Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F60 I1 R1
|
18 |
219.4 |
7342358 |
99.0% |
7268934 |
139.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,960,017 |
T→G |
pseudogene (444/449 nt) |
yifN ← |
putative toxin YifN |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,960,017 | 0 | T | G | 99.4%
| 1248.1
/ NA
| 327 | pseudogene (444/449 nt) | yifN | putative toxin YifN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base G (161/163); minor base A (1/1); total (162/165) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
TGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACC > NC_000913/3959880‑3960153
|
agtcagGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAg < 2:1931471/140‑1 (MQ=255)
agtcagGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAg < 2:2062058/140‑1 (MQ=255)
agtcagGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAg < 2:450204/140‑1 (MQ=255)
gtcagGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCCTTATCGGTGATCGTCATTTTATTGTCAATGTATGAGc > 1:1464993/1‑140 (MQ=255)
gtcagGGAGTGGCTGGGACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAAATTAGGGGCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGc > 2:2416430/1‑140 (MQ=255)
aGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGCGGGGGTATTTTATTGTCGATGTATGAGCGATATgg > 2:1633838/1‑140 (MQ=255)
tGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCa > 2:521064/1‑140 (MQ=255)
gCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGatat < 2:397557/134‑1 (MQ=255)
gCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGata > 1:2213048/1‑133 (MQ=255)
gCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGc < 2:606084/137‑1 (MQ=255)
gTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCattgatt > 2:73480/1‑140 (MQ=255)
ggCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCa < 1:3392572/124‑1 (MQ=255)
ggCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTtgatga > 2:3324408/1‑140 (MQ=255)
ggCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTtgatga > 2:2858688/1‑140 (MQ=255)
ggCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTtgatga > 1:2609755/1‑140 (MQ=255)
ggCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTtgatga > 1:2576526/1‑140 (MQ=255)
ggCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTtgatga > 2:3541504/1‑140 (MQ=255)
ggCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTtgatga > 2:6448/1‑140 (MQ=255)
ggCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGGTATTTTATGGTCCATGCATGAGCGACATGGGATTGATTGACTtgatga > 2:1116547/1‑140 (MQ=255)
gCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTGAATGTATGAGCGATATGGCATAGATTGACTTGATGAc > 1:940826/1‑140 (MQ=255)
gCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGAc < 2:2609755/140‑1 (MQ=255)
gCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGAc > 2:1563040/1‑140 (MQ=255)
gCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGAc > 1:3002099/1‑140 (MQ=255)
aaaaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCattga > 1:2395927/1‑125 (MQ=255)
aaaaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCg < 1:678069/140‑1 (MQ=255)
aaaaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCg < 2:3567424/140‑1 (MQ=255)
aaaaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCg < 2:572121/140‑1 (MQ=255)
aaaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGc < 2:2026573/140‑1 (MQ=255)
aaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGTTTGACTTGATGACCGcc > 2:2359208/1‑140 (MQ=255)
aaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGAc > 1:2662457/1‑128 (MQ=255)
aaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGAc < 2:2662457/128‑1 (MQ=255)
aaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGcc > 1:104853/1‑140 (MQ=255)
aaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGcc < 2:1959220/140‑1 (MQ=255)
aaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGcc < 1:270571/140‑1 (MQ=255)
aaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGcc < 1:3104362/140‑1 (MQ=255)
aaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGcc > 2:3104362/1‑140 (MQ=255)
aaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGcc < 1:521064/140‑1 (MQ=255)
aaGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGcc < 1:3482051/140‑1 (MQ=255)
tCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCATGGGGAGAAGACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCt < 2:1332918/140‑1 (MQ=255)
tCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCt < 2:3021748/140‑1 (MQ=255)
tCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCt > 1:2040854/1‑140 (MQ=255)
ccGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTg > 2:3278834/1‑140 (MQ=255)
gggCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGca < 1:195817/140‑1 (MQ=255)
gggCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGca < 1:136464/140‑1 (MQ=255)
cGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTAATTGACTAGATGACCGGCCTCTGTATGTCTGcaaccaac > 2:1263294/1‑140 (MQ=255)
cAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTc > 2:3408384/1‑140 (MQ=255)
ggTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCAt < 1:3590152/140‑1 (MQ=255)
ggTCCCTCAAGGGGACAAAACTCAGCGCCCCTATGGGTTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCAt < 1:1114279/140‑1 (MQ=255)
tCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGcaaccaac < 2:2715454/130‑1 (MQ=255)
aGGGGAGAAAACTTAGGCCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGTTGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAAc < 2:1402696/140‑1 (MQ=255)
ggggAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACa < 1:2863865/140‑1 (MQ=255)
ggggAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACa < 1:2521278/140‑1 (MQ=255)
gagaAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCa < 1:2957844/133‑1 (MQ=255)
agaAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGGCTGCAACCAACTCTTGTGGCAAACATTGa > 1:1566454/1‑140 (MQ=255)
agaAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCACTGTATGGCTGGAAGCAACTCGTGTGGCAAACATTGa > 1:999140/1‑140 (MQ=255)
agaAAACTTAGGGCCTCGATGGACTACAAAGTCATTATCTGGGATGGTGATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGa < 2:1452596/140‑1 (MQ=255)
agaAAACTTAGGGCCTCCATGGCCTACAAAGTCATCATCAGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGa < 2:945709/140‑1 (MQ=255)
gaAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGAt > 1:550288/1‑140 (MQ=255)
aaaaCTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGAtt < 2:2929184/140‑1 (MQ=255)
aaaaCTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGAtt > 2:214397/1‑140 (MQ=255)
aaaaCTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGAtt < 1:637310/140‑1 (MQ=255)
cTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGTATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGa < 2:274471/140‑1 (MQ=255)
cTTAGGGCCTCTATGAGCTACACAGTCATTATCGGGGTTGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGa < 1:1521284/140‑1 (MQ=255)
gggCCTCTATGGGCTTCAAAGTCATTATCAGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATAcc < 1:1242216/140‑1 (MQ=255)
gggCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATAcc < 1:3306/140‑1 (MQ=255)
ggCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACAttta < 2:670647/129‑3 (MQ=255)
ggCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATAccc < 1:354983/140‑1 (MQ=255)
ggCCTCTATCGGTTACAAAGTCATTATCGGGGCTGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATAccc < 2:2270013/140‑1 (MQ=255)
gCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCct < 2:123993/140‑1 (MQ=255)
ctctATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATTTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCctct > 1:2270013/1‑140 (MQ=255)
tctATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTg > 1:1908293/1‑140 (MQ=255)
tctATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTg > 1:407821/1‑140 (MQ=255)
ctATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGt > 1:3204764/1‑140 (MQ=255)
tATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTa > 2:54334/1‑140 (MQ=255)
tATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTa > 2:92216/1‑140 (MQ=255)
tATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTa > 1:737149/1‑140 (MQ=255)
tATGGGCTACAAAGTCAGTATCAGGGATGGTAATTGTATTGTCAATGTTTGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTa < 2:1476938/140‑1 (MQ=255)
gggCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGt < 1:3245408/140‑1 (MQ=255)
cAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGc > 2:2880098/1‑140 (MQ=255)
cAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGc < 2:2576526/140‑1 (MQ=255)
cAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGc > 1:2310852/1‑140 (MQ=255)
aaaGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGct < 1:3274742/140‑1 (MQ=255)
aaaGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGct < 1:2928672/140‑1 (MQ=255)
aaaGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGct < 1:285764/140‑1 (MQ=255)
aaGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGctc < 1:2814520/140‑1 (MQ=255)
gggATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGt < 2:2971081/140‑1 (MQ=255)
ggATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGtt > 1:3140237/1‑140 (MQ=255)
ggATGGTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGtt < 1:650237/140‑1 (MQ=255)
gTTATTTTATTGTCAATGTATGAGCTATAAGGCATTGGTTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCgac < 1:1416979/140‑1 (MQ=255)
tattttattGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCgactg < 2:777543/140‑1 (MQ=255)
attttattGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCgactga < 2:3204764/140‑1 (MQ=255)
attttattGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCgactga > 1:893145/1‑140 (MQ=255)
ttGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCgactga < 2:3253043/134‑1 (MQ=255)
ttGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACttgtt > 1:2150722/1‑140 (MQ=255)
tGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACttgttg > 1:3340033/1‑140 (MQ=255)
tGTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAACTCCTTGCACTGCTTTATCTGTTTCGACTGACttgttg > 1:1327193/1‑140 (MQ=255)
gTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCgactgac < 2:180774/133‑1 (MQ=255)
gTCAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTCTAGTCTGTTACGACTGACTtgttgt > 1:1692765/1‑140 (MQ=255)
cAATGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTAc < 1:596529/140‑1 (MQ=255)
aaTGTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCga < 2:2324775/125‑1 (MQ=255)
|
TGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACC > NC_000913/3959880‑3960153
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
