Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,557,005 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,557,005 | 0 | A | T | 100.0%
| 513.5
/ NA
| 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (90/126); total (90/126) |
| * | CP042583 | 1,557,006 | 0 | G | C | 100.0%
| 512.5
/ NA
| 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (90/126); total (90/126) |
| * | CP042583 | 1,557,007 | 0 | T | A | 99.5%
| 507.7
/ NA
| 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (90/124); total (90/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
CCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGAAGCGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCAGCCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTAGTCCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACAGTCTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTAGTCTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCAGCGCACGCGATCACCTGGACTCTGCTTTTCGGTTTTGGTTCCGGCGCAACAA > CP042583/1556725‑1557281
|||
cccTCCTTCCTTCGCCGCAGGTCCCGGCGCCTATTCCCGTACAATTGGTGTCGCGGCAGCACTGGGATCCGCTATTGTCGTGCAGGTGGCTTTGTAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑GGCTGAGGTGTTTTCCTCTGTTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCATGTTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCATGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCGTGGGATCAACTCACTGGTc < 2:704662/289‑1 (MQ=255)
ccTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCt < 1:1302569/289‑1 (MQ=255)
tCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTAt < 2:66510/289‑1 (MQ=255)
gcATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGGTGATTCCCTGCCAAGGGGGGCTGCGGGGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTAt < 2:1499707/288‑1 (MQ=255)
aTTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTAtt > 1:646130/1‑289 (MQ=255)
tCCGTGTCCAGGCTTACCGGCTCATGTTCCCTGACATGTGGAGCTGCGGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTGTTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCACCAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACg < 2:1740157/289‑1 (MQ=255)
tCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACg > 1:296976/1‑289 (MQ=255)
tCCGGCGCCGAACTTACCGGCGCATATGCCCTGGCAATGGGGGCTGGGGCGGCACTGGGGTCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCAGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACg < 2:1479304/289‑1 (MQ=255)
gccctCGACAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACg < 2:472318/285‑1 (MQ=255)
tCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTCTCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACgcgct > 1:1129568/1‑285 (MQ=255)
tCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGACCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGat > 1:262719/1‑289 (MQ=255)
cTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATtggc < 2:540899/288‑1 (MQ=255)
aCCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATtggctg > 2:883444/1‑287 (MQ=255)
aCCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGGCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTCCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATtggctg > 1:1100699/1‑287 (MQ=255)
gcATATTGCCTGACAATGGGCGCTGCCGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGTAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTGTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGGTTCCgg < 2:1714755/289‑1 (MQ=255)
cTGGCAATGGGAGCTGCAGCGGCGCGGGGGTCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCtca < 2:1486190/289‑1 (MQ=255)
tGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCtca > 1:891775/1‑288 (MQ=255)
gtaCAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCTTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCtcat < 1:575687/287‑1 (MQ=255)
gACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCtcatc > 2:1407173/1‑289 (MQ=255)
aCAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCtcatca > 1:1152962/1‑289 (MQ=255)
aagggggGCTGCAGGGTCACTGGGATCGGGTTTGGTCGTGCCGCTGGCTTTGATC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTACTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGt < 2:771191/286‑1 (MQ=255)
aaTGGGAGCTGCCGGGGCGTTGGGATCGGCTGTGGTCGTGCCGCGGGCTTTGAAC‑GGTTGTGGCTGGCAAGGGGCGTTGCTCA‑TGCTGATGGGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGt < 2:891775/289‑1 (MQ=255)
aaTGGGAGCTGCAGTGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCGGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGt < 1:1074626/289‑1 (MQ=255)
aaTGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGt < 1:1313541/289‑1 (MQ=255)
tGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTc > 1:1463550/1‑288 (MQ=255)
tGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCa < 2:979363/289‑1 (MQ=255)
ggAGCTGCAGCAGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACg > 1:1668112/1‑289 (MQ=255)
ggaggCACTGGGATGTGCCATGGTCGAGGCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCGTGGCTCGGTTCTCATTGCT‑ATGTGTTTGCCTCGGCTGGCTCTTGTTTTATGGCTGCCACACTAGCAAAGTCGACAACATGCATATTCGAGTACGTAGCGCGCCTTACATAGTCGGAGTATCTGGCGTTCACCGCGTGCCTGGCAGGTCCCATTGTGTTTTGGGATCAACTCACGGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCTTTCCTCATCAGTCACGGCTATAg < 2:293981/285‑1 (MQ=255)
gCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGaa > 1:1210300/1‑288 (MQ=255)
cACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGCTCAACTCACTGGGCTATTCCGTTATTATTGGCTGGCTTCCGGCGCTCCTCTTCAGTCCCGGCTATATCGaacc > 2:1185017/1‑287 (MQ=255)
cTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGtt < 1:907622/288‑2 (MQ=255)
cTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGtt < 2:236552/288‑2 (MQ=255)
tATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGttca < 1:1515918/289‑4 (MQ=255)
tGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGttcact < 2:1207697/289‑6 (MQ=255)
cGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGttcactgca < 1:805138/288‑9 (MQ=255)
gCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCCCATAAGTCACGGCTATAGCGAAGCCCAGGCtgggtcccgtgctggt > 2:1302840/1‑276 (MQ=255)
ggCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGCGATTATTGGCTGGCTTTCGGCGATCCTCATCAGGCACGGCTATATCGAAGTACAGGCGGGGTCCCTGCAGGGTTtgctg > 2:153593/1‑289 (MQ=255)
tttGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCaa < 2:1661475/289‑1 (MQ=255)
tttGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCaa < 1:1149973/289‑1 (MQ=255)
ggTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCca < 1:684985/289‑1 (MQ=255)
ttttGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCcaca > 1:1873501/1‑289 (MQ=255)
ttttGGCTGGCAAGACGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACATCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGTAACTAGAcaca > 1:1520248/1‑289 (MQ=255)
tttGGCTGGCCAGGCGCTTTGTGCC‑TGTTGATTTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATCGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCcaca < 2:102472/288‑1 (MQ=255)
cAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGGTCTCTGCCTGGTTTGCTCCAACTAGCCACCGACGCAcccc > 2:1058021/1‑288 (MQ=255)
aGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGt < 1:121920/289‑1 (MQ=255)
a‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCAc < 1:377413/289‑1 (MQ=255)
a‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCAc < 1:876282/289‑1 (MQ=255)
gCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTtgc < 1:1413619/248‑1 (MQ=255)
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aaGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAAAGCAGCGTGGTATTTCAGCGGTCGTTGCCTTg > 2:995906/1‑289 (MQ=255)
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cTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGcc < 1:945278/195‑1 (MQ=255)
|||
CCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGAAGCGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCAGCCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTAGTCCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACAGTCTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTAGTCTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCAGCGCACGCGATCACCTGGACTCTGCTTTTCGGTTTTGGTTCCGGCGCAACAA > CP042583/1556725‑1557281
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A