Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
RA |
CP042583 |
697,902 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | CP042583 | 697,902 | 0 | A | T | 99.2%
| 562.6
/ NA
| 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (123/115); minor base C (2/0); total (126/115) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
* | CP042583 | 697,903 | 0 | G | C | 100.0%
| 569.9
/ NA
| 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (126/115); total (126/115) |
* | CP042583 | 697,904 | 0 | C | G | 99.2%
| 562.3
/ NA
| 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (124/115); total (126/115) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
ATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGAGTTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCAGCTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCGGGCGCGGG > CP042583/697621‑698180
|||
tttACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑ca < 1:1805938/288‑1 (MQ=255)
ttACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGATTGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTTGAAATCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑cag > 2:1963879/1‑288 (MQ=255)
ttACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑cagc > 2:437122/1‑289 (MQ=255)
ttACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑cag > 2:1539625/1‑288 (MQ=255)
ttcGTTTGATTTTGAGGGTTCGGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGAACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑cagca < 2:2210014/287‑1 (MQ=255)
gATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTgg > 1:563443/1‑288 (MQ=255)
gTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGa < 1:1963879/289‑1 (MQ=255)
gTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGa < 1:1539625/289‑1 (MQ=255)
cTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTTATT‑AAGCAGGTTGGGCGACTGa > 1:798419/1‑289 (MQ=255)
ggCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGcc > 1:84478/1‑289 (MQ=255)
gCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGc < 1:1221763/287‑1 (MQ=255)
aTCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACgg > 1:914021/1‑289 (MQ=255)
aTCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACgg > 1:438846/1‑289 (MQ=255)
cgTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTggg > 2:2231217/1‑289 (MQ=255)
cactttaaGTTGAACTGCACCGCAAAAGCGCCGCCAACGTGGGGGGCGTCGTGCTGTTGCTATAAAAGCCATTTGCCTAAGTGCTTGTTTTGAAAGGTGATATGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCAGCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGCGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑Ga < 2:849990/282‑1 (MQ=255)
cGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAg < 1:766637/289‑1 (MQ=255)
cGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGACGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAg < 2:563443/289‑1 (MQ=255)
gTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGT‑GAAGt > 2:1911912/1‑289 (MQ=255)
ttGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTa > 2:511290/1‑288 (MQ=255)
cTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTCTCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTACCCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTAc > 1:718925/1‑288 (MQ=255)
cACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTTCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGCTT‑CAGCCGGTTGGGCGACTTCTT‑CGAAGCCCCGGTTGCTGGGGC‑GAAGTTGTTATCTACGACa > 2:1520764/1‑289 (MQ=255)
cACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGTGGGGGC‑GAAGCGGTTAGCTACGACa > 2:229551/1‑289 (MQ=255)
cAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAAc > 1:2221785/1‑287 (MQ=255)
aCGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGCTT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCtt > 2:2072336/1‑288 (MQ=255)
gcgTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGTGGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCt < 1:1029399/289‑1 (MQ=255)
cgTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTg > 1:1420084/1‑289 (MQ=255)
tCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGa > 1:484791/1‑230 (MQ=255)
tCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGa < 2:484791/230‑1 (MQ=255)
gCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCa > 1:1799054/1‑289 (MQ=255)
gTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTg > 2:531344/1‑244 (MQ=255)
gTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTg < 1:531344/244‑1 (MQ=255)
cgcAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCa > 1:425482/1‑289 (MQ=255)
gcAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCa < 1:229551/288‑1 (MQ=255)
gTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGa < 1:2055873/288‑1 (MQ=255)
gTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGa < 2:757735/288‑1 (MQ=255)
gTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGa < 1:1010316/288‑1 (MQ=255)
gtggGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTg < 2:1070867/288‑1 (MQ=255)
tggGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAGATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGa > 1:1910302/1‑289 (MQ=255)
tgcgcttacggtcatttGCCGAAGGGCTTGATTTGACAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCGTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTgg < 2:2130027/274‑1 (MQ=255)
gggCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGa < 2:1549402/288‑1 (MQ=255)
ggCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGAt > 1:343671/1‑288 (MQ=255)
cTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGTAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAATCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTCATT‑CGAAGCCACGGTTCTTGGGGG‑CAAGTGTTTATCTATGACCAACTCTTGCTCACCAACATTTGTGGCAACCGACGACTGGATGCa > 2:948810/1‑289 (MQ=255)
cTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAACATTATGGCAAGCGACTACTGGATg > 2:1927636/1‑287 (MQ=255)
cTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCa > 1:1439670/1‑289 (MQ=255)
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cAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCg > 1:1386893/1‑289 (MQ=255)
aGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCGGgc < 1:695752/289‑1 (MQ=255)
gCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGaa < 2:445382/160‑1 (MQ=255)
gCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCGGGCGCggg > 1:1626722/1‑289 (MQ=255)
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ATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGAGTTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCAGCTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCGGGCGCGGG > CP042583/697621‑698180
|
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A