326/1‑289 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTaa < 2:181729/145‑1 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAg < 2:2174602/190‑1 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAg > 1:2174602/1‑190 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGgaga > 2:433084/1‑256 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAAt > 1:872915/1‑289 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAAt > 2:116909/1‑289 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAAt > 2:1377827/1‑289 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAAt > 2:1469145/1‑289 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAAt > 2:2107173/1‑289 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGAGTAAAAATCCTGAAt > 2:964933/1‑289 (MQ=255)
tCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATa < 1:1953051/289‑1 (MQ=255)
tCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATa > 2:1182691/1‑289 (MQ=255)
aaCATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGc < 1:1646866/167‑1 (MQ=255)
aaCATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGATCTGTGATTAAAAATCCTGAATACtttt > 1:1691479/1‑288 (MQ=255)
aCATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACttttc < 1:676379/289‑3 (MQ=255)
ggTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAgg > 2:1507265/1‑188 (MQ=255)
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|||
GCAACTCTGGTTTTCTTTCTTAGCTGAACAATCTGGTTATAGCGTGCGGACTGACCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTAAGTGCGCCAACACCAAGTAGCATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTAGTACATATATG‑CAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGA > CP042583/1574570‑1575127
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
