Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
RA |
CP042583 |
697,902 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | CP042583 | 697,902 | 0 | A | T | 97.7%
| 619.0
/ NA
| 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (134/126); minor base C (5/1); total (140/127) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-01 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
* | CP042583 | 697,903 | 0 | G | C | 99.6%
| 630.1
/ NA
| 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (139/127); total (140/127) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 |
* | CP042583 | 697,904 | 0 | C | G | 99.6%
| 631.3
/ ‑3.7
| 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (139/127); minor base . (1/0); total (140/127) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
GTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGAGTTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCAGCTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCGGGCGCGGGA > CP042583/697623‑698181
|||
cGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGAt > 1:1908491/1‑289 (MQ=255)
aTTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTca > 1:1226425/1‑289 (MQ=255)
aTTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTca > 1:1489273/1‑289 (MQ=255)
gttAGGTCTGAATTTGCGGCTTCGGGGGCATCAGCCGAGTT‑GCGTGTACGTTGAACTGACCCGCAAACGCATAGCCAACGGTGTGCGCCGAGGGCTGGTGGGCTTACAGTCAGTTGCCGACGGGCTTGATTTGATAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCAGCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGCG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTca < 2:45468/287‑1 (MQ=255)
tACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTcagca < 1:1128012/289‑1 (MQ=255)
aCGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTcagcag > 1:1014294/1‑289 (MQ=255)
gTTGGTGGTTCAAGGCGGTCAGCCGCGTTGAGTTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGGGAGGGCCGGGTGCTGGTGGGCTTACAGGCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGa < 2:1456220/289‑1 (MQ=255)
tgcggtcagcgcggTTACCGGTTG‑GTTAAGCGGCACCGCAAACGCGCCGCCAACGGTGAGCGGAGTGTGCTGGTGGGCTTACCGTCATTTGGCGAAGGGGTTGATTTGAAAGTTGTTCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGGGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGc < 2:477660/275‑1 (MQ=255)
ggCGATCAGCCGCGTTACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCCCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACAGATTccacgc > 2:797533/1‑283 (MQ=255)
gggttCAGCCGCGTTACCGTTTA‑GTAGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGcc < 2:643194/284‑1 (MQ=255)
gCGATCAGCCGCGTTACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTTCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCTAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGc < 1:306130/287‑1 (MQ=255)
cGATCAGCCGCGTTACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCa < 1:26692/288‑1 (MQ=255)
gctCAGCCGCGTTACCGTTTA‑GGTGAACTGCACCGCAAACGCGGCGCCAACGGTGAGGGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACg < 2:1025898/287‑1 (MQ=255)
aTCAGCCGCGTTACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCCACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCCAT‑CGCCTCGTTTACCCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACgg > 2:534639/1‑289 (MQ=255)
aTCAGCCGCGTTACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACg < 1:40420/288‑1 (MQ=255)
tCAGCCGCGTTACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGt > 1:356291/1‑289 (MQ=255)
cgcgTTACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTg < 1:1642371/286‑1 (MQ=255)
cgcgTTACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTg < 1:592221/289‑1 (MQ=255)
ttACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGCCAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGACTGGCTGAAAAGCCTCAACAGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTTGCTCTAAGCCCCGGGTTCAggggg > 2:24583/1‑288 (MQ=255)
tACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCg > 1:1021707/1‑289 (MQ=255)
cggttagtgcaccagCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGGGTGCTGGTGGGCTTACAGTCGTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACCAACTCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAg < 2:1047787/275‑1 (MQ=255)
ttA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTgg < 1:129834/289‑1 (MQ=255)
ttA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTgg < 1:19285/289‑1 (MQ=255)
ttA‑GTGGAACTGCACGGCAAAGGGGTGGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCGCCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTgg < 2:896350/289‑1 (MQ=255)
tA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGt > 1:1117589/1‑289 (MQ=255)
aaCTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCt > 1:931439/1‑288 (MQ=255)
cACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCAc > 1:1736840/1‑258 (MQ=255)
cACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACa > 1:626747/1‑289 (MQ=255)
cACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACa > 1:1845687/1‑289 (MQ=255)
cACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACa > 2:684342/1‑289 (MQ=255)
ccGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACaa > 1:1719545/1‑288 (MQ=255)
cAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGCAAAGCCTCCACCGCTATCCGTTTGAGGTCCAAAGCCTGCCGAG‑CCCCGCGTTTAACCTACTTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGTCCGAGTGGTTACCTACTACaactc > 2:1848718/1‑285 (MQ=255)
cAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGc > 1:1746400/1‑250 (MQ=255)
cAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGc < 2:1746400/250‑1 (MQ=255)
gcgTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTggg > 2:171086/1‑258 (MQ=255)
gcgTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCt < 1:176681/289‑1 (MQ=255)
cGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGccc > 2:905812/1‑289 (MQ=255)
cGGTGAGCGCCGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGCTTTGCAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGTCAGCCCGGTGGTGATCACCGACGGGGACTGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGCGGTGCCAAGCCTGCCGAGTCGCTCG‑TTTAACTTGATTCAGCCGGGTGGGCGCCTGATTCGAATCCCCGCTTGCTGGCGCGATGTGGTTATCTACTCCAAACGCATTCTTACCaactct > 2:1499135/1‑285 (MQ=255)
cGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAAt > 1:30026/1‑289 (MQ=255)
aGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGc < 1:724710/273‑1 (MQ=255)
aGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATg > 1:1165790/1‑288 (MQ=255)
aGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCATGc > 2:724710/1‑273 (MQ=255)
gCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGACTGGCTGAACAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CCCCTCGTTTAACCTGATACAGCAGGTTGGGCGACTGACTCGAAGCCACGGTTGCTGGTGCGAAGTGGTTATCTACGACAAATGCTTGCTGCCCAAAAATTAGGGCAAGCg > 2:322017/1‑289 (MQ=255)
tggtggGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGactact < 1:1453102/289‑1 (MQ=255)
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gCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGTTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGACTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTAGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATg < 1:1738528/288‑1 (MQ=255)
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gCCGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCGGGCGCggg > 1:664476/1‑289 (MQ=255)
cGAG‑CGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCGGGCGCGGGa < 2:254227/288‑1 (MQ=255)
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GTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTA‑GTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGAGTTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAG‑CGCCAGCTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCGGGCGCGGGA > CP042583/697623‑698181
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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A