Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,588,966 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,588,966 | 0 | G | C | 99.2%
| 556.8
/ NA
| 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (160/76); total (161/79) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,588,967 | 0 | C | G | 99.6%
| 560.4
/ NA
| 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (161/76); total (161/79) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,588,968 | 0 | T | A | 99.2%
| 561.2
/ NA
| 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (161/77); total (161/79) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
AGAAACGTTTCGCTAATAAATAATACCACGCTTAATCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACGC‑TTTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGACTACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATAAGAAGAACCACCACGCTTACAACCAAAGACGCAATGTTCATCACGCCACTATTTACAACTTCGTTCATTTCACCACCTCTGAGTAGAGGCGCTATTCTACCA > CP042583/1588687‑1589245
||||
agaAACGTTTCGCTAATAAATAATACCACGCTTAATCACAAATCCGATGTAAAAATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACTCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGa < 2:499650/289‑1 (MQ=255)
cTAATAAATAATACCACGCTTAATCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACgg > 1:167922/1‑287 (MQ=255)
cACGCTTAATCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCtt > 1:676812/1‑288 (MQ=255)
aCGCTTAATCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTAt < 2:314949/281‑1 (MQ=255)
aaaTCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGttt > 1:1011021/1‑289 (MQ=255)
tAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCTGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGcaca < 2:1659392/289‑1 (MQ=255)
aaaCATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGcaca < 1:656993/288‑1 (MQ=255)
aataaATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTTTGTTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTa > 2:49373/1‑288 (MQ=255)
aaTTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGt < 1:1356003/289‑1 (MQ=255)
aTTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGt < 2:1099800/262‑1 (MQ=255)
ggggTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCAtttt > 1:1284950/1‑289 (MQ=255)
cTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGttttt > 2:1740072/1‑287 (MQ=255)
tttttCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACaaa < 2:1563604/258‑1 (MQ=255)
ttttCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGcaca < 2:1261235/255‑1 (MQ=255)
tCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGAt > 1:620529/1‑288 (MQ=255)
atatCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACATTGCATTTTGACTTTTTTGCTGATCCAGc > 2:38934/1‑289 (MQ=255)
atatCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGc > 1:1443768/1‑289 (MQ=255)
tatCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCa < 1:90509/289‑1 (MQ=255)
tatCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCa > 2:624001/1‑289 (MQ=255)
ttACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCGTc > 1:1419051/1‑289 (MQ=255)
ttACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTc > 2:460800/1‑289 (MQ=255)
ttACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTc > 2:340774/1‑289 (MQ=255)
cGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAg < 1:918948/289‑1 (MQ=255)
ataaataaTATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAg < 2:1510325/284‑1 (MQ=255)
tatGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCCGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGt > 2:1529628/1‑289 (MQ=255)
tatGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGt > 1:1256274/1‑289 (MQ=255)
tatGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGt > 1:1591798/1‑289 (MQ=255)
tAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGtt > 1:72201/1‑289 (MQ=255)
ttattTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAg > 1:526321/1‑288 (MQ=255)
gACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCa > 2:1837365/1‑289 (MQ=255)
aCCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCa < 1:1275890/244‑1 (MQ=255)
aCCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCAc > 2:1024275/1‑289 (MQ=255)
gTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGAt < 2:1443768/286‑1 (MQ=255)
tAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAATCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATaaa > 1:1817577/1‑289 (MQ=255)
tAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACAAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATaaa > 1:1065162/1‑289 (MQ=255)
aaGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTTAACTGGCAGGATTGATAAAAAACcaa > 2:26512/1‑288 (MQ=255)
aaGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACcac > 1:837909/1‑289 (MQ=255)
gTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGAt > 1:23312/1‑289 (MQ=255)
tGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGAt > 1:1560406/1‑289 (MQ=255)
tGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCACGAt > 2:620341/1‑289 (MQ=255)
gACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACAGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATa < 1:1835347/289‑1 (MQ=255)
aCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCTGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATaa > 1:451588/1‑289 (MQ=255)
gTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATaagaa > 1:1466530/1‑289 (MQ=255)
tGCGTATACTCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATACCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGAATCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTGCGTTTGCTTCGCACAAACGACGAAACAGTGCATTTTGACG‑TTTTGCTGCTCCACGAACGCTCCAAGCACATCAACATGTTCGTTAGGCCGTGCACCGGCAAGATAGAGTCAACACCCAAAGCTGAGCCAGACAataaga > 2:1160612/1‑289 (MQ=255)
tGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGCTTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGCCGTAACAGTGACTTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATaagtag > 1:680921/1‑289 (MQ=255)
tGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACACACGACGTAACAGTGAATTTTGACGTTTTTGCTGATCAAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACAAACAGCAGAGCCCGATaacaag > 2:1807394/1‑289 (MQ=255)
tGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCa < 1:217545/207‑1 (MQ=255)
tGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCa > 2:217545/1‑207 (MQ=255)
tGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACCG‑ATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATaagaag > 2:70088/1‑289 (MQ=255)
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||||
AGAAACGTTTCGCTAATAAATAATACCACGCTTAATCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCTTCAACGC‑TTTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAAACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGACTACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATAAGAAGAACCACCACGCTTACAACCAAAGACGCAATGTTCATCACGCCACTATTTACAACTTCGTTCATTTCACCACCTCTGAGTAGAGGCGCTATTCTACCA > CP042583/1588687‑1589245
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
