Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,602,160 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,602,160 | 0 | A | T | 100.0%
| 342.9
/ NA
| 147 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (74/73); total (74/73) |
| * | CP042583 | 1,602,161 | 0 | G | C | 98.6%
| 339.5
/ NA
| 147 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (74/71); minor base A (0/2); total (74/73) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,602,162 | 0 | T | A | 98.6%
| 336.1
/ NA
| 147 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (72/72); minor base C (2/0); total (74/73) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
TCCCGCCTTACCCGCCCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCAGTCCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCAAACGGATTGG‑TAGCCGATTGAAAAACAGCTATCCGCGTGAACTGGTGCGCGATGGGAAACTTTTTACCGGTAACGCCTGACAGCGCACAAAAAAAGCGCACTTTTTGACTGGCACATTCGGCTGCCTCAACTA > CP042583/1601883‑1602434
|||
tCCCGCCTTACCCGCCCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGataat > 1:103079/1‑289 (MQ=255)
tCCCGCCTTACCAGCCCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGataat < 2:123610/289‑1 (MQ=255)
aCCCGACCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCa < 2:1675042/289‑1 (MQ=255)
ccGCCCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCAtt < 2:1437293/289‑1 (MQ=255)
ccGCCCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTCCAGCCCGGGTAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCAtt < 2:1909399/289‑1 (MQ=255)
cccccAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTCCCCTTGCCTCACCCGATAATATGAAttcctgcga > 2:1411660/1‑281 (MQ=255)
ccccAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGa > 1:660308/1‑288 (MQ=255)
aTACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGaca < 1:1929264/289‑1 (MQ=255)
aaaGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGATATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGc > 1:969740/1‑289 (MQ=255)
cGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAgg < 2:103079/287‑1 (MQ=255)
aagttacctttgcgCCCGGGGAAAGATGGGTAAGGTGGAAGAAGTCGTAAGGAGGCTACAGGTCTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTGGTTCCCGGGGGGTATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTGGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTAGCCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCg < 2:1233950/275‑1 (MQ=255)
ttccggtgcgCCCGGAGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATTAAAACCGGCGACTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCTGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCggagga < 2:1792167/280‑1 (MQ=255)
tCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCggag < 2:1395443/286‑1 (MQ=255)
tCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGgaggag > 1:1678344/1‑289 (MQ=255)
cGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCgg < 2:1983089/289‑1 (MQ=255)
tGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGgc > 2:601541/1‑288 (MQ=255)
gATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCTCGGTGGGCATTGAAGCCTTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTAGGTTGGGGATTAAACTTGACGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGTTTATTGCTCTTTCCTCCACCGATATTATGAATGCATTCGAGTTGACACCGCAGGAAGCTGATGTGTGGTATCGTGGgcgtgctg > 2:398744/1‑284 (MQ=255)
cgagAAGCTGGACAAATTCGTCAGGGGGCTACCGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGGGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGtt < 2:1572918/285‑1 (MQ=255)
gcgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGttt > 1:1553078/1‑288 (MQ=255)
cgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGTGGGGTATCCGGGGCGGGATGTTTa > 1:1948691/1‑288 (MQ=255)
cgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTgg > 1:46157/1‑268 (MQ=255)
cgAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTa > 1:1771219/1‑288 (MQ=255)
gCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCg < 2:1213733/288‑1 (MQ=255)
cTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGCTTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGTGTGTTATCGCGGGCGCGAGGTTTACCCGCa > 2:177062/1‑289 (MQ=255)
aCAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGc < 1:1233467/288‑1 (MQ=255)
aaTTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCcgcg < 1:1552266/289‑1 (MQ=255)
cggcggcGACAGGTGTTGGCGTAAACTGGGATGAAACCCCGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTGGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGc < 2:1055883/288‑1 (MQ=255)
cggcTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCgg < 2:1140047/288‑1 (MQ=255)
cggcTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCT‑GCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGga < 1:295354/288‑1 (MQ=255)
ggcTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGga < 1:1411660/288‑1 (MQ=255)
ggcTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGga < 1:555954/288‑1 (MQ=255)
cTAAAGGTGTTGGGTTAAACTGGGATGAAACCCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGgatg < 1:180155/288‑1 (MQ=255)
ggCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTa < 1:601541/289‑1 (MQ=255)
ttAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGCGAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCCGCCCCTATGTTTACCCTCACGTCGCGCCAGTGGCGGATGCTGTAATgggtcact > 2:1537104/1‑283 (MQ=255)
aaaCTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACttt > 1:588724/1‑288 (MQ=255)
aaCTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGga < 1:1430138/269‑1 (MQ=255)
tGAAACCTTGAGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTGGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCaa < 2:959075/289‑1 (MQ=255)
aaccgtcgcCTTCGGGAGCGTGACAAAGGGTTTGGGTTGTTCCCGGTGGGCAGTTGAGCCCTGATCGGTAAAGTCCTATTTTCTCAGTTGGGGATTGAACTGGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCTCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGa < 2:1730792/283‑1 (MQ=255)
aCCTGCGCCTGTGGCCGCGTTACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGAGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGAt < 2:1227385/289‑1 (MQ=255)
aCCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGAt > 1:618811/1‑289 (MQ=255)
tGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTgg > 1:915079/1‑289 (MQ=255)
cgcCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGtt > 2:511331/1‑289 (MQ=255)
ggCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCaa < 1:177062/289‑1 (MQ=255)
gtgGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCAAACGGATTGG‑TTCGCGATTg > 1:782527/1‑289 (MQ=255)
tgGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCgcgc > 1:30649/1‑214 (MQ=255)
tgGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCACAACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTGCTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAGCGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCa < 2:543802/216‑1 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
