Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,553,491 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,553,491 | 0 | A | T | 100.0%
| 660.7
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (148/129); total (148/129) |
| * | CP042583 | 1,553,492 | 0 | G | C | 98.9%
| 644.0
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (147/126); minor base A (1/2); total (148/129) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,553,493 | 0 | C | G | 99.6%
| 651.6
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (148/128); minor base T (0/1); total (148/129) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
ATGCGCACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCAAGCCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGAGTTTATTGAGCCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTAGTATTGTCGATATTATCCAGCAAAGCATCCGCCCCGATGATATTTTAGCGCGACTGGAGGGTGAGGTGTTTGGCTTGCTATTTACCGAACTCAATAGTGCCCAGGCAAAAATCATTGCGGAACGTATGCGTAAAAATGTCGAACTCCTGACCGGCTTTAGTAAC > CP042583/1553212‑1553760
|||
cgcACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCtgttg > 1:149618/1‑289 (MQ=255)
cgcACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCtgttg > 1:195214/1‑289 (MQ=255)
cacGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTaa < 2:771307/289‑1 (MQ=255)
tAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACtt < 1:480836/289‑1 (MQ=255)
cGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTCTAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTCGAGTCATTATTGTCGCGACATGTTGTTAAGGACTTCTGTTTc > 2:372181/1‑289 (MQ=255)
cGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAg > 2:554231/1‑277 (MQ=255)
cGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAg < 1:554231/277‑1 (MQ=255)
gAACTATGTCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGATTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCtgtg < 1:686918/286‑1 (MQ=255)
gAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATGACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCtgtg < 1:1748872/286‑1 (MQ=255)
ggCCGTTGATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGCGTATAAGTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACTAATATTTATAATCTGCGCTACTTTTTCAACATCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGt < 2:982745/289‑1 (MQ=255)
ggCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGt < 2:727955/289‑1 (MQ=255)
gTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACg < 2:1281827/289‑1 (MQ=255)
tCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATg < 1:1302560/262‑1 (MQ=255)
tCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATc < 1:1064643/278‑1 (MQ=255)
tCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATc > 2:1064643/1‑278 (MQ=255)
tCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGc > 1:172329/1‑289 (MQ=255)
tCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGc > 2:1397071/1‑289 (MQ=255)
catcgcTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCaa > 1:714340/6‑289 (MQ=255)
gctgcAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATg < 2:1219300/289‑1 (MQ=255)
tacttCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCg > 2:1600011/1‑289 (MQ=255)
cTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTgg > 1:1597578/1‑289 (MQ=255)
aCTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCAt < 1:1623770/257‑1 (MQ=255)
aCTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATa > 2:92097/1‑289 (MQ=255)
tctGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATaaa > 1:1917859/1‑289 (MQ=255)
ggattggTATAATTATACTATCTGGTATATCTGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAGACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTg < 2:1652083/283‑1 (MQ=255)
ggATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTg < 2:675577/289‑1 (MQ=255)
ggATGAGTATAATTATACTATCTAGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTGTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTATTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTg < 2:1465121/289‑1 (MQ=255)
tGAGTATAATTATACTTTCTGGTATTTCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAACCTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCt < 1:1249871/288‑1 (MQ=255)
tataATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGa < 1:228873/261‑1 (MQ=255)
tataATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTAGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGt > 2:1264431/1‑221 (MQ=255)
aTTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGtttcaat > 1:494931/1‑284 (MQ=255)
ttttaCTATCTGTGAAATCAAGTGCGGGAATGAAGTTTCCAGGAAACTGTTTATTGTGGCTTTTCTGAATTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTGTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGATGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGTGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGtttcaatt < 2:1614627/286‑7 (MQ=255)
ataCTAGCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTCAACTGTTTGTTGTGTATTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTATCCAGCAAACTGGCAGTTCAGGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTAATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCAAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGtttcaattgt < 1:1012267/289‑9 (MQ=255)
taCTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGtttcagttgt < 1:1290503/288‑9 (MQ=255)
aCTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGa > 1:1524137/1‑252 (MQ=255)
aCTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGa < 2:1524137/252‑1 (MQ=255)
cTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGt > 1:617763/1‑211 (MQ=255)
cTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGa > 1:1686289/1‑289 (MQ=255)
cTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGa > 1:858233/1‑289 (MQ=255)
cTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGa > 1:7288/1‑289 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAg > 1:1854801/1‑188 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCgtgt < 2:1172441/256‑1 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCgtgt > 1:1172441/1‑256 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGTTAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGatat > 1:400671/1‑289 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGatat > 2:1230543/1‑289 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGGGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGCCGatat > 2:1015311/1‑289 (MQ=255)
ggTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGa < 2:1534687/245‑1 (MQ=255)
cAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGATATTATCCAGCaa > 1:584869/1‑289 (MQ=255)
cAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCAACAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGGGAGAACGGGCTGGTTTCAATTGTAAATATTATCCATCaa > 2:44034/1‑289 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
