Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,492,345 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,492,345 | 0 | A | T | 99.7%
| 763.0
/ NA
| 328 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (205/121); minor base G (1/0); total (206/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,492,346 | 0 | G | C | 99.7%
| 761.8
/ NA
| 328 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (204/121); total (206/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,492,347 | 0 | T | A | 98.8%
| 770.5
/ NA
| 328 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (203/120); minor base C (3/1); total (206/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
CGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGAGCTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATAAGTAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGC > CP042583/1492068‑1492622
|||
agagTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGTCATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGCTATGCAAACCGACCGACCGCCCTTTTggg > 2:1800763/1‑288 (MQ=255)
agTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CAAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCcg < 1:1494141/276‑1 (MQ=255)
tACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATc < 1:1454712/287‑1 (MQ=255)
acacctgaaccacTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTGTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTg < 2:1014428/281‑1 (MQ=255)
cttCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGGACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGttt < 2:544484/287‑1 (MQ=255)
cttgatgaaagTCCTAGACTTTAAGTATAGTCATTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAAGGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGc < 2:1194196/282‑1 (MQ=255)
tataAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGCCGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGt > 2:323841/1‑289 (MQ=255)
tataAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCCTCGTGGTTTTACCCCCAGCCTGCTGGCggg > 2:1931682/1‑288 (MQ=255)
tataAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTg > 1:382914/1‑264 (MQ=255)
tataAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTg < 2:382914/264‑1 (MQ=255)
tataAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGt > 2:15972/1‑289 (MQ=255)
tataAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGt > 1:1236817/1‑289 (MQ=255)
tataAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGt > 1:244039/1‑289 (MQ=255)
aataAAAAGCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTCCTAGCACAGGGTGATTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGCACATCGATC‑CCCCATAGTCGTTTCTTGGGCAGCGCTTAAAATGGATATCAAAACCGACCGCCCGTGCTTTTCGGCTTCGTGGTTTTCCCCCCAGTATGCTGGCGGt > 2:1109556/2‑289 (MQ=255)
cTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGGCGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTgg < 2:214283/275‑1 (MQ=255)
cTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGAGGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCAAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGACCGCCCGGCCTTTTGGGCATATTGGTTTTAACCACAGTATGCTGGCGGTATTTGCgct > 1:841828/1‑288 (MQ=255)
cTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCgct > 1:1084272/1‑288 (MQ=255)
cTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCgct > 1:772463/1‑288 (MQ=255)
aCTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTgg < 1:18651/289‑1 (MQ=255)
tACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTGCCCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATGTGCGCTGCTGGCa > 2:1034807/1‑288 (MQ=255)
tACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCcg < 2:1902315/229‑1 (MQ=255)
tACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGTCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCCCTGCTGGCaa > 2:1424667/1‑288 (MQ=255)
tACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTTCGCTGCCGGcca > 2:1780775/1‑286 (MQ=255)
tACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCaa > 1:63799/1‑288 (MQ=255)
tACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCaa > 1:1044122/1‑288 (MQ=255)
tACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCCCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGCCTGCTGGCGGTATTTTCCCTGCTGGCaa > 2:1379944/1‑288 (MQ=255)
cGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACCGTATGCTTGCGGTCTTTCCGCTGCTGCCAACCt > 2:422078/1‑289 (MQ=255)
gTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCtt < 1:1800763/289‑1 (MQ=255)
aTCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCACCCtttt > 1:1340321/1‑289 (MQ=255)
aTCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCtttt > 2:1772654/1‑289 (MQ=255)
cAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTTTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCtt > 2:927925/1‑289 (MQ=255)
tAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGt > 1:473852/1‑289 (MQ=255)
aGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCCCAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCgg > 2:696827/1‑289 (MQ=255)
ttATCTTGCCGGCGGAAGGTAACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAgg < 2:1892403/289‑1 (MQ=255)
cggAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTgcg < 1:1000530/242‑1 (MQ=255)
aGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGc < 1:1780775/288‑1 (MQ=255)
cACCTTCTTTTTTCTATGTCTTTTGAGGTATTTG‑CCAACAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACATGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCGGGTTCATTCCGGCTGATg < 2:1502010/289‑1 (MQ=255)
tcttttagtttGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAGAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACa < 2:1236817/280‑1 (MQ=255)
tCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGaa < 1:703978/289‑1 (MQ=255)
cTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAAt > 2:1472603/1‑289 (MQ=255)
ttGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGt > 2:90041/1‑289 (MQ=255)
tgcggttgaggTGTTTG‑GCAAAAATGCCGAGCTTGAGCCCGTGCTGGATCAGGTGGCATGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGAAATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGAGCCGCGATTAAAATGGATATCAAACCCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTTCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTg < 2:1273084/280‑1 (MQ=255)
cTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCCATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGGTGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGTTTCCGGATGTCTGTTTCATACCGCCTGATGCGCTCCAAGGAgtggtggt > 2:1093150/1‑287 (MQ=255)
tgtgCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCTCTACAAGGAATGGTGCTgg > 1:525947/1‑289 (MQ=255)
tgCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGGTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCGGGGt > 1:750806/1‑289 (MQ=255)
tgCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTCACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGt > 1:1741654/1‑289 (MQ=255)
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tAAAATGGATATCAAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGc < 2:1708447/289‑1 (MQ=255)
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CGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTG‑CCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATC‑ACCCAAAGAGCTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATAAGTAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGC > CP042583/1492068‑1492622
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A