Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A7 F1 I2 R1 | 766 | 64.2 | 3232166 | 90.9% | 2938038 | 104.5 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,456,797 | G→C | A141P (GCC→CCC) | gspD → | general secretory pathway component, cryptic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,456,797 | 0 | G | C | 100.0% | 253.6 / NA | 71 | A141P (GCC→CCC) | gspD | general secretory pathway component, cryptic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (33/38); total (33/38) | |||||||||||
TTTTCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑GCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATAAAGCGCGTT > NC_000913/3456664‑3456928 | ttttCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGAGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑cccccc < 1:609083/139‑1 (MQ=255) ttCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTGCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCt > 1:1098781/1‑139 (MQ=255) aGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGc < 1:368109/139‑1 (MQ=255) tGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCa < 2:15130/139‑1 (MQ=255) ggTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAg < 2:767946/139‑1 (MQ=255) tCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGCTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGCCCCCCCCTGCTCCGCCAgat > 1:20504/1‑139 (MQ=255) gCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATgatggatg < 2:647388/139‑1 (MQ=255) aaTGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCgg < 2:1422620/139‑1 (MQ=255) aaTGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCgg < 2:1419374/139‑1 (MQ=255) tGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTTCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGTCCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGt < 2:1079978/139‑1 (MQ=255) aaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTc > 2:1017612/1‑139 (MQ=255) aTCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc > 1:874963/1‑133 (MQ=255) aTCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc < 2:874963/133‑1 (MQ=255) cGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAgatg > 1:845853/1‑116 (MQ=255) cGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAgatg < 2:845853/116‑1 (MQ=255) cGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTaa > 1:274111/1‑139 (MQ=255) gCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAAt > 1:666104/1‑139 (MQ=255) aGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAAtgtt < 2:315811/139‑1 (MQ=255) ggATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAAtgttgt < 2:1098781/139‑1 (MQ=255) gatTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCAt < 2:580124/139‑1 (MQ=255) atTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCgg < 1:1318824/115‑1 (MQ=255) atTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCgg > 2:1318824/1‑115 (MQ=255) gTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTc > 1:845844/1‑139 (MQ=255) ctcGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCaa > 2:331881/1‑139 (MQ=255) ctcGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCaa < 2:1437372/139‑1 (MQ=255) ctcGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCaa < 2:666104/139‑1 (MQ=255) ccAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTc < 2:845844/139‑1 (MQ=255) tgaGTTGGTCACCCGAATTGTACCTCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCt > 1:656313/1‑63 (MQ=255) tgaGTTGGTCACCCGAATTGTACCTCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCt < 2:656313/63‑1 (MQ=255) tgaGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc < 2:576917/88‑1 (MQ=255) tgaGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc > 1:576917/1‑88 (MQ=255) tgaGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGt < 1:331881/139‑1 (MQ=255) tgaGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGt > 2:1444256/1‑139 (MQ=255) aGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCg < 2:274111/139‑1 (MQ=255) ttGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTTTTCTGACCGGTCGTg > 2:1080514/1‑139 (MQ=255) ggTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGt > 1:672329/1‑133 (MQ=255) ggTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGt < 2:672329/133‑1 (MQ=255) ggTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGcc > 1:1377762/1‑139 (MQ=255) gTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGTCCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGcgt < 1:1017612/139‑3 (MQ=255) gTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCa < 2:775762/62‑1 (MQ=255) gTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCa > 1:775762/1‑62 (MQ=255) gTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATgatggat > 2:1401506/1‑72 (MQ=255) gTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATgatggat < 1:1401506/72‑1 (MQ=255) gTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGt > 2:603544/1‑132 (MQ=255) gTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGt < 1:603544/132‑1 (MQ=255) cACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCa > 2:1001898/1‑60 (MQ=255) cACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCa < 1:1001898/60‑1 (MQ=255) cACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTcc > 2:448433/1‑139 (MQ=255) ccGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGCCCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTccac < 2:20504/139‑1 (MQ=255) ccGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTccacc > 1:434844/1‑139 (MQ=255) gAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGtt < 1:858270/110‑1 (MQ=255) gAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATATTGTGCATTATGAACCCTCCAACGtt > 2:858270/1‑110 (MQ=255) ccGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAAc > 2:938897/1‑139 (MQ=255) cTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAgatga < 1:576786/49‑1 (MQ=255) cTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAgatga > 2:576786/1‑49 (MQ=255) cTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAAtgttgt < 2:1232789/77‑1 (MQ=255) cTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAAtgttgt > 1:1232789/1‑77 (MQ=255) ttGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTATTGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGAt < 1:938897/139‑1 (MQ=255) ttGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGAt < 1:637717/139‑1 (MQ=255) gagaACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc < 2:4021/60‑1 (MQ=255) gagaACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc > 1:4021/1‑60 (MQ=255) gagaACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTg > 1:1315415/1‑139 (MQ=255) gagaACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATGAAAAAACTGATTg < 1:1080514/139‑1 (MQ=255) cTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAAtgttgt > 2:1615597/1‑64 (MQ=255) cTGCTCGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAAtgttgt < 1:1615597/64‑1 (MQ=255) cGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc < 1:301227/45‑1 (MQ=255) cGTGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc > 2:301227/1‑45 (MQ=255) tGACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATAAAGCGCGtt > 1:528812/1‑139 (MQ=255) gACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCaa < 1:235214/74‑1 (MQ=255) gACCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCaa > 2:235214/1‑74 (MQ=255) aCCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTAtt > 1:858384/1‑83 (MQ=255) aCCTG‑CCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTAtt < 2:858384/83‑1 (MQ=255) | TTTTCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTG‑GCCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATAAAGCGCGTT > NC_000913/3456664‑3456928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |