Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,602,160 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,602,160 | 0 | A | T | 98.9%
| 432.4
/ NA
| 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (82/102); minor base G (0/2); total (84/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,602,161 | 0 | G | C | 99.5%
| 433.4
/ NA
| 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (83/103); minor base A (0/1); total (84/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,602,162 | 0 | T | A | 98.4%
| 434.2
/ NA
| 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (81/102); minor base C (3/0); total (84/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.03e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
GATTCCCGCCTTACCCGCCCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCAGTCCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCAAACGGATTGGTAGCCGATTGAAAAACAGCTATCCGCGTGAACT‑GGTGCGCGATGGGAAACTTTTTACCGGTAACGCCTGACAGCGCACAAAAAAAGCGCACTTTTTGACTGGCACATTCGGCTGCCTCAACTAGG > CP042583/1601880‑1602436
|||
gATTCCCGCCTTACCCGCCCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGat < 1:753917/289‑1 (MQ=255)
gATTCCCGCCTTACCCGCCCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGat < 1:319180/289‑1 (MQ=255)
tCCCGCCTTACCCGCCCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGataat < 1:808804/289‑1 (MQ=255)
tCCCGCCTTACCCGCCCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCACGGTTGGGGATTAAATCTGCCGATCCGCAC‑AACAAAGTGTAACGCTGGCAGACTGAAGTGGTTTGTG‑CTTTTGCCTCACCCGatcac > 2:1957260/1‑286 (MQ=255)
gCCTTACCCGCCCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGa < 2:1006992/289‑1 (MQ=255)
ccTTACCCGCCCCCAAATCAAAAGTCGGTAATGTTCCGTTCAGGCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGaa < 2:2092320/289‑1 (MQ=255)
aCCCGCCCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCa > 1:1700168/1‑289 (MQ=255)
ccGCCCCCAACTCCAAAGTCGGTAATTGTCCGGTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCAtt < 2:1893502/289‑1 (MQ=255)
ccGCCCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCAtt < 2:1238177/289‑1 (MQ=255)
ccGCCCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCAtt < 2:207402/289‑1 (MQ=255)
ccccAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGa > 1:1614507/1‑288 (MQ=255)
ccccAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAAACGCACAAACAAGGGTTA‑CGCTGGCAGCATGACGCGGTTATTGTCACTTCCCA‑CCCCGAAAATATGAATGAATTCgga > 2:9467/1‑287 (MQ=255)
cAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTACCCGTGGCCGCATGAAGCGGTTATTG‑ATCTTGCCTCACCCGAAAATATTGATGCAttacggctt > 2:13042/1‑282 (MQ=255)
aaTACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCTCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGCTTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAAACGCAA‑CACAAAGGTTAACCATGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑ATCTCCCCTCACCCGACAATATGAATGCTTTcttactgac > 2:168677/1‑281 (MQ=255)
aaaGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGc > 1:829068/1‑289 (MQ=255)
aaGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCa < 1:1289029/289‑1 (MQ=255)
aGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCAtt < 1:228664/273‑1 (MQ=255)
aGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAg > 1:368627/1‑289 (MQ=255)
aGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAg > 1:611998/1‑289 (MQ=255)
ttCGATAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAgg < 1:2022413/288‑1 (MQ=255)
tCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGa < 1:1689882/279‑1 (MQ=255)
gTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAg < 2:1187565/288‑1 (MQ=255)
aaTTTTCCGGTCAGCCCGGTGAAAGGTCGGGAAGGTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGGTTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑Cgg < 2:1988701/289‑1 (MQ=255)
aTTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑Cgga < 1:1376053/289‑1 (MQ=255)
tCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGgaggag > 1:584820/1‑289 (MQ=255)
ttCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑Cggag > 2:369577/1‑282 (MQ=255)
gAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGgcg < 1:211836/288‑1 (MQ=255)
aaGATCGCGAAGCGGGAAAAATTCGGCAGGCGGCTAAAGGGGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGAATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGcgcg < 2:1693493/288‑1 (MQ=255)
