Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,492,636 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,492,636 | 0 | A | T | 99.2%
| 560.6
/ NA
| 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (91/145); minor base G (1/1); total (93/146) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,492,637 | 0 | G | C | 100.0%
| 557.5
/ NA
| 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (93/146); total (93/146) |
| * | CP042583 | 1,492,638 | 0 | C | G | 99.6%
| 559.3
/ NA
| 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (92/146); minor base T (1/0); total (93/146) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.89e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
GCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGAGCGTATGGATGCCCCATAGTTTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGAGTAGCCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAGGCAAAAATCACCTTTCTGGAATAAGCAATTCCATTTGAATATAAGAGCCAGCTCACAGTTCTGTTAATCTTGCGCCAACACTATGACTGCTACGCAGTGATAGAAATAATAAGATCAGGAGAACGGGGATGAACTTTCCATTAATTGCGAACATCGTGGTGTTCGTT > CP042583/1492357‑1492923
|||
gCCCGCGTTTTTGGGCTTCGTGGTTTTACCCCCAGTCTGCTGGCGGTATTTGGGCTGCTGGCACCCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGa < 2:1713642/289‑1 (MQ=255)
ccGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGAt > 2:1776719/1‑288 (MQ=255)
gggCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCAttcat < 1:1013417/289‑5 (MQ=255)
gggCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCAttcat < 1:927925/289‑5 (MQ=255)
tCGTGGTTTTACCCACGGTTTTCTGGCTGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCGTTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTAccc < 2:1007186/289‑1 (MQ=255)
aCCCACAGTTGGTGGGCGGTATTGGCGCTGCGGGGAACCTTTTCCCTAAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCGGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGCGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAgcg < 2:63799/289‑1 (MQ=255)
aCCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAgcg < 1:216855/289‑1 (MQ=255)
aGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTc > 2:419384/1‑289 (MQ=255)
tgctgGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTATCCGAGAACACGCCTGTTCGT‑Tg > 2:785605/1‑289 (MQ=255)
ctgGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑Tgg > 2:850021/1‑288 (MQ=255)
cGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTTTCTGGTCGGTATGGATTCCCCATTCATTACCCGATAACAGCCCTGTTCGT‑Tggttat > 2:1780186/1‑284 (MQ=255)
ttttGCCATGCTGGAAACCTTTTCCCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGATGATGCGCTACAAGGAGTGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑Tggtcatcgcaa < 2:1391616/288‑10 (MQ=255)
aTTTTCGCTGCTGGCACCCTTTTACCTTGAGGTTCCGGAAGGTGGGTTACTTCCGGCTGATGCGCTACACGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCAGGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑Tggtcatcgcaa < 2:1943406/289‑10 (MQ=255)
aTTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑Tggtcatcgcaa < 1:491809/289‑10 (MQ=255)
aTTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑Tggtcatcgcaa < 1:1614561/289‑10 (MQ=255)
aTTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑Tggtcatcgcaa > 1:232749/1‑280 (MQ=255)
aTTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑Tggtcatcgcaa < 1:1544467/289‑10 (MQ=255)
aTTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATGCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑Tggtcatcgcaa < 2:900951/289‑10 (MQ=255)
aTTTGCGCGGCTGGCATCCTTTTACCTAAAGGTTCCGGAGGGCTGGTTCATTCCGGCTGATTCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCGTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑Tggtcatcgcaa < 2:1509589/289‑10 (MQ=255)
gctgGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑Tggtcatcgcaa < 1:323568/280‑10 (MQ=255)
gctgGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAAt > 2:1587222/1‑289 (MQ=255)
tcggaaCCGTTTACCTTCAGGTTCCGCAGGGCTGGTTCATTCCGGATGATGCGCTAAAAGGAATGGGGCTGGGTTATTTGAGCCACGTACTTGCCGATCTGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATAc < 2:1733558/285‑1 (MQ=255)
aaCCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTg < 1:1767473/289‑1 (MQ=255)
aaGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGTCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCTCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAACTGAACAATACCTTGCAGACCTAGTTTc > 2:1098296/1‑289 (MQ=255)
ggTTCCGGAAGGCTGTTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAGGGTATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCAt < 1:1594358/289‑1 (MQ=255)
ttCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCAt < 1:157729/287‑1 (MQ=255)
ttCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATc < 1:1867212/288‑1 (MQ=255)
gccGGAAGGCTGTTTCATTCCGGATGATCCGCTACAAGGAAGGGGGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCgg < 2:526284/288‑1 (MQ=255)
cGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCt > 1:1201633/1‑289 (MQ=255)
cGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCt < 1:663669/289‑1 (MQ=255)
aGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCttatt < 1:972198/289‑1 (MQ=255)
aGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCttatt < 1:850021/289‑1 (MQ=255)
gTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAgcgc < 1:935181/225‑1 (MQ=255)
gTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAgcgc > 2:935181/1‑225 (MQ=255)
ttCATTCCGGCTGCTGCGCTACACGGAGTGGTGCTGGGTTATTTGAGCCCCATACTTGCCGATATGCTGACCCCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATc < 1:1323747/289‑1 (MQ=255)
aTTCCGGATGTTGCGCTCCAAGGAATGGGTCTGGGTTATTTGGGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAgg < 2:969268/289‑1 (MQ=255)
gCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCGTTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCttatt > 1:1807066/1‑273 (MQ=255)
gCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCGTTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCttatt < 2:1807066/273‑1 (MQ=255)
gCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAAt > 1:1022555/1‑289 (MQ=255)
gcgcTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTaaa < 2:402397/289‑1 (MQ=255)
tACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGCGCCACATACTTGCCGATATGCTGACCCCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAgg < 1:1193089/289‑1 (MQ=255)
ggTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAGGCAAAAATCa > 1:1230605/1‑288 (MQ=255)
ggTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTAGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCTTTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAGGCAAAAATCa > 1:1462548/1‑288 (MQ=255)
ggTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGTCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATa < 2:59353/217‑1 (MQ=255)
ggTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATACAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAGGCAAAAATCACCTTTCTg > 1:718007/1‑289 (MQ=255)
ttATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAGGCAAAAATCACCTTTCTGGa > 1:1707068/1‑289 (MQ=255)
tATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAGGCAAAAATCACCTTTCTGGa < 1:391543/288‑1 (MQ=255)
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attgCATTAGTTGTGTGGTCGGTATGGATGACCCAGTCATTACCCGGGGACCGCGCTGTTCGTGTGTCATCG‑CAAATGCTCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAAGCAAAAATCACCTTTCTGGAATAAGCAATTCCATTTGAATATAAGAGCCAGCTAACAGTTCTGTTAATCTTGCGCCAACACTTTGACTGCTACGCAGTTATAGAAATAATAAGATCAGGTGAACGGGGATGAACTTTCCATTAATTGCGa < 2:1439041/286‑1 (MQ=255)
attattTGTCTGGTCGGTATGGATGCCACATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAGGCAAAAATCACCTTTCTGGAATAAGCAATTCCATTTGAATATAAGAGCCAGCTCACAGTTCTGTTAATCTTGCGCCAACACTATGACTGCTACGCAGTGATAGAAATAATAAGATCAGGAGAACGGGGATGAACTTTCCATTAATTGCGAACATc < 2:605536/289‑1 (MQ=255)
ttGTCTGGTCGGTATGGATGCCCCATTCATTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGTCATCGCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAGGCAAAAATCACCTTTCTGGAATAAGCAATTCCATTTGAATATAAGAGCCAGCTCACAGTTCTGTTAATCTTGCGCCAACACTATGACTGCTACGCAGTGATAGAAATAATAAGATCAGGAGAACGGGGATGAACTTTCCATTAATTGCGAACATCgtggt < 2:484178/289‑1 (MQ=255)
|||
GCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAACCAACTGGAACGTTTTATCTGCATGGCATTATTTGTCTGGAGCGTATGGATGCCCCATAGTTTACCCGAGAACAGCGCTGTTCGT‑TGGAGTAGCCAAATGATCAATACCTTGCAGATCCAGTTTCATCGGCTTATTAAGCATCAGGTTGAATACTAAAAAGGCAAAAATCACCTTTCTGGAATAAGCAATTCCATTTGAATATAAGAGCCAGCTCACAGTTCTGTTAATCTTGCGCCAACACTATGACTGCTACGCAGTGATAGAAATAATAAGATCAGGAGAACGGGGATGAACTTTCCATTAATTGCGAACATCGTGGTGTTCGTT > CP042583/1492357‑1492923
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
