Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F1 I2 R1
|
766 |
55.6 |
2631458 |
94.7% |
2491990 |
109.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,892,455 |
G→A |
A281T (GCG→ACG) |
mdtL → |
multidrug efflux system protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,892,455 | 0 | G | A | 100.0%
| 172.8
/ NA
| 54 | A281T (GCG→ACG) | mdtL | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (27/27); total (27/27) |
CGCGGTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTACGCGCGGGC > NC_000913/3892323‑3892589
|
cgcgGTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGCCGACGGGGa < 1:890274/139‑1 (MQ=255)
cgGTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGAt > 1:528034/1‑138 (MQ=255)
cgGTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGAt < 2:528034/138‑1 (MQ=255)
ttATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCAcc < 1:40624/139‑1 (MQ=255)
tGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑c > 1:264851/1‑139 (MQ=255)
cTGTCCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATg < 2:1102949/139‑1 (MQ=255)
cTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATg > 2:235620/1‑139 (MQ=255)
cTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATg > 2:1082931/1‑139 (MQ=255)
cTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATg > 1:179661/1‑139 (MQ=255)
tGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTtct < 2:179661/139‑1 (MQ=255)
aGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTtct > 1:1070216/1‑132 (MQ=255)
aGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTtct < 2:1070216/132‑1 (MQ=255)
ccGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCAc > 1:701030/1‑139 (MQ=255)
cGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACg < 2:498760/139‑1 (MQ=255)
gTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGc < 2:701030/139‑1 (MQ=255)
cACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGcc > 1:1289117/1‑139 (MQ=255)
cACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGcc > 2:419231/1‑139 (MQ=255)
ccATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCa > 1:1068481/1‑98 (MQ=255)
ccATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCa < 2:1068481/98‑1 (MQ=255)
ttGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTtctc < 1:1082931/139‑1 (MQ=255)
gcgcTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGa > 2:198828/1‑67 (MQ=255)
gcgcTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGa < 1:198828/67‑1 (MQ=255)
cgcTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGt < 1:121798/139‑1 (MQ=255)
gAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGttt < 2:264851/139‑1 (MQ=255)
ttttAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGgt < 2:263631/139‑1 (MQ=255)
aGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGcc > 1:1184198/1‑113 (MQ=255)
aGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGcc < 2:1184198/113‑1 (MQ=255)
acgtacgtTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGt > 1:423916/1‑120 (MQ=255)
acgtacgtTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGt < 2:423916/120‑1 (MQ=255)
cgtacgtTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGt < 1:205598/119‑1 (MQ=255)
cgtacgtTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGt > 2:205598/1‑119 (MQ=255)
cgtacgtTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGa > 2:576862/1‑139 (MQ=255)
gtacgtTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAg < 2:1289117/139‑1 (MQ=255)
gatCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTa > 1:466053/1‑139 (MQ=255)
gatCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTa < 2:1068338/139‑1 (MQ=255)
gatCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTa < 1:235620/139‑1 (MQ=255)
atCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAg > 2:1275892/1‑139 (MQ=255)
cACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGtt > 2:948971/1‑72 (MQ=255)
cACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGtt < 1:948971/72‑1 (MQ=255)
aCCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCg > 2:166814/1‑120 (MQ=255)
aCCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCg < 1:166814/120‑1 (MQ=255)
aCCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGc > 2:920063/1‑139 (MQ=255)
cTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCg > 1:766362/1‑139 (MQ=255)
cGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGtt > 1:1266146/1‑139 (MQ=255)
cGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGtt > 1:512792/1‑139 (MQ=255)
gtgtTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGcc > 2:1239759/1‑85 (MQ=255)
gtgtTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGcc < 1:1239759/85‑1 (MQ=255)
gtTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCAc > 1:1272189/1‑38 (MQ=255)
gtTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCAc < 2:1272189/38‑1 (MQ=255)
aTTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTAcgc > 2:522378/1‑139 (MQ=255)
ttCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTAcgcg < 1:419231/139‑1 (MQ=255)
ttCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTAcgcg < 2:512792/139‑1 (MQ=255)
tGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGgtg > 2:42122/1‑96 (MQ=255)
tGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGgtg < 1:42122/96‑1 (MQ=255)
ggcgacGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTtct > 1:1134683/1‑46 (MQ=255)
ggcgacGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTtct < 2:1134683/46‑1 (MQ=255)
ggcgacGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTACGCGCGGGc > 2:577588/1‑139 (MQ=255)
ggcgacGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTACGCGCGGGc > 1:499529/1‑139 (MQ=255)
ggcgacGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTACGCGCGGGc > 2:135321/1‑139 (MQ=255)
ggcgacGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTACGCGCGGGc > 1:469440/1‑139 (MQ=255)
ggcgacGGGGATCACACTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGCTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTACGCGCGGGc > 2:876471/1‑139 (MQ=255)
|
CGCGGTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTT‑CCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTACGCGCGGGC > NC_000913/3892323‑3892589
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
