Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,497,792 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,497,792 | 0 | A | T | 98.3%
| 674.0
/ NA
| 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (147/138); minor base G (0/5); total (147/143) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.81e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,497,793 | 0 | G | C | 99.7%
| 680.7
/ NA
| 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (147/142); total (147/143) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,497,794 | 0 | C | G | 99.7%
| 687.5
/ NA
| 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (145/143); total (147/143) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
ACTGACGACCAGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGAAGCGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTAGCCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGATTGCGCTGGCGGGTGACGCGCGCAAGTTTAAAGCAACAATCAAGATCGCTGACCAGGGTGAAGAAGGGATTGTGGAAGCTGACAGCGCTGACGGTAGTTTTATGGATGAACTGCTAACGCTGATGGCAGCACACCGCGTGTGGAGTCGCATTCCTAAGATTGACAAAATTCCT > CP042583/1497516‑1498073
|||
actgacGACCAGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCg > 1:1818964/1‑289 (MQ=255)
tgacGACCAGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGAt > 1:1400450/1‑289 (MQ=255)
gacgacCAGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATg < 1:72942/289‑1 (MQ=255)
gacCAGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCgg < 2:864645/289‑1 (MQ=255)
aGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCAt > 1:135497/1‑289 (MQ=255)
gAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTAAtttt > 1:899690/1‑286 (MQ=255)
tatCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGCTGCGGTCATTGTCCCt > 2:340466/1‑289 (MQ=255)
tatCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCt > 1:12303/1‑289 (MQ=255)
acttaCCCCACCGACGGACGGCACCTGTCTGAAAAATGACACAGCCGTAAGGTTGGGCGCCATTCCTGACGGGTATGTGAAAGGTCGCGGGGTAGGGATTTTACTGAATGATGAAGTGAGATCGGGAGAACGTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGGCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAAGGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCAGTGTCCCt < 2:1942183/285‑1 (MQ=255)
ccccACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTCCCTTTGCCGGTGCACCTTCCCGGACGGTCGATGCGGGTATTGTCCCTTGCg > 2:1116952/1‑288 (MQ=255)
ccccACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCg > 1:62865/1‑288 (MQ=255)
ccccACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCg > 1:266448/1‑288 (MQ=255)
ccccACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCg > 1:1835632/1‑288 (MQ=255)
cACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCTTTGTCCCTTGCGTCaa > 2:1845238/1‑289 (MQ=255)
ccGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATc > 2:1183408/1‑288 (MQ=255)
cGGCCGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATcgc < 1:1541433/289‑1 (MQ=255)
cAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATc > 1:882986/1‑289 (MQ=255)
cGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCt < 2:1216500/289‑1 (MQ=255)
tCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGAc > 2:940260/1‑289 (MQ=255)
aaGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCGTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCg < 1:1172899/289‑1 (MQ=255)
tccatccTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGcc < 1:1925406/289‑1 (MQ=255)
gtgcTTTAGTTTGTCCGGCATTCATGACGGTGGTGGGGAGGGGCGCGTGTTAGCGATTTTACTTGATGATGCGGGGAGGTCGGCAGACCTTCTGGGCAGTCTCAAGGAGATGAAGGCGAAAGGCGTTCATGCCAGACTGCGCTACTCACGATGGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTAGCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAac < 2:1583461/286‑1 (MQ=255)
tccTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGACGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGTTCTCGCTGACCACGGCGTTTCCAacc > 2:1692135/1‑288 (MQ=255)
ccTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAacta < 2:633346/289‑1 (MQ=255)
aGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTAcc < 1:641856/289‑1 (MQ=255)
tACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGcc < 1:962930/273‑1 (MQ=255)
aCGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGa < 1:246681/289‑1 (MQ=255)
gCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAg < 1:837438/289‑1 (MQ=255)
cTGACGGTGATGTGGAAGGTCGCGTGGTAGGGATTTTACTTGAGGATGAATTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACaa < 2:1541423/289‑1 (MQ=255)
cTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGGAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGCAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGCTGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACaa < 1:1692135/289‑1 (MQ=255)
tGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCTATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGACATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACaaa < 1:815199/289‑1 (MQ=255)
tGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAACCACCtt > 1:1014797/1‑289 (MQ=255)
tGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGCCAATATCCCGGCTATCCCCGACAACGCCGACTCCAACCACTCCCCGATGGCCGCCCCCAACCACCtt > 2:684173/1‑289 (MQ=255)
tgtgAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGc > 2:1718906/1‑201 (MQ=255)
tgtgAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGc < 1:1718906/201‑1 (MQ=255)
aaaGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGa > 1:190096/1‑289 (MQ=255)
tCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGATTgc > 1:1562115/1‑288 (MQ=255)
cgcgTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGATTgcg < 2:236914/288‑1 (MQ=255)
cgcgTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGATTgcg < 2:1400450/288‑1 (MQ=255)
ttttACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCAACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGATTGCGCTGGCGGGTGAcg < 1:353/288‑1 (MQ=255)
tACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGATTGCGCTGGCGGGTGAcgcgcg < 1:995283/289‑1 (MQ=255)
tACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGATTGCGCTGGCGGGTGAcgcgcg < 1:940260/289‑1 (MQ=255)
aCTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGATTGCGCTGGCGGGTGACgcgcgc < 2:644922/289‑1 (MQ=255)
aCTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGATTGCGCTGGCGGGTGACgcgcgc < 1:1122304/289‑1 (MQ=255)
aaGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGATTGCGCTGGCGGGTGACGCGCGCAAGTTTAAAg < 1:409515/288‑1 (MQ=255)
tcggcAGACCTTCTGGCCATTTTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAATCCGATTGCGCTGGCGGGTGACGCGCGCAAGTTTAAAGCAACAATCa < 1:126132/286‑1 (MQ=255)
cggcAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGGTGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGATTGCGCTGGCGGGTGACGCGCGCAAGTTTAAAGCAACAATCaa < 1:33084/287‑1 (MQ=255)
cggcAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCTTTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGATTGCGCTGGCGGGTGACGCGCGCAAGTTTAAAGCAACAATCaa < 2:1474666/287‑1 (MQ=255)
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|||
ACTGACGACCAGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGAAGCGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTAGCCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGATTGCGCTGGCGGGTGACGCGCGCAAGTTTAAAGCAACAATCAAGATCGCTGACCAGGGTGAAGAAGGGATTGTGGAAGCTGACAGCGCTGACGGTAGTTTTATGGATGAACTGCTAACGCTGATGGCAGCACACCGCGTGTGGAGTCGCATTCCTAAGATTGACAAAATTCCT > CP042583/1497516‑1498073
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
