Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F1 I2 R1
|
774 |
49.2 |
2112398 |
96.9% |
2046913 |
118.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,664,986 |
C→T |
*275* (TAG→TAA) |
gadX ← |
acid resistance regulon transcriptional activator, autoactivator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,664,986 | 0 | C | T | 99.1%
| 377.2
/ ‑4.5
| 116 | *275* (TAG→TAA) | gadX | acid resistance regulon transcriptional activator, autoactivator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (68/47); minor base G (0/1); total (68/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GTTATATTTAACTTACTGAGAGCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTCTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCTGTGGGCGTCATCCCATAATA > NC_000913/3664850‑3665120
|
gTTATATTTAACTTACTGAGAGCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTta < 2:837978/139‑1 (MQ=255)
ttATATTTAACTTACTGAGAGCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTtat < 1:939531/139‑1 (MQ=255)
atatTTAACTTACTGAGAGCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATaa > 1:525781/1‑139 (MQ=255)
atatTTAACTTACTGAGAGCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATaa > 2:772639/1‑139 (MQ=255)
aaCTTACTGAGAGCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTAt > 1:169675/1‑139 (MQ=255)
aaCCTACGGAGAGCACAAAGTTTCCCGTGCCAACTGGGAGAGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGAAGGCTGACTAGCCTCTTTCCGCTCCCCTAGTCCCGCTTCTTTCTATGTTTGAGCAAAACTTTATAATCttct > 2:878039/1‑137 (MQ=255)
aCTGAGAGCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTAttcctt > 2:16936/1‑139 (MQ=255)
aCTGAGAGCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTAttcctt > 2:962064/1‑139 (MQ=255)
aCTGAGAGCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTAttcctt > 2:342268/1‑139 (MQ=255)
tGAGAGCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTAttccttcc < 2:169675/139‑1 (MQ=255)
agCACAAAGTTTCCCGTGCCACCAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTAtt < 1:364833/129‑1 (MQ=255)
agCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTtata > 1:840156/1‑121 (MQ=255)
agCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTAtt > 2:364833/1‑129 (MQ=255)
agCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAg > 1:188816/1‑139 (MQ=255)
agCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAg > 2:859706/1‑139 (MQ=255)
gCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGa < 1:867441/139‑1 (MQ=255)
aaaGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACgg > 1:27483/1‑139 (MQ=255)
aaaGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCCATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACgg > 2:647935/1‑139 (MQ=255)
ttCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGt > 1:914279/1‑139 (MQ=255)
ccGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGcc < 2:497273/139‑1 (MQ=255)
gCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGt < 2:968798/137‑1 (MQ=255)
gCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTaa > 1:935509/1‑139 (MQ=255)
gAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCt > 1:749032/1‑139 (MQ=255)
gAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGACGTAAAAATTCCCt > 2:606063/1‑139 (MQ=255)
aGTGTTATAAGGGATGATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTCTGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGCCAGTGCCGTAAAAATTCCCtt > 2:706387/1‑139 (MQ=255)
tgtTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTgc < 1:900648/139‑1 (MQ=255)
tataACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGca < 2:935509/139‑1 (MQ=255)
aCGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGcaacaa > 1:1034498/1‑139 (MQ=255)
aCGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGcaacaa > 1:995762/1‑139 (MQ=255)
gTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTta < 1:517099/80‑1 (MQ=255)
gTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTta > 2:517099/1‑80 (MQ=255)
gTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATAc > 1:112729/1‑139 (MQ=255)
gTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATAc > 1:402453/1‑139 (MQ=255)
gTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATAc > 2:8408/1‑139 (MQ=255)
tattaGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTg > 2:1005923/1‑139 (MQ=255)
ttaGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTgcc > 1:987471/1‑139 (MQ=255)
cTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGa > 2:790343/1‑139 (MQ=255)
tGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTta < 2:356112/69‑1 (MQ=255)
tGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTta > 1:356112/1‑69 (MQ=255)
tGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAg > 1:1046490/1‑139 (MQ=255)
tGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAg > 1:506481/1‑139 (MQ=255)
tGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAg > 2:297255/1‑139 (MQ=255)
tGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAg > 1:109519/1‑139 (MQ=255)
tGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAg > 2:898110/1‑139 (MQ=255)
gagaCGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTc > 1:858712/1‑139 (MQ=255)
agaCGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCTAGTCa < 2:5252/139‑1 (MQ=255)
aCGGCAGACTATCCTCCTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACTATACTTGCCGCCGAGTCACg < 1:717054/139‑1 (MQ=255)
ggCAGACTATCCTCTTCCCGGTGCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAg < 1:657119/91‑1 (MQ=255)
ggCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTta > 1:432842/1‑62 (MQ=255)
ggCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAg > 2:657119/1‑91 (MQ=255)
ggCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGt < 2:40684/139‑1 (MQ=255)
ggCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGt > 2:294839/1‑139 (MQ=255)
gCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGtt > 1:807436/1‑139 (MQ=255)
aCTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGAc < 1:772639/139‑1 (MQ=255)
aCTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGAc < 2:1034498/139‑1 (MQ=255)
aCTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTACGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGAc > 1:677076/1‑139 (MQ=255)
ttCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTgc > 1:856408/1‑139 (MQ=255)
ttCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTgc > 1:299815/1‑139 (MQ=255)
tCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGt > 1:639164/1‑73 (MQ=255)
tCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGt < 2:639164/73‑1 (MQ=255)
tCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTgcg > 2:286469/1‑139 (MQ=255)
cccGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTgcgc > 1:783322/1‑139 (MQ=255)
ggTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGa > 1:1041429/1‑139 (MQ=255)
ggTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGa > 1:273431/1‑139 (MQ=255)
gTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGAt < 2:749032/139‑1 (MQ=255)
tCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGt > 1:867730/1‑76 (MQ=255)
tCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGt < 2:867730/76‑1 (MQ=255)
tCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATc > 2:461919/1‑139 (MQ=255)
tCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATc < 1:962064/139‑1 (MQ=255)
tCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATc < 1:1011179/139‑1 (MQ=255)
tCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCAGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATc < 1:326156/139‑1 (MQ=255)
ccccTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCg < 1:1005923/139‑1 (MQ=255)
cccTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGc < 1:185527/139‑1 (MQ=255)
cccTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGc < 1:448416/139‑1 (MQ=255)
cccTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGc < 1:461919/139‑1 (MQ=255)
cccTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATGCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGc < 2:927885/139‑1 (MQ=255)
aTGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGAC‑ATCTCTGCGCCGATCGCTCCTg > 2:253115/1‑139 (MQ=255)
gCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGa < 2:677076/139‑1 (MQ=255)
cGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATa < 1:302419/139‑1 (MQ=255)
ggTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGc < 2:857856/129‑1 (MQ=255)
ggTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGc > 1:857856/1‑129 (MQ=255)
ggTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATAct > 1:687283/1‑139 (MQ=255)
ggTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATAct > 2:364141/1‑139 (MQ=255)
ggTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATAct > 2:569868/1‑139 (MQ=255)
ggTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATAct > 2:45840/1‑139 (MQ=255)
tttttttATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCtg < 2:555570/139‑1 (MQ=255)
ttttttATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCtgt < 2:807436/139‑1 (MQ=255)
tttttATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGAc > 1:943340/1‑106 (MQ=255)
tttttATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGAc < 2:943340/106‑1 (MQ=255)
tttttATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCtgtg < 2:1046490/139‑1 (MQ=255)
tttttATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCtgtg < 2:858712/139‑1 (MQ=255)
aTGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCTGTGGGCGt < 1:294839/139‑1 (MQ=255)
aTGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCTGTGGGCGt < 2:365774/139‑1 (MQ=255)
aTGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCTGTGGGCGt < 2:299815/139‑1 (MQ=255)
gTCTGAGTAAAACTGTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCCTGAGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCTGTGGGCGTcc < 1:647935/139‑2 (MQ=255)
aGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGAc > 2:759592/1‑94 (MQ=255)
aGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGAc < 1:759592/94‑1 (MQ=255)
aGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCTGTGGGCGTCATGCCa > 1:681875/1‑139 (MQ=255)
aGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCTGTGGGCGTCATCCCa > 2:240868/1‑139 (MQ=255)
aaCTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCTGTGGGCGTCATCCCataata > 1:156396/1‑139 (MQ=255)
|
GTTATATTTAACTTACTGAGAGCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTCTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCTGTGGGCGTCATCCCATAATA > NC_000913/3664850‑3665120
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
