Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,588,966 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,588,966 | 0 | G | C | 99.4%
| 807.8
/ NA
| 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (191/149); minor base A (2/0); total (194/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,588,967 | 0 | C | G | 99.7%
| 810.8
/ ‑4.5
| 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (193/149); minor base . (1/0); total (194/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
| * | CP042583 | 1,588,968 | 0 | T | A | 99.4%
| 816.1
/ NA
| 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (194/147); minor base G (0/2); total (194/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
AACGTTTCGCTAATAAATAATACCACGCTTAATCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACGCTTTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGACTACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATAAGAAGAACCACCACGCTTACAACCAAAGACGCAATGTTCATCACGCCACTATTTACAACTTCGTTCATTTCACCACCTCTGAGTAGAGGCGCTATTCTACCAC > CP042583/1588690‑1589246
|||
cTAATAAATAATACCACGCTTAATCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACgg > 2:154754/1‑287 (MQ=255)
ataCCACGCTTAATCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCCCAACGGTCTTTTTATCt > 2:1141709/1‑288 (MQ=255)
taCCACGCTTAATCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCt > 1:640669/1‑287 (MQ=255)
cGCTTAATCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACg < 1:2052298/270‑1 (MQ=255)
cGCTTAATCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTtc > 1:1833167/1‑288 (MQ=255)
aaTCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGt > 1:1167049/1‑289 (MQ=255)
aTCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACg < 1:579472/257‑1 (MQ=255)
tAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTGTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGcaca < 1:1044813/289‑1 (MQ=255)
tAAACAGCCTAATAAATTACTGGTGTAAATATCTTTTTCTGATATACCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGCAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTAGAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGCAGTTACTCAAGATTGAGTAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGcaca < 2:1198089/289‑1 (MQ=255)
aaaCATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGcaca < 1:21310/288‑1 (MQ=255)
aataaATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATACTATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTaa > 2:367766/1‑289 (MQ=255)
aataaATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTa > 2:1855338/1‑288 (MQ=255)
tGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCAttt > 1:1604025/1‑289 (MQ=255)
tAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACg > 1:1090109/1‑289 (MQ=255)
tCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTg < 2:1604025/289‑1 (MQ=255)
ttttCTGATATCCCGTTACGCAACTAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTGAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATTATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGTGTAAGGATTATCGTTCTGCGACCAGACGAATAATATCTGAGGCTATCACCG‑ATGTTCGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTGCTCTGCTTCGGTTGCTTCTACCAACACAAC‑TAACAGTGCGttttttggttgtgactg > 2:437658/1‑276 (MQ=255)
cGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGcc < 2:681178/289‑1 (MQ=255)
ttACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATTCAGCAACTcccc > 2:1260353/1‑287 (MQ=255)
ttACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCa < 2:1998295/282‑1 (MQ=255)
ttACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTc > 1:2262885/1‑289 (MQ=255)
cAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCa > 1:2299899/1‑289 (MQ=255)
tatGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGt > 1:2738922/1‑289 (MQ=255)
tGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTgg < 2:2574767/205‑1 (MQ=255)
tGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTACCAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAATAAGTTAAATTTGt > 2:2715457/1‑287 (MQ=255)
tGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTc > 2:795462/1‑289 (MQ=255)
tAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCg < 2:255112/287‑1 (MQ=255)
tAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGtt < 2:500477/289‑1 (MQ=255)
ttattTGAAGTTAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCTCCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAg > 2:1087321/1‑288 (MQ=255)
attTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTcc > 1:1982199/1‑289 (MQ=255)
gAAGTCAGGCAGGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCTTATAATCAGGATGAATTGAGTCACCCTTCAACGACGGTGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCTACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGAGTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCgtga < 2:1826252/289‑4 (MQ=255)
aaGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTgg < 1:2235731/192‑1 (MQ=255)
ccAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCa < 1:1271177/287‑1 (MQ=255)
tAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCTACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATaa > 2:1654179/1‑288 (MQ=255)
tAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATaaa > 2:2297587/1‑289 (MQ=255)
tAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATaaa > 1:143327/1‑289 (MQ=255)
gAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCAGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACca < 1:436282/289‑1 (MQ=255)
cgacgTTGCAGCATGCCAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTACCCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACcac < 2:884811/284‑1 (MQ=255)
cATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCg < 2:143327/289‑1 (MQ=255)
tGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCa > 1:1635422/1‑213 (MQ=255)
tGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCa > 1:92735/1‑213 (MQ=255)
tGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCa < 2:117262/230‑1 (MQ=255)
tGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCaa > 1:1237630/1‑216 (MQ=255)
tGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATaagaag > 2:1770224/1‑289 (MQ=255)
tGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATaagaag > 2:1222715/1‑289 (MQ=255)
tGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATaagaag > 1:676684/1‑289 (MQ=255)
gggTATAATCAGGATTAATTGAGGAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATaagaag < 2:1647543/286‑1 (MQ=255)
gCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGTGAACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATaaga < 2:2738922/286‑1 (MQ=255)
cGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCa < 2:61185/205‑1 (MQ=255)
cGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACCGATTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAg > 1:100791/1‑215 (MQ=255)
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|||
AACGTTTCGCTAATAAATAATACCACGCTTAATCACAAATCCGATGTAAACATCCTAATAAATTAATGGGGTAAATATCTTTTTCTGATATCCCGTTACGCAAATAAATAATATGATAATTATTTGAAGTCAGACCAGAGTTTTAATTTGAAGCAGTTGCACCATGACAGTGCGTATAATCAGGATGAATTGAGTAACCCTTCAACGACGGGGTTACTCAAGATTGAGGAAGGATTATCGTTCGGCGACCAGACGAATAATATCTTCGTCT‑TCAACGCTTTTTTGACTCTCAACGGTCTTTTTATCTGCTTTCTCTGGTTCGTTTGCTTCGCACAA‑ACGACGTAACAGTGCATTTTGACGTTTTTGCTGATCCAGCAACGCCTCAAGCAGTTCAATCTGTTCGTTAGTCCGACTACTGGCACGATTGATAAAAAACCACAAGATGAGCCCGATAAGAAGAACCACCACGCTTACAACCAAAGACGCAATGTTCATCACGCCACTATTTACAACTTCGTTCATTTCACCACCTCTGAGTAGAGGCGCTATTCTACCAC > CP042583/1588690‑1589246
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
