Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A46 F60 I1 R1
|
13 |
84.7 |
2877034 |
99.3% |
2856894 |
138.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,503,962 |
T→A |
intergenic (‑531/‑96) |
insG ← / → yjhB |
KpLE2 phage‑like element; IS4 putative transposase/putative sialic acid transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,503,962 | 0 | T | A | 100.0%
| 408.1
/ NA
| 112 | intergenic (‑531/‑96) | insG/yjhB | KpLE2 phage‑like element; IS4 putative transposase/putative sialic acid transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (56/56); total (56/56) |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TGGCGAACATTGTTTTTTGTTGGTGACCCAAAACTGTAGGTGGGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACA > NC_000913/4503827‑4504095
|
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aaCATTGTTTTTTGTTGGTGACCCAAAACTGTAGGTGGGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTAttt < 2:1431297/140‑1 (MQ=255)
cATTGTTTTTTGTTGGTGACCCAAAACTGTAGGTGGGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGa > 2:1197134/1‑140 (MQ=255)
aTTGTTTTTTGTTGGTGACCCAAAACTGTAGGTGGGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGaa > 1:11598/1‑140 (MQ=255)
aTTGTTTTTTGTTGGTGACCCAAAACTGTAGGTGGGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGaa < 2:371353/140‑1 (MQ=255)
tGTTTTTTGTTGGTGACCCAAAACTGTAGGTGGGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGa < 2:1076919/140‑1 (MQ=255)
ttttGTTGGTGACCCAAAACTGTAGGTGGGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAat < 2:556161/140‑1 (MQ=255)
tttGTTGGTGACCCAAAACTGTAGGTGGGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAGGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAata > 1:1396185/1‑140 (MQ=255)
ttgGTGACCCAAAACTGTAGGTGGGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAat < 1:17343/140‑1 (MQ=255)
gACCCAAAACTGTAGGTGGGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTAttt < 1:15543/140‑1 (MQ=255)
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tATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTcc > 1:1047611/1‑140 (MQ=255)
tATCAGTTTTATCTTTCATAAAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTcc < 2:844724/140‑1 (MQ=255)
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tCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCt < 2:95965/140‑1 (MQ=255)
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tATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCt > 1:1206344/1‑129 (MQ=255)
aTCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTa > 1:1188083/1‑140 (MQ=255)
tCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTAc > 2:369403/1‑140 (MQ=255)
tttCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACtt > 2:1057725/1‑140 (MQ=255)
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agagTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAggg < 1:391134/140‑1 (MQ=255)
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tAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATaa > 1:785125/1‑140 (MQ=255)
tAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATaa > 1:859037/1‑140 (MQ=255)
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gaagaaATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAacac < 1:462183/140‑1 (MQ=255)
aagaaATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAAcaca < 2:1199094/140‑1 (MQ=255)
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aaaTGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGa > 1:482160/1‑140 (MQ=255)
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ggaAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGaa > 1:750925/1‑134 (MQ=255)
aaGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATgg > 1:903539/1‑140 (MQ=255)
aTTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATGTACTTTAAGGTCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCaa < 1:835054/140‑1 (MQ=255)
gTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAg < 2:32969/140‑1 (MQ=255)
tACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGc < 2:1382798/140‑1 (MQ=255)
tACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGc < 2:1100759/140‑1 (MQ=255)
tACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATAATGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGc < 2:1124043/140‑1 (MQ=255)
aCTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAGTATGGCAACAGCa < 2:57041/140‑1 (MQ=255)
aCTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCa < 1:968684/140‑1 (MQ=255)
aCTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACAGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCa < 1:1327926/140‑1 (MQ=255)
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TGGCGAACATTGTTTTTTGTTGGTGACCCAAAACTGTAGGTGGGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACA > NC_000913/4503827‑4504095
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
