Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F28 I1 R1
|
126 |
206.4 |
6980590 |
99.2% |
6924745 |
138.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,802,756 |
(A)7→6 |
intergenic (‑186/‑338) |
thrS ← / → arpB |
threonine‑‑tRNA ligase/putative ankyrin repeat protein B, N‑terminal fragment |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,802,750 | 0 | A | . | 97.9%
| 943.2
/ 14.1
| 233 | intergenic (‑180/‑344) | thrS/arpB | threonine‑‑tRNA ligase/putative ankyrin repeat protein B, N‑terminal fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/0); new base . (113/115); total (118/115) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.99e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
ACATACAAAGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGCGGAT > NC_000913/1802611‑1802884
|
acaTACAAAGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTa > 1:740901/1‑140 (MQ=255)
aaaGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTaaaaaag < 2:3036080/140‑2 (MQ=255)
aaGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTaaaaaagg > 2:2121653/1‑138 (MQ=255)
aGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAggg > 2:2592148/1‑140 (MQ=255)
aGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAggg > 2:330182/1‑140 (MQ=255)
aGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGCTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAggg > 1:1732852/1‑140 (MQ=255)
aaaaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGgaga < 2:673868/140‑1 (MQ=255)
aaaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACATATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGAt > 2:2923297/1‑140 (MQ=255)
ttGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTa > 1:1074091/1‑140 (MQ=255)
tttATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCt < 1:1972637/140‑1 (MQ=255)
tttATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCt < 2:861480/140‑1 (MQ=255)
tattaACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCttt < 1:2377449/140‑1 (MQ=255)
tattaACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCttt < 1:3086364/140‑1 (MQ=255)
attaACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTc > 1:840462/1‑140 (MQ=255)
aCAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGtt < 1:3142989/140‑1 (MQ=255)
gTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTca > 2:359571/1‑140 (MQ=255)
ttCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTcac > 1:1268677/1‑140 (MQ=255)
ttCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTcac > 2:3172867/1‑140 (MQ=255)
tCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTcaca < 1:2336506/140‑1 (MQ=255)
tCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTcaca < 2:593075/140‑1 (MQ=255)
cATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACAt > 2:712499/1‑140 (MQ=255)
cATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACAt > 1:3185340/1‑140 (MQ=255)
cATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACAt > 2:395751/1‑140 (MQ=255)
aTTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACAtt > 1:1514323/1‑140 (MQ=255)
tGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTga > 1:30689/1‑140 (MQ=255)
tGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTga > 1:2763660/1‑140 (MQ=255)
aaCCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTgattcga > 2:1752193/1‑140 (MQ=255)
acATCTAGCCAAGAAATGCTGAATTGGTTCGCTATCAGGTATTCAAATGAAAGACATTAACCTCTGACCTTCCACCCGCTTTAGCTATGTTCGCGCT‑AAAAAAGGGCGATTCAGCCTTTCCGTTTCCCATTgatccgttt < 2:2814015/139‑1 (MQ=255)
aTCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGattcgattcg < 1:2602190/140‑1 (MQ=255)
tCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTgattcgatt < 2:2107619/137‑1 (MQ=255)
tAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCaa < 1:2082982/140‑1 (MQ=255)
tAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCaa < 1:3393297/140‑1 (MQ=255)
gCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAAtt < 1:2268046/140‑1 (MQ=255)
aacaaATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGt < 1:395751/140‑1 (MQ=255)
acaaATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGtt > 2:2039356/1‑140 (MQ=255)
caaATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGttt < 1:2903446/140‑1 (MQ=255)
aTGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTa < 1:1751786/140‑1 (MQ=255)
aTGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTa < 2:1607705/140‑1 (MQ=255)
aTGCTAAAATGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTa < 2:1916940/140‑1 (MQ=255)
gCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCaa > 2:1963068/1‑128 (MQ=255)
gCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTa < 2:2794347/138‑1 (MQ=255)
gCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGt < 1:2812407/140‑1 (MQ=255)
gCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGt > 1:2511959/1‑140 (MQ=255)
gCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGt > 1:2435857/1‑140 (MQ=255)
aTTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTa < 1:330182/140‑1 (MQ=255)
ttGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTa < 1:634107/132‑1 (MQ=255)
ttGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTac < 2:2763660/140‑1 (MQ=255)
gTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACAcc > 2:2664364/1‑140 (MQ=255)
ttCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTa > 2:945542/1‑128 (MQ=255)
ttCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTa < 1:924843/128‑1 (MQ=255)
ttCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCa > 2:1537173/1‑140 (MQ=255)
tCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTa < 1:1326507/127‑1 (MQ=255)
cGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGc > 2:3228840/1‑140 (MQ=255)
cAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCaa < 1:2952902/140‑1 (MQ=255)
aGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGc > 2:2955472/1‑140 (MQ=255)
acaAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAg < 1:3481388/140‑1 (MQ=255)
acaAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAg < 1:3049710/140‑1 (MQ=255)
aaaTGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa < 2:1074091/140‑1 (MQ=255)
aaaTGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa > 2:3104219/1‑140 (MQ=255)
aaaTGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa < 2:340528/140‑1 (MQ=255)
aaaTGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa < 1:2125660/140‑1 (MQ=255)
aaaTGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa < 1:1953288/140‑1 (MQ=255)
aTGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCaa > 2:2179485/1‑125 (MQ=255)
aTGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaaca > 1:688066/1‑140 (MQ=255)
aTGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaaca > 1:2426088/1‑140 (MQ=255)
tGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaacaa > 2:1286552/1‑140 (MQ=255)
tGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaacaa < 1:3007867/140‑1 (MQ=255)
tGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaacaa < 2:789462/140‑1 (MQ=255)
gAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaacaac > 2:3058086/1‑140 (MQ=255)
gAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaacaac > 1:1681501/1‑140 (MQ=255)
aaaGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACt < 1:1099083/140‑1 (MQ=255)
aaaGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACt < 2:1807992/140‑1 (MQ=255)
aaaGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAACAAAACGCTTAAAGAACAACt < 1:2664364/140‑1 (MQ=255)
aGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGa < 1:1167332/140‑1 (MQ=255)
aGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGa < 2:598553/140‑1 (MQ=255)
aGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGa > 2:3284362/1‑140 (MQ=255)
aCATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACTCTTAAAGAACAACTGATa < 1:166234/140‑1 (MQ=255)
cATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaaca < 1:984115/132‑1 (MQ=255)
cATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa < 2:436037/130‑1 (MQ=255)
cATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa > 1:436037/1‑130 (MQ=255)
aCCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATa < 2:3149808/134‑1 (MQ=255)
aCCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATa > 1:556291/1‑134 (MQ=255)
aCCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCa > 2:775361/1‑140 (MQ=255)
ccTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCAc > 1:1136692/1‑140 (MQ=255)
ctcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGt < 2:2599631/140‑1 (MQ=255)
tcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATa < 1:3256390/129‑1 (MQ=255)
tcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTg > 2:129811/1‑140 (MQ=255)
tcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTg < 2:1681501/140‑1 (MQ=255)
cACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACg < 1:2656343/136‑1 (MQ=255)
cACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACg > 2:2656343/1‑136 (MQ=255)
gTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACgg < 1:595372/124‑1 (MQ=255)
gTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGttt > 1:30313/1‑140 (MQ=255)
gTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGttt > 2:1380197/1‑140 (MQ=255)
gTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGttt > 2:2263940/1‑140 (MQ=255)
gAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACt < 2:2332457/140‑1 (MQ=255)
aGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTg > 2:2286710/1‑140 (MQ=255)
cGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCg < 1:2112367/140‑1 (MQ=255)
tGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGc < 2:1239582/140‑1 (MQ=255)
tGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGc < 1:2275542/140‑1 (MQ=255)
acacT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGCGGAt < 2:3451638/139‑1 (MQ=255)
|
ACATACAAAGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGCGGAT > NC_000913/1802611‑1802884
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
