Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,553,491 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,553,491 | 0 | A | T | 100.0%
| 831.2
/ NA
| 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (178/166); total (178/166) |
| * | CP042583 | 1,553,492 | 0 | G | C | 99.7%
| 817.5
/ NA
| 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (177/166); minor base A (1/0); total (178/166) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,553,493 | 0 | C | G | 99.7%
| 823.2
/ NA
| 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (177/166); minor base T (1/0); total (178/166) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
TGCGCACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCAAGCCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGAGTTTATTGAGCCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTAGTATTGTCGATATTATCCAGCAAAGCATCCGCCCCGATGATATTTTAGCGCGACTGGAGGGTGAGGTGTTTGGCTTGCTATTTACCGAACTCAATAGTGCCCAGGCAAAAATCATTGCGGAACGTATGCGTAAAAATGTCGAACTCCTGACCGGCTTTAGTAACAG > CP042583/1553213‑1553762
|||
tGCGCACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCtgt > 1:634517/1‑289 (MQ=255)
cgcACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCtgttg > 2:852016/1‑289 (MQ=255)
cacaCGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTgttgtt > 1:1285702/1‑289 (MQ=255)
acGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGGGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAg > 2:223141/1‑289 (MQ=255)
acGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAg < 1:2679189/289‑1 (MQ=255)
tAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACtt < 1:1213858/289‑1 (MQ=255)
cGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCtgtg > 2:1903594/1‑287 (MQ=255)
gAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCa < 1:8084/289‑1 (MQ=255)
aaTAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATAtt > 2:80847/1‑289 (MQ=255)
aaTAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATAtt > 1:362638/1‑289 (MQ=255)
aTAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAAATTACTTCTACTGACTCGGGATGAGGATAAGTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCGTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTa < 1:351505/289‑1 (MQ=255)
ttattaTGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTGAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAAt > 2:2687603/1‑285 (MQ=255)
ctggcatcgcTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGt < 1:2261711/257‑1 (MQ=255)
catcgcTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCa < 2:1925256/283‑1 (MQ=255)
cTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGccc > 1:2470912/1‑289 (MQ=255)
cTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGccc > 1:1352264/1‑289 (MQ=255)
gctgcAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATg < 2:1352264/289‑1 (MQ=255)
cAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATgggg > 1:427697/1‑288 (MQ=255)
cAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGa < 2:427697/289‑1 (MQ=255)
ttCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCgtgt < 2:2209105/289‑1 (MQ=255)
aCTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATa > 1:714449/1‑289 (MQ=255)
tctGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTATTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACa < 1:1038374/273‑1 (MQ=255)
gTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGtt > 1:1590660/1‑289 (MQ=255)
tataATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACtt > 2:2566250/1‑206 (MQ=255)
tataATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATg < 2:699488/216‑1 (MQ=255)
tataATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGc < 2:5621/251‑1 (MQ=255)
ttATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGtttca > 2:1595363/1‑283 (MQ=255)
ataCTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGtttcaattgt < 2:634517/289‑9 (MQ=255)
taCTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGt < 2:1685261/213‑1 (MQ=255)
cTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGTGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGa > 1:1826211/1‑289 (MQ=255)
cTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAg > 1:890657/1‑191 (MQ=255)
cTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATTCTGGt < 1:2167277/211‑1 (MQ=255)
cTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAAt < 2:213083/221‑1 (MQ=255)
cTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGa < 1:1009044/251‑1 (MQ=255)
cTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGa > 2:1009044/1‑251 (MQ=255)
aTCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGata < 1:556355/289‑1 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGt < 2:1131098/208‑1 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGt > 1:1131098/1‑208 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAAt < 2:2075828/218‑1 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATc < 2:107933/233‑1 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATc > 1:107933/1‑233 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCaa < 2:92776/242‑1 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCgtgt > 1:173929/1‑256 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGtttcaattttcgttat > 2:1503229/1‑275 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGatat > 1:1320906/1‑289 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGatat > 1:1523676/1‑289 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGatat > 1:1389320/1‑289 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGatat > 1:1487340/1‑289 (MQ=255)
tGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGAtatta > 1:2200805/1‑289 (MQ=255)
tatCAGTCGCTGGTTTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTTTTTTCTGATTTATAACATTTTGCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAGACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGATATTATCCAg < 2:604264/289‑1 (MQ=255)
cAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATg < 1:205146/193‑1 (MQ=255)
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aaTATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTTTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGATATTATCCAGCAAAGCATCCGCCCCGATGATATTTTAGCGCGACTGGAGGGTGAGGTGTTTGGCTTGCTATTTACCGAACTCAATAGTGCCCAGGCAAAAATCATTGCGGAACGTATGCGTaaaa < 2:1285702/289‑1 (MQ=255)
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|||
TGCGCACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCAAGCCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGAGTTTATTGAGCCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTAGTATTGTCGATATTATCCAGCAAAGCATCCGCCCCGATGATATTTTAGCGCGACTGGAGGGTGAGGTGTTTGGCTTGCTATTTACCGAACTCAATAGTGCCCAGGCAAAAATCATTGCGGAACGTATGCGTAAAAATGTCGAACTCCTGACCGGCTTTAGTAACAG > CP042583/1553213‑1553762
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
