Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,531,040 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,531,040 | 0 | A | T | 99.7%
| 779.4
/ NA
| 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (167/157); minor base G (0/1); total (167/158) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,531,041 | 0 | G | C | 99.7%
| 767.5
/ NA
| 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (166/158); minor base A (1/0); total (167/158) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,531,042 | 0 | C | G | 99.7%
| 760.5
/ NA
| 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (166/156); total (167/157) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
CACAAAATTAACACGAGAGTGGATTTTGTTACAGCACAGTCCGCAATTCCTGCTGACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATAGCAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCGTCTGCAGGAAAACAGTCTGTTTGATATCGTCAACACTATTCGCCAGGCGAAGGACGACCGCAATATCACCGGTATTGTGATGGATCTGAAAAACTTCGCAGGCGGCGACCAACCGTCTATGCAGTACATCGGCAAAGCTCTGAAAGAGTTTCG > CP042583/1530761‑1531317
|||
aaaTTAACACGAGAGTGGATTTTGTTACAGCACAGTCCGCAATTCCTGCTGACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGc < 1:336990/289‑1 (MQ=255)
ttAACAGGAGAGTGGATTTTGTTACAGCACAGTCCGCAATACGTGCTGACAAGTACGGGTTGTGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGTGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGGCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGGTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATGCGAAAGAAACGGcc < 2:2444987/287‑1 (MQ=255)
tGGATTTTGTTACAGCACAGTCCGCAATTCCTGATGACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGCTTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGGGTTTCGAACGAAACGGCCAGTCGTGgcgc > 1:2695377/1‑286 (MQ=255)
ttACAGCACAGTCCGCAATTCCTGCTGACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGa < 2:1894839/289‑1 (MQ=255)
gTCCGCAATTCCTGCTGACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGgt > 2:1118503/1‑289 (MQ=255)
atCCGCAATTCCTGCTGACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACAACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGgt < 2:1010164/288‑1 (MQ=255)
tCCGCAATTCCTGCTGACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGc < 2:2402249/254‑1 (MQ=255)
tCCGCAATTCCTGCTGACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGgtg > 1:899026/1‑289 (MQ=255)
tCCGCAATTCCTGCTGACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGgtg > 2:2044159/1‑289 (MQ=255)
cGCAATTCCTGCTGACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGGCGTGGCGCACTGCTGCTGGCAATTTCTGGtgtg > 2:740274/1‑289 (MQ=255)
ctgctgACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCTTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGTGGTGATCGTCGa > 2:1943421/1‑289 (MQ=255)
ctgctgACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGCTTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTTGCGCCCTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTTATCGTCGa > 2:760975/1‑289 (MQ=255)
ctgctgACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTc > 2:2692658/1‑274 (MQ=255)
ctgctgACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGa > 2:1063712/1‑289 (MQ=255)
gctgACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTTGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGATAGAAACGGCCAGTCTCTGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGAtggttgcga > 2:215285/1‑284 (MQ=255)
tgACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATaaa < 2:2000514/289‑1 (MQ=255)
aGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGa < 2:1279558/289‑1 (MQ=255)
cGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGtt < 2:1759762/289‑1 (MQ=255)
tGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCATCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGGGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGGGGCGCACTGCTGCTGGACAGTTCTGGGGTGATTGTCGATAAACCCGACAGTTCTCa > 1:1453631/1‑289 (MQ=255)
gTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCg > 1:1056882/1‑289 (MQ=255)
ttACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGAGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGATGTGGTGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATATGGATGCAGGTCAGTGGTGGGGATTCGAAAGCACCGGCCAGTCGTGGCGCAATGCTGCTGGACATTTATGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTACGCGGttt > 1:1795311/1‑289 (MQ=255)
tAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGCCGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCGGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGGTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCGCAGCGGTTTAGTaaa > 1:722863/1‑289 (MQ=255)
aaCCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGGGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCCCAGCGGTTTAGTAAAt > 2:968269/1‑289 (MQ=255)
ccACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTa > 1:628303/1‑289 (MQ=255)
tGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGc > 1:1811807/1‑200 (MQ=255)
ccTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGATTTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGAtc > 2:855387/1‑236 (MQ=255)
ccTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAgctgct > 1:2088656/1‑289 (MQ=255)
ccTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAgctgct > 1:2138199/1‑289 (MQ=255)
cTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGATTACATGCCAACCCTTTGTCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAGTGGACGTGGCGGCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGAGTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCtt < 2:1254438/289‑1 (MQ=255)
tgtgACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTg > 2:1852814/1‑289 (MQ=255)
gtgACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAgccgcc < 1:1284384/279‑1 (MQ=255)
gtgACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTgg > 2:1481106/1‑289 (MQ=255)
gACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTg < 1:1227242/289‑1 (MQ=255)
gtgtGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGt > 2:1125723/1‑289 (MQ=255)
gtgACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTc < 1:201753/289‑1 (MQ=255)
aaGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGttt > 2:1581510/1‑246 (MQ=255)
aaGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGttt < 1:1581510/246‑1 (MQ=255)
aaGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCg > 1:1160731/1‑287 (MQ=255)
aGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGCTTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCTAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCg > 1:851648/1‑286 (MQ=255)
aGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTc > 2:2520911/1‑205 (MQ=255)
aGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAg < 1:1601358/239‑1 (MQ=255)
tGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGTCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCGTCTGCa < 2:2725728/289‑1 (MQ=255)
ggAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCGTCTGCAgg > 1:1212876/1‑289 (MQ=255)
tACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAATTTGTACTTATCCTGTTCTTTCTTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGTCCTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAACCCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGTTGCCAGTTCCGATCGTCTGCAGGAAAAct < 1:596842/289‑2 (MQ=255)
tACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCGTCTGCAGGAAAAct < 1:1118503/289‑2 (MQ=255)
cATGCGAACCCTTTGGCGTTTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTAGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCGTCTGCAGGAAAActca < 2:297342/289‑4 (MQ=255)
gCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCGTCTGCAGGAAAActc > 1:2546114/1‑283 (MQ=255)
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tggtgATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCGTCTGCAGGAAAACTCACTGTTTGATATCGTCAACACTATTCGCCAGGCGAAGGACGACCGCAATATCACCg < 2:1812725/203‑1 (MQ=255)
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CACAAAATTAACACGAGAGTGGATTTTGTTACAGCACAGTCCGCAATTCCTGCTGACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATAGCAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCGTCTGCAGGAAAACAGTCTGTTTGATATCGTCAACACTATTCGCCAGGCGAAGGACGACCGCAATATCACCGGTATTGTGATGGATCTGAAAAACTTCGCAGGCGGCGACCAACCGTCTATGCAGTACATCGGCAAAGCTCTGAAAGAGTTTCG > CP042583/1530761‑1531317
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
