Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
RA |
CP042583 |
697,740 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | CP042583 | 697,740 | 0 | A | T | 98.8%
| 567.0
/ NA
| 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (107/131); minor base G (1/2); total (108/133) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
* | CP042583 | 697,741 | 0 | G | C | 99.2%
| 563.6
/ NA
| 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (106/131); total (108/133) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
* | CP042583 | 697,742 | 0 | T | A | 99.6%
| 566.9
/ NA
| 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (107/132); minor base G (0/1); total (108/133) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
ATTGTTATTCCCCGGATGCGCGTTGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGAGTTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCAGCTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCA > CP042583/697461‑698021
|||
tgcccGGGTGCGCGGTGAGCCTTCCAGCGACAACGAAGAGCAGCATATGGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCtt < 2:1478924/287‑1 (MQ=255)
ccGGATGCGCGTTGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGAt < 2:631486/289‑1 (MQ=255)
gcgTTGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAg < 2:793702/288‑1 (MQ=255)
tGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGGAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCCGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGAt < 1:888521/289‑1 (MQ=255)
tGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGa < 2:1120158/288‑1 (MQ=255)
tGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGAt < 2:1109234/289‑1 (MQ=255)
cTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCt < 1:956446/289‑1 (MQ=255)
aTCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGcc < 2:808376/289‑1 (MQ=255)
aTCGACAACGAAGAGCAGCATAGTGCCGAAATGGCGGCCTGTGTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACGTCTCGGTATGTTGTTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCTCTTTCTCGACTAGGTGACGGACTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGACCTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGcc < 2:1535488/289‑1 (MQ=255)
gACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAgg < 1:1391875/289‑1 (MQ=255)
aCAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCC‑TTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTTCTCAGCCAGGt > 1:1872153/1‑288 (MQ=255)
cGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCat < 1:48833/289‑1 (MQ=255)
cGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCat > 1:21327/1‑289 (MQ=255)
caTATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGCCGGATTTACGTCTGCTGTTGCTGGTTCAGGGCGCTCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGACCTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACCGTGCGCGCCGCGTTCTGGTGGGCTTCCCGTACTTTCACGACGGGCTTCTGTTTGCAGTGGATCTGCTCAGCCAGGTGCctagcacccaac > 2:1651340/1‑280 (MQ=255)
caTATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGc < 2:947066/270‑1 (MQ=255)
caTATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGc > 1:947066/1‑270 (MQ=255)
caTATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCCCCAACGGTGACCGCAGGGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGATGGGCTGGATGTGAAAGGTGATCTGCTTAGCCGGGTGCTTATCACCaaaa > 2:1752374/1‑289 (MQ=255)
tGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCt > 1:1456220/1‑289 (MQ=255)
gAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTc < 1:773693/289‑1 (MQ=255)
ctaatggtagtgctttgCCGGATGCAGGTGGTGAGCAAAAAACTTCTGGGTTGGTTGAGACTGGTTGTCAGAGGCAGGGCGATGCTGCTCTTATTCGACTAGGGGATGAGTTTACGTATGATGTTGTTGGTTCAGAGCGTTCAGCCGCGTTACCGGTTAGTTGAACTGCACCTTAACGGCGTCGCCAGCGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGATAGGTGATCTGCTCAGCCAGTTGCATATCCACAAAATCGCTTTTc < 2:228436/276‑1 (MQ=255)
aaaTGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTc < 2:1701136/288‑1 (MQ=255)
cTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGa < 2:696645/288‑1 (MQ=255)
ttttCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAg < 1:108789/289‑1 (MQ=255)
ttCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGcc < 1:428484/289‑1 (MQ=255)
aagccgtgggggggCAAAAAACTCTTCGGTATGTTGGTACTTGTTGCCAGCGGACGGGGGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCggtg < 2:13043/275‑1 (MQ=255)
aaGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCggtgg > 1:1826342/1‑289 (MQ=255)
tGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAt < 1:1118458/286‑1 (MQ=255)
tGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCa > 1:1025898/1‑288 (MQ=255)
tGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCa < 1:1220628/288‑1 (MQ=255)
ctcGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGa > 2:26692/1‑289 (MQ=255)
gTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCTGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAAc < 2:61264/288‑1 (MQ=255)
tGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTa < 1:1693741/289‑1 (MQ=255)
gTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTa > 2:1412614/1‑288 (MQ=255)
tttGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCATCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAGAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGTCAGCCCGGCGGTGAGCCCCGACGGGAAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTag > 2:49530/1‑287 (MQ=255)
tttGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGa < 2:565259/236‑1 (MQ=255)
tGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCCGGTGCATATCACCAAAATCGCCTTTCCGCCCATCGACAGCCCggtg > 2:1264479/1‑244 (MQ=255)
cAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAg < 2:441831/179‑1 (MQ=255)
cAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAg > 1:441831/1‑179 (MQ=255)
cGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGcc > 1:823946/1‑233 (MQ=255)
ggAGGGGGGATGCGGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTg < 2:1783904/286‑1 (MQ=255)
gACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCGCCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGt > 1:896350/1‑289 (MQ=255)
ggtttCTCGACTAGGGGACGGAGTTACGGCTGATGTTGATGGTTCAGGGGGATCAGCAGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTCATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGa < 2:1266616/286‑1 (MQ=255)
ttCTCGACTATGGTACGGATTTACGTCTGATGGTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTTCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAgcgc < 2:1669491/289‑1 (MQ=255)
tctcGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAACAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAACGCCTGCCgcgctc > 2:1642371/1‑286 (MQ=255)
aTGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGcctcgttta > 1:1188617/1‑281 (MQ=255)
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caaaTTTACGTCTGATGGTTCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGATCTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCATCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATATGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGa < 1:1258672/285‑1 (MQ=255)
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gCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCGTGATTTGAAAGGTGATCTGCGCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATg < 2:1240812/288‑1 (MQ=255)
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ATTGTTATTCCCCGGATGCGCGTTGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGAGTTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCAGCTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCA > CP042583/697461‑698021
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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A