Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,675,157 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,675,157 | 0 | A | T | 99.6%
| 598.8
/ NA
| 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (125/124); total (126/125) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
| * | CP042583 | 1,675,158 | 0 | C | G | 99.2%
| 592.2
/ NA
| 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (125/123); minor base A (0/2); total (126/125) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,675,159 | 0 | T | A | 99.6%
| 598.4
/ NA
| 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (126/124); minor base G (0/1); total (126/125) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
TGGTTTGACTGAGCGTAACCTGATTCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACACTGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCACTAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAAACTTGGGCTAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAAT > CP042583/1674880‑1675435
|||
gACTGAGCGTAACCTGATTCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGc < 1:884502/289‑1 (MQ=255)
aCTGAGCGTAACCTGATTCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCTAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCg > 2:1341508/1‑289 (MQ=255)
cTGAGCGTAACCTGATTCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCGAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGa < 1:1610654/289‑1 (MQ=255)
tAACCTGATTCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGc < 2:1484275/288‑1 (MQ=255)
aaCCTGATTCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCa < 2:572671/288‑1 (MQ=255)
ttCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATaa > 1:2692875/1‑289 (MQ=255)
tGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAAt < 2:1207820/266‑1 (MQ=255)
aCCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTa > 1:171487/1‑289 (MQ=255)
aCCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTa > 2:1415578/1‑289 (MQ=255)
aCCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTa > 1:2095218/1‑289 (MQ=255)
cccAGTAATTCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATTAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt < 2:151781/289‑1 (MQ=255)
cccAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGTCAATGCAAATTATAATGCTAt < 1:1086320/289‑1 (MQ=255)
cccAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACa > 1:1888203/1‑270 (MQ=255)
cccAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt < 2:1290637/289‑1 (MQ=255)
cATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATtata > 1:2675751/1‑272 (MQ=255)
cATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATtata < 2:2675751/272‑1 (MQ=255)
aTTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTtata < 1:744938/288‑1 (MQ=255)
tAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTtat > 1:1001364/1‑285 (MQ=255)
aTTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCa > 1:334408/1‑260 (MQ=255)
aTTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTtata < 1:952043/284‑1 (MQ=255)
tGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCa < 2:2051873/289‑1 (MQ=255)
gCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCaa > 1:2421480/1‑288 (MQ=255)
cGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAg < 2:857516/288‑1 (MQ=255)
cTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGt < 1:1568539/289‑1 (MQ=255)
tCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTtata < 1:824405/269‑1 (MQ=255)
tCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTtata > 2:824405/1‑269 (MQ=255)
agaTCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTtata > 1:1324917/1‑260 (MQ=255)
cAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt > 2:1682854/1‑240 (MQ=255)
tAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCaa > 1:2633708/1‑248 (MQ=255)
tCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt < 2:2169950/223‑1 (MQ=255)
tCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTTTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCAAATTTACCCACAGTAACCGTTaatg > 1:1033568/1‑287 (MQ=255)
tCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTaatg > 2:2334585/1‑287 (MQ=255)
tCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTaatg > 1:350410/1‑287 (MQ=255)
aTCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTaatgatggc < 1:1217252/289‑8 (MQ=255)
tGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTaa > 2:2646471/1‑270 (MQ=255)
tGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTaatgatggcgaa > 1:2638204/1‑277 (MQ=255)
tgCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt < 2:2693471/199‑1 (MQ=255)
aTTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTaaa < 2:1552843/289‑1 (MQ=255)
aaCGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCat < 1:474296/289‑1 (MQ=255)
aCGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt > 1:1060857/1‑186 (MQ=255)
cGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt < 2:80199/185‑1 (MQ=255)
cGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTAt > 1:80199/1‑185 (MQ=255)
cGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCatct > 2:6501/1‑289 (MQ=255)
ccAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATctct < 2:192348/288‑1 (MQ=255)
agagGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTAt < 1:1953470/289‑1 (MQ=255)
gagGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCatcta > 1:1301041/1‑279 (MQ=255)
ggTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATc < 2:261368/287‑1 (MQ=255)
tttAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATtaa > 1:652165/1‑289 (MQ=255)
ttCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAAt > 2:700871/1‑138 (MQ=255)
ctctcGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATta > 1:429858/1‑153 (MQ=255)
aCCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCca < 1:1344531/196‑1 (MQ=255)
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tCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAg < 2:441019/289‑1 (MQ=255)
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acacCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATc > 2:1133207/1‑287 (MQ=255)
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aTCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTAtt < 2:2212738/289‑1 (MQ=255)
tCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTg > 2:1974342/1‑289 (MQ=255)
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gACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTa > 2:1031409/1‑219 (MQ=255)
|||
TGGTTTGACTGAGCGTAACCTGATTCTGACCCAGTAATGCATTAATTGGCGTTCTAAGTTCATGAGCGAGATCGTCAGCAAACTGACTTAGACGCTCAAAATCTTTGACTAAAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACACTGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCACTAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAAACTTGGGCTAA‑CTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAAT > CP042583/1674880‑1675435
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