aaGATCGCGAACCTGGACAAATGCGTCAGGCGGCTACAGGGGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGACCTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGa < 2:623950/289‑1 (MQ=255)
gATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGGGGGAATGCGGGCGCGATg > 2:1017179/1‑289 (MQ=255)
gATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTGGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCCCACCCGATAATATGAAAGCATTCGAGCTTACACCGCGGGACGCCGGAGG‑GTGGTGTCGCGGGCGCGag > 2:1279826/1‑287 (MQ=255)
cgcgAAGCTGGACAAATTCGGCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCTTCATCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCGGGAAG‑CGGAGGAGTGGTGTCGCGGGGGCGTTGttt > 1:2199004/1‑289 (MQ=255)
gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGttt > 1:1172257/1‑288 (MQ=255)
aTTCGTCCGGCGGCTACAGTGGATGGCTTAAACTGGGGTGACAACGTGCGCCGCTGGCAGCGTGACAAAGAGCTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATGGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCGCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCgcgc < 2:1802141/289‑1 (MQ=255)
aTTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCgcgc < 1:1957260/289‑1 (MQ=255)
ggcggcTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGc < 2:1629509/288‑1 (MQ=255)
cggactcAGGTGGTGGATTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCGCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTCAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGc < 2:1737448/280‑1 (MQ=255)
ggcTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGga < 1:527785/288‑1 (MQ=255)
ggcGACAGGTGTTGGCTTAGAATGGGATGAAAACCTACGGCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGTTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CGCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGga < 2:1495451/288‑1 (MQ=255)
taagggTGTTTGCGTAGACGGGGGTGCAAGCCTGCGACTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGGTGTTCCCGGTGGGCATTGCAGACCTGCTCGGTAAAGTCCAATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGAAC‑AACAAAGGTTATCGCGGGCAGCATGAAGCAGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGgatgat < 2:2006574/285‑1 (MQ=255)
tACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGgatgat < 1:859867/289‑1 (MQ=255)
gtTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACGGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTgg < 1:358935/289‑1 (MQ=255)
ttGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGt > 2:336379/1‑289 (MQ=255)
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tGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGGGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCCCCAGTGGCGGGTGGTGTATTgggt > 2:1284757/1‑287 (MQ=255)
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aTCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCAAACGGATTGGTTCGCGATTGAAAAACAGCTATCCGCGTGAACT‑GGTGCGCGATGGGAAACTTTTTACCGGTAACGCCTGACAGCGCACAAAAAAAGCGCACTTTTTGACTg > 2:391763/1‑288 (MQ=255)
aTCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCAAACGGATTGGTTCGCGATTGAAAAACAGCTATCCGCGTGAACT‑GGTGCGCGATGGGAAACTTTTTACCGGTAACGCCTGACAGCGCACAAAAAAAGCGCACTTTTTGACTg > 1:1405079/1‑288 (MQ=255)
agcaTGAGGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCAGTCGAGCTGACACCGCAGGAGG‑GGGGGGAGTGGTTTCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCAAACGGATTGGTTCGCGATTGAAAAACAGCTATCCGCGTGAACT‑GGTGCGCGATGGGAAACTTTTTACCGGTAACGCCTGACAGCGCACAAAAAAAGCGCACTTTTTGACTGGCACATTCg < 2:1037663/288‑1 (MQ=255)
gAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCAAACGGATTGGTTCGCGATTGAAAAACAGCTATCCGCGTGAACT‑GGTGCGCGATGGGAAACTTTTTACCGGTAACGCCTGACAGCGCACAAAAAAAGCGCACTTTTTGACTGGCACATTCGGCTGc > 1:1318141/1‑288 (MQ=255)
aTTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGGGCTGAAACCGCAGGAAG‑CGGAGGGGTGGTATCGCGGGCGGGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCAAACGGATTGGTTCGCGATTGAAAAACAGCTATCCGCGTGAACT‑GGTGCGCGATGGGAAACTTTTTACCGGTAACGCCTGACAGCGCACAAAAAAAGCGCACTTTTTGACTGGCACATTCGGCTGCCTCAACTAgg < 1:1012676/289‑1 (MQ=255)
|||
GATTCCCGCCTTACCCGCCCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCAGTCCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCAAACGGATTGGTAGCCGATTGAAAAACAGCTATCCGCGTGAACT‑GGTGCGCGATGGGAAACTTTTTACCGGTAACGCCTGACAGCGCACAAAAAAAGCGCACTTTTTGACTGGCACATTCGGCTGCCTCAACTAGG > CP042583/1601880‑1602436
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
