Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,675,157 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,675,157 | 0 | A | T | 99.5%
| 447.8
/ NA
| 189 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (86/102); total (86/103) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,675,158 | 0 | C | G | 99.5%
| 440.7
/ ‑5.3
| 189 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (86/102); minor base T (0/1); total (86/103) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 |
| * | CP042583 | 1,675,159 | 0 | T | A | 99.5%
| 446.6
/ NA
| 189 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (86/101); minor base G (0/1); total (86/103) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
TCTGGTTTGACTGAGCGTAACCTGATTCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACACTGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCACTAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAAACTTGGGCTAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATA > CP042583/1674878‑1675433
|||
tCTGGTTTGACTGAGCGTAACCTGATTCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGt < 1:516431/289‑1 (MQ=255)
aCTGAGCGTAACCTGATTCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCg > 1:1221020/1‑289 (MQ=255)
gAGCGTAACCTGATTCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACa < 2:204497/289‑1 (MQ=255)
aGCGTAACCTGATTCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACaa > 1:215589/1‑289 (MQ=255)
aaCCTGATTCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCa < 1:1006154/288‑1 (MQ=255)
aaCCTGATTCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCa < 1:1550615/288‑1 (MQ=255)
aaCCTGATTCTGACCAATTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACCGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCa < 1:709355/288‑1 (MQ=255)
gATTCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCACGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATtat > 1:1718499/1‑289 (MQ=255)
ttCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGTCTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATtata < 2:130095/288‑1 (MQ=255)
aCCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTa > 1:343313/1‑289 (MQ=255)
aCCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTa > 1:1442881/1‑289 (MQ=255)
aCCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTa > 1:937380/1‑289 (MQ=255)
aCCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTa > 2:236904/1‑289 (MQ=255)
cccAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGTTCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTAATCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt < 1:1686474/289‑1 (MQ=255)
cccAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCTGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt < 2:1522806/289‑1 (MQ=255)
cccAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt < 1:700951/289‑1 (MQ=255)
cccAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGGTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt < 2:1035150/289‑1 (MQ=255)
ccatgTAATGCATTTATTAGCGTTCTAAGTTCATGACCTCGATCGTCAGCAAACTGACTTCGAGTCTCAAACTCTTTGTCTAATGCAGGATTCATTTTATTCAACTCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTATCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTGTTGATCTCTCGGAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt < 2:1354414/285‑1 (MQ=255)
accAGTAATGCTTTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGGGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGATCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt < 2:1776233/288‑1 (MQ=255)
gTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAAt > 1:1077373/1‑289 (MQ=255)
aTTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTtata < 1:832054/288‑1 (MQ=255)
aTTAAGTGGCGTTCTAAGTTCATGGGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTCGACGCTCAAAAACTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTAAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTtata < 2:894307/288‑1 (MQ=255)
tAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt < 2:572724/276‑1 (MQ=255)
tAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt > 1:572724/1‑276 (MQ=255)
tAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATACTATTAATTTtat > 1:1149896/1‑285 (MQ=255)
gCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAg > 2:390989/1‑289 (MQ=255)
cGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAg < 2:1684538/288‑1 (MQ=255)
tcaGTTCATGAGCGATCTCGGCAGCAAACTGACGTAGACGCTCCAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGtt < 2:1259688/287‑1 (MQ=255)
cGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCaa > 1:1823008/1‑289 (MQ=255)
gACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGt < 2:1874730/289‑1 (MQ=255)
gACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGt < 1:787664/289‑1 (MQ=255)
tCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACa > 1:1260551/1‑204 (MQ=255)
tGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTTCCCAATAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTaatgatggcgaaac < 2:130691/289‑13 (MQ=255)
ttATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTa < 2:813540/289‑1 (MQ=255)
aaCGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCat < 1:390989/289‑1 (MQ=255)
aCGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCatc < 2:1800695/289‑1 (MQ=255)
cGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTa > 1:1640288/1‑281 (MQ=255)
cGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCatct > 1:285168/1‑289 (MQ=255)
gCCTGTCCAAGAGGTTTTATTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAAGTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCatcta < 2:1007884/289‑1 (MQ=255)
ccTGCCTAAGTGGTTTTCGTACTCTTGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCTGCTATCGTTATAATTCATCGCTTCCGTTATACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCatctat < 2:1613556/289‑1 (MQ=255)
cTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCatctat < 2:1166055/288‑1 (MQ=255)
tGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCatctatct < 1:863583/289‑1 (MQ=255)
gCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTGTCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGATCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTCTACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATGAATTCGTAAAGCatctata > 2:1615346/1‑286 (MQ=255)
cccAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATctct > 2:1290360/1‑289 (MQ=255)
cAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGt < 2:843257/289‑1 (MQ=255)
ttttAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATta > 1:1309554/1‑289 (MQ=255)
ttAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATtaat > 2:926110/1‑289 (MQ=255)
ttAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCGCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATtaat < 2:1659029/289‑1 (MQ=255)
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tGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt > 2:1238769/1‑152 (MQ=255)
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cGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGaata > 1:1614573/1‑289 (MQ=255)
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|||
TCTGGTTTGACTGAGCGTAACCTGATTCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACACTGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCACTAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAAACTTGGGCTAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATA > CP042583/1674878‑1675433
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
