Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,597,113 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,597,113 | 0 | A | T | 99.6%
| 662.5
/ NA
| 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (141/138); minor base C (1/0); total (142/138) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,597,114 | 0 | G | C | 99.6%
| 656.2
/ NA
| 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (141/138); minor base T (1/0); total (142/138) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,597,115 | 0 | C | G | 99.6%
| 656.8
/ NA
| 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (141/138); minor base T (1/0); total (142/138) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
TTAAAATAAGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGAGCCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGAGCATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGC > CP042583/1596833‑1597392
|||
ttAAAATAAGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAAcg < 1:1511444/289‑1 (MQ=255)
aGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTggc > 1:1138483/1‑289 (MQ=255)
tAAAGGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGCTTAAGATTAATGTTAATTATTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTAATTACCACCGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATGCTCATCAAAGTGCCTATTTTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCaa < 1:571322/289‑1 (MQ=255)
atgccaaaGATCATTCCCCTCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTTCATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCAcc < 2:408891/283‑1 (MQ=255)
cTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATg < 2:137172/289‑1 (MQ=255)
cTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAACCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCAt > 1:478240/1‑288 (MQ=255)
cAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCt < 2:1585682/289‑1 (MQ=255)
cAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCt < 2:887565/289‑1 (MQ=255)
aaGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCAt > 1:1597897/1‑285 (MQ=255)
aaGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAAATCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCAt > 2:725321/1‑285 (MQ=255)
tCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTAt > 2:6204/1‑289 (MQ=255)
atcatGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATTCCg > 2:1397378/1‑289 (MQ=255)
atcatGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCg < 1:264214/289‑1 (MQ=255)
atcatGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCg > 1:422789/1‑289 (MQ=255)
tGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGttt > 2:1852809/1‑288 (MQ=255)
aaGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTggg > 1:771613/1‑289 (MQ=255)
aaTGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGaa > 1:72782/1‑288 (MQ=255)
aaTGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAAc < 1:441901/289‑1 (MQ=255)
aaTGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAAc < 2:1203397/289‑1 (MQ=255)
gTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGc < 1:1486820/289‑1 (MQ=255)
aaTTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGTGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCGATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCTGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTTCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGACCCTCTGt > 2:936844/1‑289 (MQ=255)
aaTTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCg > 2:240330/1‑280 (MQ=255)
aaTTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCg < 1:240330/280‑1 (MQ=255)
aTTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGtt < 2:1049775/289‑1 (MQ=255)
aTTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGtt < 1:192801/289‑1 (MQ=255)
aTTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGtt > 2:367007/1‑289 (MQ=255)
aTTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGtt < 1:1002520/289‑1 (MQ=255)
tattaCATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGTGGCGAACCGCTGTTGCata > 1:549632/1‑289 (MQ=255)
attaCATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCata > 2:1150795/1‑288 (MQ=255)
taCATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCt < 1:131086/289‑1 (MQ=255)
taCATTTGGCACGTCATGCCTCTTAACAAACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCt < 2:952032/289‑1 (MQ=255)
cATGTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAAGTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAAGTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTgg < 2:1798940/289‑1 (MQ=255)
cACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTa < 1:1696807/288‑1 (MQ=255)
tctTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTAtt < 1:120173/289‑1 (MQ=255)
ttAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACCGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATCTCTGGCTGTTAGGCCTTCGTAttt > 2:1073052/1‑287 (MQ=255)
aaCACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGAc > 2:461197/1‑288 (MQ=255)
acacacCACAAAATCAGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGc < 2:1421668/289‑1 (MQ=255)
caccacAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTTGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAAc > 1:822579/1‑246 (MQ=255)
caccacAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAAc < 2:822579/246‑1 (MQ=255)
accacAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAAc > 1:1796149/1‑289 (MQ=255)
accacAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATACCTGGCTGTTAGGCCTTCGTTTTGACGCCaa > 1:314009/1‑288 (MQ=255)
cacaAATTACGCCGACAAAAAAGATAACCGTGAGGGCAATCAGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGACATGGCCTTCACCAGTCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATCACTGGCTGTTAGGCATTGGGATTGACGCCAACGt > 2:310283/1‑289 (MQ=255)
acaAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGtt < 1:1224125/289‑1 (MQ=255)
cGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAgg < 1:379723/289‑1 (MQ=255)
gCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGcc < 1:844184/223‑1 (MQ=255)
cAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTg > 1:1429632/1‑289 (MQ=255)
aaaGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGAAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCaa > 1:394778/1‑289 (MQ=255)
tAACAGTGGGGGCAATCGGCGAGGAACGTCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACCTGCTGTTTAGCCTGCCCGGGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATg < 2:1815317/287‑1 (MQ=255)
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|||
TTAAAATAAGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGAGCCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGAGCATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGC > CP042583/1596833‑1597392
|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
