Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,506,213 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,506,213 | 0 | A | T | 99.5%
| 446.5
/ NA
| 194 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (107/84); total (109/85) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,506,214 | 0 | G | C | 99.5%
| 442.2
/ NA
| 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (107/85); total (109/86) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,506,215 | 0 | C | G | 98.4%
| 438.4
/ ‑6.0
| 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (104/85); minor base A (2/1); total (109/86) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
ATCGCTGATGAACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTAGTGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATAGCCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTACTGAACTTGATCCGGGCTATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCAATTT > CP042583/1505940‑1506488
|||
cGCTGATGAACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACa > 1:1942700/1‑289 (MQ=255)
cGCTGATGAACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGCTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGGGGTGGCGCTGAACGAACACCACCCGGAAATGACTCAATAACATAATATTCAAAACTCGCGGTGGAGGGGGGCGGTTACTTCGCTGGGAGTAGCGACa > 2:1655420/1‑289 (MQ=255)
tgatgaACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACg < 2:297594/289‑1 (MQ=255)
gaACAAAAACTTTGTTCTGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATTTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTaa < 1:912604/289‑1 (MQ=255)
ccTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGttt > 1:1466107/1‑289 (MQ=255)
ccTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGtt < 1:847559/288‑1 (MQ=255)
ctgGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATc > 1:323690/1‑289 (MQ=255)
aCTGGAAACGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTCTTCGCTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAACGAGAGCCATGAGGAACATGCCCTACGCTTAAGCCAGACCCTGGACCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCAGTGGCGCCGACAGGACAGCATCCGGAACTGCCTCAATCTCAAATTATCCAAAACTGGCTCTGTCTTGTGGCGGTTAATATCCTGGAAGAATAGACACTGATAATGCGGGCCACCGCCCGGGTTGAtgaaac > 2:1239674/1‑283 (MQ=255)
cTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCacgac < 2:441957/288‑1 (MQ=255)
cTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTCCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGGGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGGGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCacgac < 2:845589/288‑1 (MQ=255)
tGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGGTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACgg < 1:962705/289‑1 (MQ=255)
gAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGCGCGTTTGCGGGTGGAGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATAGCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCCGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACACCGTTACATCGGACACCCGCCGGGTTTGTTCactagtgtt > 2:1647429/1‑282 (MQ=255)
gAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGtt > 2:1707316/1‑289 (MQ=255)
aaCCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACCTGCGCTACGCTTGCGCCAGACTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCCAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGACATGACACAATAGCATATTATTCAACACTGGCCGTGACTGGGGGCGACTACTTCGCAGGAAGCAGCGACAACGTTACTTCGGACCCCCCCCGGAttttctcctactgggtt > 2:1026601/1‑275 (MQ=255)
aaCCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTta > 2:1875878/1‑289 (MQ=255)
gTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTGATaaa > 2:118430/1‑289 (MQ=255)
ttAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCCAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATCAGCTGGAAGAAGCGACAACGGTAATTCGGACCACCGCCGGGTTTGAACAAGCCGGTtaacaaa > 2:1789274/1‑284 (MQ=255)
ttAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGCTATaaaa > 1:1647446/1‑289 (MQ=255)
tAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAAt < 1:1617458/289‑1 (MQ=255)
cgGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGt > 1:44110/1‑289 (MQ=255)
cgcTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCTCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTTATCACGACGGTTATAAAACTCTTTGTAAGCCGCTTCTTTCCGTGAACTa > 2:1943969/1‑289 (MQ=255)
gcgaaaaCGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTa < 2:1400435/285‑1 (MQ=255)
ttGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAAtactg > 2:1230623/1‑285 (MQ=255)
cgggggaTGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGACCATGCGCTGCGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACt < 2:1463824/282‑1 (MQ=255)
tgctgcGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCg > 2:1078838/1‑288 (MQ=255)
tgctgcGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCg > 1:885581/1‑288 (MQ=255)
tgcGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTAGGAAATTACTGAACTTGATCTGGcca > 2:674483/1‑287 (MQ=255)
gTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACCATGAACTTACTGAATTTTCTCCGGAGAATG > 2:1811169‑M1/1‑288 (MQ=255)
tGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAACGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCCGT > 1:221495‑M1/1‑289 (MQ=255)
gAACATGGGCTACGCTTGGGCCAGTCTCTTGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGA < 2:648486‑M1/288‑1 (MQ=255)
aTGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtca < 1:1875878‑M1/289‑4 (MQ=255)
tGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtc > 1:93697‑M1/1‑285 (MQ=255)
tACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaa < 1:674483‑M1/288‑9 (MQ=255)
tACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaa < 1:1491930‑M1/288‑9 (MQ=255)
aCGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaaca > 1:1232648‑M1/1‑279 (MQ=255)
aCGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaaca > 1:559245‑M1/1‑279 (MQ=255)
aCGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaac < 2:885581‑M1/288‑10 (MQ=255)
gcgcCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGAt > 2:488663/1‑244 (MQ=255)
cgcCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCAACAACGTTAATTCg < 2:87677/158‑1 (MQ=255)
cgcCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCAACAACGTTAATTCg > 1:87677/1‑158 (MQ=255)
aGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAACATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGACATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtccctgaacaacagtttacct > 1:906922‑M1/1‑268 (MQ=255)
gTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCATCGAGCCCGTGTATTtcactgaacaacagtttacctt > 2:417823‑M1/1‑267 (MQ=255)
tGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaacaacagtttaccttgcggt > 1:1222391‑M1/1‑262 (MQ=255)
ggAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaacaacagtttaccttgcggtt > 1:1960340‑M1/1‑261 (MQ=255)
tttGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaacaacagtttaccttgcggttgtaaaa > 1:1706056‑M1/1‑255 (MQ=255)
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ggtggtGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTATCTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTtcactgaacaacagtttaccttgcggttgtaaaagccgc < 2:1377017‑M1/288‑40 (MQ=255)
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ATCGCTGATGAACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTAGTGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATAGCCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTACTGAACTTGATCCGGGCTATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCAATTT > CP042583/1505940‑1506488
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
