Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,506,213 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,506,213 | 0 | A | T | 100.0%
| 458.9
/ NA
| 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (111/84); total (111/84) |
| * | CP042583 | 1,506,214 | 0 | G | C | 98.5%
| 446.7
/ NA
| 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (109/82); minor base A (2/1); total (111/84) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,506,215 | 0 | C | G | 99.5%
| 451.8
/ ‑5.9
| 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (111/82); minor base A (0/1); total (111/84) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.28e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
ATCGCTGATGAACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTAGTGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATAGCCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTACTGAACTTGATCCGGGCTATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCAATTTAT > CP042583/1505940‑1506490
|||
aTCGCTGATGAACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGa < 1:888586/289‑1 (MQ=255)
tCGCTGATGAACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGAc > 1:696363/1‑289 (MQ=255)
cGCTGATGAACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CGGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCGGGGGGCGGCTAATTCGCTGGACGAAGCGACa > 1:1326136/1‑289 (MQ=255)
cAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTc > 1:707710/1‑289 (MQ=255)
aCTTTGTTATGGTCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGGTAAAACGCTGCGCCGGCGCATGCTGCGGGAAAGAGAGCCAGGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCGAGTCTCTGGTGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGGAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGacc < 2:914941/289‑2 (MQ=255)
tGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACccg < 2:1664261/289‑1 (MQ=255)
tGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGAATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACccg < 1:1029672/289‑1 (MQ=255)
gTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCTGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGAGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACccgc < 2:1946614/289‑1 (MQ=255)
gTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACccgc < 2:550438/289‑1 (MQ=255)
ctgGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAAATGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGGAGGAGCGACAACGTTAATTAGGACACCGGCCGGGTTTGATc > 2:1391982/1‑289 (MQ=255)
gggAACCGTTAAGTCGCGGTCGGGCATGTTTTCGGTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGGGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCAACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACgg < 2:1920029/288‑1 (MQ=255)
ggAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGt > 1:1175875/1‑289 (MQ=255)
gAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGtt > 1:418686/1‑289 (MQ=255)
cgGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGt > 2:1000971/1‑289 (MQ=255)
tcagggcTAAAACGGTGCAGCGGAGCATGCTGCGGTAGAGAGAGCCAGGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTTGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGt < 1:637434/283‑1 (MQ=255)
tcagcgcTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGt < 2:1406868/285‑1 (MQ=255)
cgcTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAACTTCTTTGTAAGCCGCTCCTGTCCGGTAACTa > 2:1862588/1‑289 (MQ=255)
cgcTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAAGTa > 1:679846/1‑289 (MQ=255)
cgcTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTa > 2:1529998/1‑289 (MQ=255)
cgcTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTa > 1:1877066/1‑289 (MQ=255)
ttGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAAtt > 1:1680655/1‑286 (MQ=255)
ccGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAAc < 1:662267/288‑1 (MQ=255)
tgcGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGGGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CGGAAAGAAAAGCACCCGGAAATGGCTCAATATGATCTTATTCAAAAACGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTAGCTGGAAGAAGGGACAACGATAATTCGGCAAACCTCTGGGCTTGATCACGACGGTTTTAAAAATATTTGTCAGCGCGTGGTTTCCAGTAACTATGAAATTACTGAACTAGATcgtacgc > 2:789364/1‑283 (MQ=255)
ggTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATG < 1:1359046‑M1/289‑1 (MQ=255)
agCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTACCTAGGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATTACCAGCGA > 2:883324‑M1/1‑288 (MQ=255)
agCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGA > 1:613897‑M1/1‑288 (MQ=255)
ccATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTGGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAAGTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTAATGAACTTGATCCGGCGAAGGACCAGCGAGCg > 1:983265‑M1/1‑288 (MQ=255)
cATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCA > 1:113693‑M1/1‑289 (MQ=255)
tGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGTACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGT > 1:1403720‑M1/1‑289 (MQ=255)
aCATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATT > 1:1299936‑M1/1‑288 (MQ=255)
aCATGAGCTACGTTTGAGCCAGTCTCTGGGGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCGTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCTGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTt < 2:1436837‑M1/289‑2 (MQ=255)
cATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtc > 1:236212‑M1/1‑287 (MQ=255)
tGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGt > 2:261216/1‑232 (MQ=255)
tGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGt < 1:261216/232‑1 (MQ=255)
aCGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGTAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAAt < 1:774986/201‑1 (MQ=255)
aCGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaaca > 2:681305‑M1/1‑279 (MQ=255)
cGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaaca > 1:552773‑M1/1‑278 (MQ=255)
tGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaacaacagt < 1:1479396‑M1/289‑16 (MQ=255)
gcgcCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGT‑AGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaacaacagttt > 2:1535536‑M1/1‑272 (MQ=255)
cgcCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaacaacagttt > 1:1662507‑M1/1‑272 (MQ=255)
aGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACGGAACTTAATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCCGTTGATTtccctgaaccacgatttac > 2:31721‑M1/1‑268 (MQ=255)
tGGAGCGTTGGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaacaacagtttaccttgcggt < 1:214229‑M1/289‑28 (MQ=255)
gTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaacaacagtttaccttgcggttgtaaa > 1:443676‑M1/1‑256 (MQ=255)
gTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaacaacagtttaccttgcggttgtaaa > 2:673085‑M1/1‑256 (MQ=255)
tttGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCg > 2:399372/1‑190 (MQ=255)
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tttGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaacaacagtttaccttgcggttgtaaaa > 1:1318591‑M1/1‑255 (MQ=255)
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ggCGGTTATTTCGCTGGAAGAAGCGCAAACGTTAATTCGGCCACCGGCCGGGTTGGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTTCTTTCCGGTACCTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaacaacagtttaccttgcggttgtaaaagccgcagggtgtgcctgccatcgaaccagcacgcgccctggtcggtagtgagcaatttatcgcccagttgccacgccccgttaatcacaaacaccaccccg < 2:707710‑M1/288‑136 (MQ=255)
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ATCGCTGATGAACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTAGTGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCG‑CTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATAGCCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTACTGAACTTGATCCGGGCTATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCAATTTAT > CP042583/1505940‑1506490
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
