Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,519,737 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,519,737 | 0 | A | T | 99.5%
| 499.7
/ NA
| 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (108/104); minor base C (1/0); total (109/105) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,519,738 | 0 | G | C | 99.5%
| 496.8
/ NA
| 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (108/104); total (109/105) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,519,739 | 0 | C | G | 99.1%
| 501.2
/ NA
| 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (107/104); minor base T (1/1); total (109/105) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
ATTGTGGCGCTGTGGCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATG‑TGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATAGCCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGAGCCTGAGCGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCG > CP042583/1519458‑1520014
|||
aTTGTGGCGCTGTGGCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATG‑TGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCt > 1:625048/1‑289 (MQ=255)
ttGTGGCGCTGTGGCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATG‑TGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTa < 1:941169/289‑1 (MQ=255)
ttGTGGCGCTGTGGCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATG‑TGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTa < 1:1524359/289‑1 (MQ=255)
ttGTGGCGCTGTGGCCTGCGCCGAAATGGCAGCGTATG‑TGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTa < 2:1315854/289‑1 (MQ=255)
gtgGCGCTGTGGCGTGGGCCGAAATGGCAGCGTATG‑TGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCAACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACa < 2:96032/289‑1 (MQ=255)
tgGCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATG‑TGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGc > 1:554821/1‑289 (MQ=255)
tgGCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATG‑TGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCGCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCACTGGCCCGATTTGGCATCTGTATGGGCCCTACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAACCGCAGTATTTCTCGCAAACTCGCTGTTGGAGGCGTTCATTGTGATGGAATCTCTCGGCTAACGCCGCTgt > 2:790094/1‑287 (MQ=255)
tgCCCGGGCCGGAATGGCAGCGTATG‑TGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCCCGCCATTCCCCATGTTGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGGCCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGc < 2:1843491/287‑1 (MQ=255)
ggCCTGGGCCGAAATGGCGGCGGTTG‑TTGGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATTGGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGGGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGc < 2:1605745/288‑1 (MQ=255)
ggCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATG‑TGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGc < 2:1938953/288‑1 (MQ=255)
ggCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATG‑TGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGc < 2:1862603/288‑1 (MQ=255)
ggCATGGGCGGAAACGGGCGCGTTGG‑TGCGCCCGTCTGCCCTGGCTGGTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGc < 2:385020/288‑1 (MQ=255)
ggCCGAAATGGCAGCGTATG‑TGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCACTGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTTCCGTGGCTCTTAGCAGCTGTATTGACCGAAAAATCGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTTCTGGATCTCCTGGGCTACAGCCGCTGGCacag > 2:1528097/1‑283 (MQ=255)
gcaagtGGCAGCG‑ATGTTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGaa < 2:843868/284‑1 (MQ=255)
cgagctGGCAGCGTATG‑TGCGCCCGTCTGCCGTGGCGGCTCGCCATTCCCCAGGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCGGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGaa < 2:221319/284‑1 (MQ=255)
ggCAGCGTGAG‑TTCGCCCGTCTGCCGGGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGTCTTTTGCCACCAGGGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGgc < 2:1280355/288‑1 (MQ=255)
tATG‑TGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGtt > 1:1819349/1‑288 (MQ=255)
gcCCGTCGGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCg < 1:1007852/289‑1 (MQ=255)
cccGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCg > 1:1590651/1‑288 (MQ=255)
cccGTCTGCCGGTGTGGCTCTCCATTACCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGGGGGCTGCTTTATGCATATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATGTGGCATCGGTCTGGGCCTCGCCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGt < 2:1036724/289‑1 (MQ=255)
cGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTc > 1:1613214/1‑288 (MQ=255)
cGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTc > 1:177804/1‑288 (MQ=255)
tCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTcgc > 1:678070/1‑288 (MQ=255)
gTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTgcg < 1:1686630/289‑1 (MQ=255)
tGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTTAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTTGCAATGCCTGCACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTccccccgcgc > 2:1412860/1‑279 (MQ=255)
gggcgggtaccgcttCCCCATGTGGCGTTTGCCACCCGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTgcg < 2:1617257/275‑1 (MQ=255)
gctgctCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTg > 2:1463066/1‑289 (MQ=255)
ctCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGc > 2:1347892/1‑287 (MQ=255)
ctCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCaa > 1:1566977/1‑289 (MQ=255)
gtgGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCCCCTGCCCGCGCCATGGCGATGCTGGCGa > 2:1173617/1‑289 (MQ=255)
gtgGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGATGTTGCCCTCGGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCCGGCGa > 1:468625/1‑289 (MQ=255)
gCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGAttg > 1:698373/1‑289 (MQ=255)
cTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACGCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGAttg < 2:1185694/288‑1 (MQ=255)
gcgcCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTggtcgct < 2:1299577/289‑6 (MQ=255)
gcCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTggtcgctgt < 2:678070/289‑8 (MQ=255)
gcCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTggtcgctgt < 1:920034/289‑8 (MQ=255)
gcCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTggtcgctgt < 1:1639741/289‑8 (MQ=255)
cccTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCACTGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCCCCGCCGCCCCTGCGCCGGCCATGCCCATGCTGGCCGTTGTTGCCTggccgctgt > 2:1013456/1‑281 (MQ=255)
cccTTCTCTTCTTTCGTGCCGGCGGGCTTGTTTATCACTATTTCCCGTATTTCCCTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTggtcgctgt < 2:1045914/288‑8 (MQ=255)
tGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGAtgtg > 1:1823901/1‑289 (MQ=255)
tGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGAtgtg > 1:336231/1‑289 (MQ=255)
tGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCCGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGAtgtg > 1:771485/1‑289 (MQ=255)
acagAGTGCTTCTTTATCTCTTTTTCCCGTTTGTCCCTCCCCCAATTGACCGATTTGTCATGGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAGATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCaa < 2:468625/285‑1 (MQ=255)
gctgctTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATtct < 1:710289/288‑1 (MQ=255)
ctTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCggg > 2:487992/1‑288 (MQ=255)
ctTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCCGGATTCGCTGTGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCCCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTTTTGCCCGGCTGCTTTCGGTCGTGGATGTGGCAATACTTCTTggg > 2:1943416/1‑288 (MQ=255)
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tGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCt < 1:380836/288‑1 (MQ=255)
cATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCATGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACACACAAAAGGCCCGCTTGCCAGCCTGCCGTTCATGCCGTTACCCGCCCCCTACCTTTTGCCCACCTATCCGccctg > 2:1718997/1‑284 (MQ=255)
tttggCTGGATTCGCTGGGCTACGGCCGCTGGCAATGCCTGAGCTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGGGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGgcg < 2:177804/285‑1 (MQ=255)
|||
ATTGTGGCGCTGTGGCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATG‑TGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATAGCCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGAGCCTGAGCGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCG > CP042583/1519458‑1520014
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A