Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,519,737 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,519,737 | 0 | A | T | 99.5%
| 483.3
/ NA
| 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (103/101); minor base C (1/0); total (104/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,519,738 | 0 | G | C | 100.0%
| 478.1
/ NA
| 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (104/101); total (104/101) |
| * | CP042583 | 1,519,739 | 0 | C | G | 98.5%
| 466.6
/ NA
| 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (100/101); minor base T (3/0); total (104/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
ATTGTGGCGCTGTGGCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATGTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATAGCCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGAGCCTGAGCGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGC > CP042583/1519458‑1520018
|||
ttGTGGCGCTGTGGCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATGTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCt < 2:1669222/288‑1 (MQ=255)
cgcTGTGGCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATGTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGT‑GATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGcc > 1:1427172/1‑287 (MQ=255)
tgGCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATGTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGc > 1:283659/1‑289 (MQ=255)
ggCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATGTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGc < 1:1076727/288‑1 (MQ=255)
ggCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATGTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGc < 2:828615/288‑1 (MQ=255)
ggCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATGTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGc < 1:740863/288‑1 (MQ=255)
ccTGGGCCGAAATGGCAGCGTATGTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCaa < 1:1496343/288‑1 (MQ=255)
ggCCGAAATGGCAGCGTATGTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATg > 1:229150/1‑286 (MQ=255)
aaaTGGCAGCGTATGTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTCTGACTATTTCCCGTATTTCACTCAGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGACAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTCTTGAGCTAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTTTGCTGGATTCGCTGGGCTCCAGCCGCTGCCAATGCCTGa > 2:1722518/1‑286 (MQ=255)
aaaTGGCAGCGTATGTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGa > 1:1845257/1‑286 (MQ=255)
aaaTGGCAGCGTATGTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCCCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCTTTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTCTTGAGCGCAAAATGGCTGTGTCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGATGTGCTTAAGCCGCGGGACATGCCCGAACt > 2:793028/1‑289 (MQ=255)
gTATGTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGtt < 2:127028/289‑1 (MQ=255)
tgCGGCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGcc < 1:472587/287‑1 (MQ=255)
cgcCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTTCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTc > 2:713862/1‑288 (MQ=255)
cccGTCTGCCGTGGCTGTTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCg > 1:1225110/1‑288 (MQ=255)
cccGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCg > 1:806034/1‑288 (MQ=255)
cGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCTACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTc > 2:1645606/1‑288 (MQ=255)
tCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGT‑GATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCgcgc < 2:1427172/289‑1 (MQ=255)
gCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGGAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCt < 1:18588/289‑1 (MQ=255)
gTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTgcg < 1:901081/289‑1 (MQ=255)
ggCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTgcgc < 1:794798/288‑1 (MQ=255)
gctgctCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTg > 1:166466/1‑289 (MQ=255)
ctCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCCGCAGGTCATTGTGCTGGATCCTCTGGGCTACAGCCGCGGCCACTGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCCCGGCTGGCat > 2:310989/1‑288 (MQ=255)
aTTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGa > 1:1761983/1‑289 (MQ=255)
aTGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGc > 1:531938/1‑289 (MQ=255)
tgtgGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCg > 1:981664/1‑289 (MQ=255)
gtgGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCTCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGGCCTCCGTCGCCCCGTCGCTGGCAATGGCGATGcgtgcgg > 2:145725/1‑283 (MQ=255)
gtgGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCt < 2:1325975/264‑1 (MQ=255)
gtgGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTCGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCt < 1:317309/284‑1 (MQ=255)
gCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGGttg > 2:891202/1‑289 (MQ=255)
caGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTggtc > 1:639837/1‑286 (MQ=255)
cgcCCTGCGGCTCTTGGGTGGCGGCGGCCTGCTTGATGACGATTTCCCTTGTTTCACTCCGCCAATGGACCGTATTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCGTTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTggtcgct < 2:1556230/288‑6 (MQ=255)
gcCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGGGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTggtcgctgt < 2:933166/289‑8 (MQ=255)
gcCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTggtcgctgt < 2:489386/289‑8 (MQ=255)
ctTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGAt < 2:104138/289‑1 (MQ=255)
tttGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGAt > 1:218515/1‑260 (MQ=255)
ttGCTGACGGGGGGTTGCTTTATGACTCTTTCCCGTATTTCACTCCGCAAATGGACCGATTTGGAATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGAtgt < 2:1208406/289‑1 (MQ=255)
tGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCGGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGAtgtg > 2:1108514/1‑289 (MQ=255)
gctgctTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATtct < 1:1051550/288‑1 (MQ=255)
gctTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCggg < 1:1877780/289‑1 (MQ=255)
gctTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCggg < 2:681615/289‑1 (MQ=255)
tATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAg > 1:1535323/1‑289 (MQ=255)
tATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCACTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAg > 1:373730/1‑289 (MQ=255)
tGACTATTTCCCGTATCTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCTCTGTGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGCCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCCATGTCGACGCTCTCGCTTGTTTCCTTGTCGCTGTCGGCCGTGGATGTGGCATTTATTCTCGCGCCCGGt > 2:1793727/1‑289 (MQ=255)
gACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTa < 1:1713487/289‑1 (MQ=255)
aTTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCCATGCCTGAACTGGCTTCTGTTGCCCTCCGTCGCCCCTGCCCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTTTTGCCTTGTCGCTGTCGGTCGTTGATGTGGCAATTCGTCCCCGGCTAGGTCATc > 2:1765568/1‑288 (MQ=255)
aTTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATc > 1:13498/1‑288 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A