Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F1 I2 R1
|
765 |
53.2 |
2691310 |
93.4% |
2513683 |
103.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,240,984 |
(G)7→9 |
coding (1041/1245 nt) |
sstT → |
sodium:serine/threonine symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,240,977 | 1 | . | G | 97.4%
| 130.3
/ ‑3.2
| 38 | coding (1034/1245 nt) | sstT | sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (15/22); total (15/23) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | NC_000913 | 3,240,977 | 2 | . | G | 81.6%
| 108.5
/ 18.6
| 38 | coding (1034/1245 nt) | sstT | sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/5); new base G (13/18); total (15/23) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
GGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCT > NC_000913/3240843‑3241103
||
ggcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTTCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTTCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg > 1:1013157/1‑139 (MQ=255)
ggcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg > 1:846301/1‑139 (MQ=255)
ggcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg > 2:858627/1‑139 (MQ=255)
gcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑g < 1:259143/139‑1 (MQ=255)
gcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑g < 2:1242213/139‑1 (MQ=255)
gcgggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑g > 2:259143/1‑139 (MQ=255)
gcgggcgCAGCAATAACTCTTACCCTGTCGACGCTGGCCGCGGTTAAAACGCCGGGTATTCCGGTCGATCTGGCCACGGCGGCGCTGTTGTGCGTGGTTGCTTCTCTGTGTGCCCGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑g > 2:1276340/1‑139 (MQ=255)
ggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTTTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑ggg > 2:1082965/1‑134 (MQ=255)
ggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑gggg > 1:1174160/1‑138 (MQ=255)
ggcgCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑ggg < 1:1082965/134‑1 (MQ=255)
cgcAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑gggggt < 2:1135967/139‑4 (MQ=255)
cgcAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑gggggt < 2:1013157/139‑4 (MQ=255)
caATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑gggggtctctg < 1:1321962/139‑9 (MQ=255)
caATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑gggggtctctg < 1:7779/139‑9 (MQ=255)
aTCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTctgct < 2:846301/139‑1 (MQ=255)
tATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGa < 1:858627/139‑1 (MQ=255)
aTTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑‑GGGG‑‑GGGTCTctgctgct < 2:149886/135‑1 (MQ=255)
aTTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑‑GGGG‑‑GGGTCTctgctgct > 1:149886/1‑135 (MQ=255)
tACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATcc > 2:810075/1‑139 (MQ=255)
tACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATcc > 1:777324/1‑139 (MQ=255)
aCCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 1:436602/139‑1 (MQ=255)
ccGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 1:810075/139‑1 (MQ=255)
ccGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTATGGCGCATCCGGCGTTGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 2:777324/139‑1 (MQ=255)
cGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGGGGGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 1:1061067/139‑1 (MQ=255)
ttGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc > 1:1025341/1‑139 (MQ=255)
tcgACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 1:1276340/137‑1 (MQ=255)
gctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTctgctgctg > 2:374546/1‑119 (MQ=255)
gctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTctgctgctg < 1:374546/119‑1 (MQ=255)
ctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTctgctgct > 1:180997/1‑117 (MQ=255)
ctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTctgctgct < 2:180997/117‑1 (MQ=255)
cTGGTTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGaa < 1:1278248/139‑1 (MQ=255)
cTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGaa < 2:1174160/139‑1 (MQ=255)
tGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 2:711148/109‑1 (MQ=255)
tGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCa > 1:711148/1‑109 (MQ=255)
gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑gggggtct < 2:565351/93‑6 (MQ=255)
gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑gggg‑‑gggggtct > 1:565351/1‑88 (MQ=255)
tCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCg > 2:204588/1‑139 (MQ=255)
gcgcTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑GGGGGCGGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTGCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGt < 2:851732/139‑1 (MQ=255)
gctgctGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCg < 2:979799/139‑1 (MQ=255)
tgctgTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCa > 2:573441/1‑79 (MQ=255)
tgctgTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCa < 1:573441/79‑1 (MQ=255)
ttGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACt > 2:232623/1‑76 (MQ=255)
ttGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACt < 1:232623/76‑1 (MQ=255)
cGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCg < 2:1025341/139‑1 (MQ=255)
cGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCg > 2:570459/1‑139 (MQ=255)
tggtggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCg < 1:636000/139‑1 (MQ=255)
tggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc > 1:906287/1‑68 (MQ=255)
tggCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCG‑‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGc < 2:906287/68‑1 (MQ=255)
tgtgGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTg > 1:812110/1‑50 (MQ=255)
tgtgGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTg < 2:812110/50‑1 (MQ=255)
tgtgGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCttt > 1:81254/1‑110 (MQ=255)
tgtgGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCttt < 2:81254/110‑1 (MQ=255)
tgGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGaaa < 1:204588/139‑1 (MQ=255)
tCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGGACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCt > 1:53661/1‑139 (MQ=255)
||
GGCGGGCGCAGCAATCACTATTACCGTGTTGACGCTGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑‑‑GGGG‑‑GGGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCT > NC_000913/3240843‑3241103
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
