Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I1 R1
|
750 |
51.0 |
2595496 |
93.6% |
2429384 |
106.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,218,365 |
C→T |
E238K (GAG→AAG) |
aer ← |
fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,218,365 | 0 | C | T | 100.0%
| 226.8
/ NA
| 70 | E238K (GAG→AAG) | aer | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (36/34); total (36/34) |
CAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCACTAACGCAC > NC_000913/3218234‑3218499
|
cagttcaTCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTg > 2:446752/1‑139 (MQ=255)
cGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAg < 1:446752/139‑1 (MQ=255)
cGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAg < 2:413383/139‑1 (MQ=255)
ccTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCt > 1:1066035/1‑139 (MQ=255)
ccTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCt > 2:683264/1‑139 (MQ=255)
ccTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCt > 2:747513/1‑139 (MQ=255)
ttCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCaa < 2:140609/139‑1 (MQ=255)
ttCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCaa < 2:221339/139‑1 (MQ=255)
ttCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCaa < 1:747513/139‑1 (MQ=255)
ctcACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCa < 2:1095000/127‑1 (MQ=255)
ctcACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCa > 1:1095000/1‑127 (MQ=255)
ccATTTCTGTCACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGAATCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCgg < 1:828166/139‑1 (MQ=255)
cATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGt > 1:527913/1‑139 (MQ=255)
tttCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCg > 1:46974/1‑139 (MQ=255)
tCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGcc < 2:527913/139‑1 (MQ=255)
cTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCa < 2:46974/139‑1 (MQ=255)
tGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAg > 2:414756/1‑139 (MQ=255)
gACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTg > 2:92430/1‑139 (MQ=255)
gACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTg > 2:1076374/1‑139 (MQ=255)
gACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTg > 1:391010/1‑139 (MQ=255)
gACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTg > 1:479976/1‑139 (MQ=255)
gACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCAAGTAATGTCAGCCACAGCATATCGATGCGATTCCGATGATCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGGCACCTTAAGTg > 2:669998/1‑139 (MQ=255)
cTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTc > 2:29227/1‑91 (MQ=255)
cTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTc < 1:29227/91‑1 (MQ=255)
cTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGa > 1:451201/1‑139 (MQ=255)
agaCATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAAc < 2:250911/139‑1 (MQ=255)
aCATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCt < 2:851055/88‑1 (MQ=255)
aCATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCt > 1:851055/1‑88 (MQ=255)
tCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACAtttt > 1:917717/1‑139 (MQ=255)
tCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACAtttt > 1:917222/1‑139 (MQ=255)
cGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTc > 1:1295566/1‑77 (MQ=255)
cGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTc < 2:1295566/77‑1 (MQ=255)
cGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGAt > 2:442046/1‑81 (MQ=255)
cGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGAt < 1:442046/81‑1 (MQ=255)
cGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTc > 2:1286020/1‑139 (MQ=255)
aTTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTc > 1:1075610/1‑102 (MQ=255)
aTTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTc < 2:1075610/102‑1 (MQ=255)
gCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGgcg < 1:92430/139‑1 (MQ=255)
gCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGgcg > 1:982278/1‑139 (MQ=255)
ccAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCt < 1:1005641/74‑1 (MQ=255)
ccAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCt > 2:1005641/1‑74 (MQ=255)
ccAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCt < 1:200180/74‑1 (MQ=255)
ccAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCt > 2:200180/1‑74 (MQ=255)
cGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACaa < 1:1286020/139‑1 (MQ=255)
gCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCTCTGCGATTCAGATGCTCAaca > 2:778539/1‑73 (MQ=255)
gCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCTCTGCGATTCAGATGCTCAaca < 1:778539/73‑1 (MQ=255)
ggCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTc < 2:451201/139‑1 (MQ=255)
gTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAaca < 2:171690/59‑1 (MQ=255)
gTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAaca > 1:171690/1‑59 (MQ=255)
cTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCt < 2:479976/139‑1 (MQ=255)
ccGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGc > 2:795179/1‑139 (MQ=255)
cGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGcc < 2:1051938/139‑1 (MQ=255)
cGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGcc < 1:1076374/139‑1 (MQ=255)
aCGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCcaac < 1:414756/139‑1 (MQ=255)
cGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATggg > 1:714683/1‑85 (MQ=255)
cGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATggg < 2:714683/85‑1 (MQ=255)
cGTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCcaaca > 2:463687/1‑139 (MQ=255)
gTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCcaacaa < 1:463687/139‑1 (MQ=255)
gTAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCcaacaa < 2:1066035/139‑1 (MQ=255)
tAATGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAAt < 2:890457/139‑1 (MQ=255)
tGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATAc < 2:9269/138‑1 (MQ=255)
tGTCAGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATAc > 1:9269/1‑138 (MQ=255)
aGCCCCAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCACTa > 1:1015837/1‑139 (MQ=255)
ccccAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCa < 2:401084/76‑1 (MQ=255)
ccccAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCa > 1:401084/1‑76 (MQ=255)
acccAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACATTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGTCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTACCAACAATACCACTAAc > 1:795403/2‑139 (MQ=255)
ccAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCACTAACGc > 1:668123/1‑139 (MQ=255)
cAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCACTAACGcg < 1:795179/139‑2 (MQ=255)
cAGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCACTAACGca < 2:1015837/139‑1 (MQ=255)
aGCTTATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCACTAACGcac > 1:726531/1‑139 (MQ=255)
|
CAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAGACATCGTTAATTAGCCAACGGCACATCAGGCCAAGTTGCCCTACCGCACGTAATGTCAGCCCCAGCTCATCGCTGCGATTCAGATGCTCAACACTATTACGTTCTCCGGTCGCCACCTTCAGTGCCTGATGGGCAACATTTTCTATCGGGCGCACAATCTGCCATTCAAAACAGGCGCTTGCCAACAATACCACTAACGCAC > NC_000913/3218234‑3218499
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A