Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F1 I1 R1
|
770 |
68.5 |
3470224 |
91.7% |
3182195 |
103.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,240,587 |
A→G |
Y215C (TAC→TGC) |
sstT → |
sodium:serine/threonine symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,240,587 | 0 | A | G | 93.8%
| 207.7
/ 1.7
| 64 | Y215C (TAC→TGC) | sstT | sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base G (30/30); total (32/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.77e-01 |
TGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTG > NC_000913/3240461‑3240718
|
tGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAActgct > 2:321897/1‑139 (MQ=255)
ggTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAActgctg > 1:400923/1‑139 (MQ=255)
gTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTgg > 1:1393941/1‑139 (MQ=255)
atGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTgg < 2:400923/139‑1 (MQ=255)
tGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGcgcg > 1:1167807/1‑119 (MQ=255)
tGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGcgcg < 2:1167807/119‑1 (MQ=255)
gTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGtt < 2:1393941/139‑1 (MQ=255)
aaTGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTTGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCt < 2:853193/139‑1 (MQ=255)
aaTGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCt > 1:853193/1‑139 (MQ=255)
tGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGt < 2:763817/139‑1 (MQ=255)
tGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGt < 2:332941/139‑1 (MQ=255)
gCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTgg < 1:134133/130‑1 (MQ=255)
gCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTgg > 2:134133/1‑130 (MQ=255)
ttACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGtt > 2:852318/1‑139 (MQ=255)
tATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACtggtg > 1:1593226/1‑139 (MQ=255)
gTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGgcgc < 2:288549/139‑1 (MQ=255)
gAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCtg < 1:852318/139‑1 (MQ=255)
aaaCTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCtgg > 2:1018556/1‑139 (MQ=255)
aaaCTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCtgg > 1:1150279/1‑139 (MQ=255)
gTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTgg < 1:1707709/106‑1 (MQ=255)
gTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTgg > 2:1707709/1‑106 (MQ=255)
gTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTg < 1:195654/102‑1 (MQ=255)
gTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTg > 2:195654/1‑102 (MQ=255)
aTTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAAcc < 2:1593226/139‑1 (MQ=255)
ttcgcttcgcACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAAcc > 1:1083519/1‑138 (MQ=255)
ttcgcttcgcACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAAcc < 2:1083519/138‑1 (MQ=255)
ttcgcACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGc < 1:811458/139‑1 (MQ=255)
tcgcACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCTCACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTgg > 2:203055/1‑100 (MQ=255)
tcgcACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCt > 2:1350401/1‑139 (MQ=255)
tcgcACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTCTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCTCACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTgg < 1:203055/100‑1 (MQ=255)
gcACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACT‑GTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCtggt > 2:1413312/1‑139 (MQ=255)
aTTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGcgcg < 1:1435974/69‑1 (MQ=255)
aTTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGcgcg > 2:1435974/1‑69 (MQ=255)
aTTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTgg < 1:264944/88‑1 (MQ=255)
aTTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTgg > 2:264944/1‑88 (MQ=255)
aTTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTgg < 2:1676250/88‑1 (MQ=255)
aTTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTgg > 1:1676250/1‑88 (MQ=255)
aTTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCtggtgtggt > 1:839173/1‑139 (MQ=255)
tGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTg > 1:1104777/1‑84 (MQ=255)
tGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTg < 2:1104777/84‑1 (MQ=255)
tGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTggtggt > 2:737982/1‑108 (MQ=255)
tGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTggtggt < 1:737982/108‑1 (MQ=255)
gggCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATtcgtc < 1:321897/139‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTcgtcgt > 2:1498905/1‑139 (MQ=255)
gTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTg > 2:1342390/1‑66 (MQ=255)
gTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTg < 1:1342390/66‑1 (MQ=255)
gTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAAcc > 1:616220/1‑139 (MQ=255)
aCCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGc < 1:1453452/139‑1 (MQ=255)
ccTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACtggtgg < 1:321269/80‑1 (MQ=255)
ccTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACtggtgg > 2:321269/1‑80 (MQ=255)
tGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTgg > 1:1165741/1‑61 (MQ=255)
tGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTgg < 2:1165741/61‑1 (MQ=255)
tGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGt < 1:1498905/139‑1 (MQ=255)
caccGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAAct < 2:1413880/36‑1 (MQ=255)
caccGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTGCGCGCAAct > 1:1413880/1‑36 (MQ=255)
acacTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGaaa < 2:1341875/139‑1 (MQ=255)
acTGTGGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACT‑GTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCg < 1:1413312/139‑1 (MQ=255)
tgGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCGTTGCTGGTGTGGTGGAAAAtt > 1:1078107/1‑90 (MQ=255)
tgGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAAtt < 2:1078107/90‑1 (MQ=255)
tgGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGgtg > 1:608668/1‑139 (MQ=255)
tgGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGG‑AAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCg < 1:63765/135‑1 (MQ=255)
tgGGGCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGG‑AAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCg > 2:63765/1‑135 (MQ=255)
ggggCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAAccc > 2:1337171/1‑67 (MQ=255)
ggggCTGCGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAAccc < 1:1337171/67‑1 (MQ=255)
|
TGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGCGGTG > NC_000913/3240461‑3240718
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
