Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,597,113 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,597,113 | 0 | A | T | 99.7%
| 718.0
/ NA
| 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (150/152); minor base G (0/1); total (150/153) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,597,114 | 0 | G | C | 99.7%
| 703.9
/ NA
| 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (150/151); total (150/153) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,597,115 | 0 | C | G | 99.7%
| 709.4
/ NA
| 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (150/152); total (150/153) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
AAAATAAGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGAGCCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGAGCATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGC > CP042583/1596835‑1597392
|||
aaaaTAAGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAAcgcg < 2:557923/289‑1 (MQ=255)
tAAGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGCGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGCTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAACTTCCTATTGTCCGCGCTGTCCGGCAAAACTTCGTGACAGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGcccg > 2:1816582/1‑287 (MQ=255)
aatcagtAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCGATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCGAATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTgg < 2:785203/283‑1 (MQ=255)
aaGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCAGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTgg < 2:1615831/289‑1 (MQ=255)
tGCGTTAATGCTCACCATCATTCCCATCATTGGTTATGATAAAGTTTAATTCTTATTACCTTTGGCAATTCATGGCTCTTAACACACCACAATTTGCGCCGACAAAAAAGATAACAGGGCGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTAATTAACAACGTTGCCCGCGATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGATATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAGAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGc < 2:935245/289‑1 (MQ=255)
gTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATACATTCTCATCAAAGTGTCTATTGTCCGCGCTGCCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCTCGACTCGTCGCTACCGCGCCCTGCGGCAATCGCCt > 2:1151844/1‑288 (MQ=255)
aTGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATTTTAATTCTTATTACATTTGGCCCGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCAcc < 1:522443/289‑1 (MQ=255)
ttCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCAt > 1:372904/1‑278 (MQ=255)
ttCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCt < 2:465949/281‑1 (MQ=255)
ttCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTa > 1:1735449/1‑289 (MQ=255)
ttCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTa > 1:385182/1‑289 (MQ=255)
atcatGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACCAATTCAGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCg < 1:942704/289‑1 (MQ=255)
tcatGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATg < 2:1547131/273‑1 (MQ=255)
aTGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCg < 1:1753827/272‑1 (MQ=255)
aTGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGCTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCCTCCCCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAAcc > 1:143502/1‑289 (MQ=255)
aaTTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGcc > 1:80628/1‑273 (MQ=255)
aaTTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCGAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCCGGGGCGAACCGCTGt > 1:153051/1‑289 (MQ=255)
aTTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCg < 2:109099/284‑1 (MQ=255)
aTTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCg > 1:109099/1‑284 (MQ=255)
aTTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGACCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGtt > 1:1180967/1‑289 (MQ=255)
attaCATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTTTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCCCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCCTGCTGTTGCTTATGCCGTTTCCCTGGGTGGACCCGcgtttccat > 2:749290/1‑279 (MQ=255)
ttaCATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATc < 1:56582/289‑1 (MQ=255)
taCATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCt < 2:1260020/289‑1 (MQ=255)
ttGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTg < 2:372904/289‑1 (MQ=255)
ggaaCGTCAGGCCTCTGAAACCACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGGAGGAAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGtt < 2:1642757/286‑1 (MQ=255)
ggCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGtt > 2:834719/1‑289 (MQ=255)
aCGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAgg < 1:10798/289‑1 (MQ=255)
tCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGGTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCAt > 1:959085/1‑289 (MQ=255)
tCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGCTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGt > 2:1867857/1‑246 (MQ=255)
ggCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATTCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGCCGCACCGCTTTTTCATATCTGGCTGTTAGGGTTTCgg > 2:1206709/1‑288 (MQ=255)
acacacCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAGAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGc < 1:345524/289‑1 (MQ=255)
acacacCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGc < 2:1127955/289‑1 (MQ=255)
acacacCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGc < 1:1816582/289‑1 (MQ=255)
acacacCAAAAATTACGCCGAAAAAAAAGATACCCGTGAGGGCAATCGGCGGGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGc < 2:579685/289‑1 (MQ=255)
accacAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAAc > 1:579685/1‑289 (MQ=255)
ccacAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACg < 1:1690978/289‑1 (MQ=255)
ccacAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACg > 2:1897476/1‑289 (MQ=255)
cacaAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCAATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGt > 2:446088/1‑289 (MQ=255)
acaAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGtt > 1:682824/1‑289 (MQ=255)
caAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTa > 1:867843/1‑289 (MQ=255)
tcaccccGACAAAAAGAGTACCGGGGGGGGAAATCGGCGAGGAACTGCCGAGTGGTGATTACAAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTGAGCCGGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCa < 2:682824/284‑1 (MQ=255)
tACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGAAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCaa < 2:873834/289‑1 (MQ=255)
gCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGc > 2:1602677/1‑289 (MQ=255)
gACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATc < 1:650284/289‑1 (MQ=255)
aCAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCCAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCa > 2:167712/1‑286 (MQ=255)
cAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTg > 2:1069173/1‑289 (MQ=255)
aaaaGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCa < 1:1247950/289‑1 (MQ=255)
aTAACAGTTAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTGTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAGATGa < 1:279156/289‑1 (MQ=255)
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cGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTg > 1:1351258/1‑288 (MQ=255)
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|||
AAAATAAGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGAGCCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGAGCATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGC > CP042583/1596835‑1597392
|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
