Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F28 I1 R1
|
162 |
93.0 |
3098984 |
99.0% |
3067994 |
139.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,361,448 |
(A)8→7 |
coding (487/1539 nt) |
cadC ← |
DNA‑binding transcriptional activator CadC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,361,441 | 0 | A | . | 95.4%
| 422.2
/ 16.0
| 108 | coding (494/1539 nt) | cadC | DNA‑binding transcriptional activator CadC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/2); new base . (68/35); total (71/37) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GCTGTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGA > NC_000913/4361305‑4361575
|
gCTGTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGaaaa > 1:684161/1‑140 (MQ=255)
gTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGaaaaaaa > 2:1241776/1‑140 (MQ=255)
ttACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGaaaaaaac > 1:546414/1‑139 (MQ=255)
aCAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGaaaaaaacca < 1:357209/140‑4 (MQ=255)
aCAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAAcc > 1:166920/1‑140 (MQ=255)
cAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGaaaaaaaccat < 1:217045/140‑5 (MQ=255)
aCTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATAc < 2:979623/140‑1 (MQ=255)
tatttaCCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTTAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCaaa > 1:568200/1‑140 (MQ=255)
cATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGt > 1:1418433/1‑140 (MQ=255)
aTGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGt > 1:704353/1‑140 (MQ=255)
aTGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGt < 2:267704/140‑1 (MQ=255)
gTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGttt > 2:132169/1‑140 (MQ=255)
aaTATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGt < 2:1297990/135‑1 (MQ=255)
aaTATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGt > 1:1297990/1‑135 (MQ=255)
aaTATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCt > 1:877301/1‑140 (MQ=255)
aaTATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCt > 1:613867/1‑140 (MQ=255)
aaTATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCt > 2:669485/1‑140 (MQ=255)
aaTATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCt > 2:69389/1‑140 (MQ=255)
aaTATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCt < 1:142774/140‑1 (MQ=255)
aaTATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCt > 2:938196/1‑140 (MQ=255)
atatCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCtt > 1:1030708/1‑140 (MQ=255)
tatCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCttt < 2:793514/140‑1 (MQ=255)
tatCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCttt > 1:1034680/1‑140 (MQ=255)
tatCGCGTGGATTGAGCAAAATACGAGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCttt < 1:1207299/140‑1 (MQ=255)
cgTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACt > 1:27788/1‑140 (MQ=255)
cgTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACt > 1:1268332/1‑140 (MQ=255)
cgTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACt > 1:320319/1‑140 (MQ=255)
cgTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACt > 2:471804/1‑140 (MQ=255)
cgTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACt > 1:1057656/1‑140 (MQ=255)
cgTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACC‑GTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTg > 2:812580/1‑140 (MQ=255)
gATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTgggg < 2:1476081/140‑1 (MQ=255)
aTTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGa > 1:1155289/1‑140 (MQ=255)
ttGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGAt < 1:1191098/140‑1 (MQ=255)
aGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGt > 1:375345/1‑140 (MQ=255)
aGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGt > 2:277871/1‑140 (MQ=255)
aGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGt > 1:803177/1‑140 (MQ=255)
aGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGt > 2:1326537/1‑140 (MQ=255)
aGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCACACCCAAAAGGAAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGt > 1:803516/1‑140 (MQ=255)
cAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTc > 1:981211/1‑140 (MQ=255)
cAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTc < 1:28525/140‑1 (MQ=255)
aaTACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAgg > 1:926418/1‑140 (MQ=255)
aaTACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAgg < 2:953138/140‑1 (MQ=255)
gcgATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCg < 2:684161/140‑1 (MQ=255)
ttGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCg < 1:1349214/140‑1 (MQ=255)
ttGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCg < 2:568200/140‑1 (MQ=255)
tGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCgg < 2:778954/140‑1 (MQ=255)
aTAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGttt < 2:1457711/140‑1 (MQ=255)
aTAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTCTTCAGGTGGCGTTGCGGTGttt < 1:669485/140‑1 (MQ=255)
aGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTg < 2:704353/140‑1 (MQ=255)
aGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTg < 1:132169/140‑1 (MQ=255)
aGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTg < 2:941971/140‑1 (MQ=255)
aGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTg < 2:1268332/140‑1 (MQ=255)
ggAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAACAAACCATACCCAACAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTg < 2:476944/140‑1 (MQ=255)
ggAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGa > 2:755581/1‑140 (MQ=255)
cGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACC‑GTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTaa < 1:812580/140‑1 (MQ=255)
gtgtATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTaa < 1:1002910/140‑1 (MQ=255)
gtATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGa < 2:199562/140‑1 (MQ=255)
gtATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGa > 1:1237217/1‑140 (MQ=255)
gtATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGa > 1:848055/1‑140 (MQ=255)
gtATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGa < 2:603587/140‑1 (MQ=255)
gtATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCT‑‑ACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGAAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGGGTTTTGAATGTTAAGAc > 1:8558/1‑140 (MQ=255)
tATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGAc > 2:111405/1‑140 (MQ=255)
tATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGAc > 1:330532/1‑140 (MQ=255)
tATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGAc > 1:134406/1‑140 (MQ=255)
tATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGAc > 1:885563/1‑140 (MQ=255)
tCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACtg < 1:938196/140‑1 (MQ=255)
aGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTgg < 2:834832/140‑1 (MQ=255)
aGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTgg > 2:1008058/1‑140 (MQ=255)
aGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTgg < 2:1486017/140‑1 (MQ=255)
tGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTgggaggg > 1:635454/1‑140 (MQ=255)
tGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTgggaggg > 1:1305658/1‑140 (MQ=255)
aaaaCGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGggagggag > 1:645673/1‑140 (MQ=255)
aCGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAAt < 1:471804/140‑1 (MQ=255)
ccAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTgg < 2:1155289/140‑1 (MQ=255)
ttACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGaa > 1:841456/2‑140 (MQ=255)
cTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGaa > 2:115034/1‑140 (MQ=255)
acacAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAAcc > 1:901001/1‑140 (MQ=255)
aaaGATCCCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATCCCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGTTTTTAACGGGGGATTGTTCAGGTGGCGTGGGGGTGTTTTGATTGTAAAGACTGGGGGAGGGAGAATCTGGGGCGGGAACCGc < 2:1057656/138‑1 (MQ=255)
caGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGcc > 2:311981/1‑140 (MQ=255)
aGATCCCTAACGAAAACA‑GAAAAAAAACCATCCCAAAAGGGTAGTGAATCTTTTGCTTTTAACGGGGGTTTGTTCAGGTGGCGTGGGGGTGTTTTGAATGTAAAGACTGGGGGGGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCct < 2:1418433/140‑1 (MQ=255)
aGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATCCCCAAAAGGTAGTGAATCTTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCGGGGGGCGTCGCGGTGTTTTAAATTTTAAGACTGGGGGGGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCct < 2:403534/140‑1 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGACTCTGTGGCAGGAACCGCctct > 1:1330320/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCcttt > 2:391107/1‑138 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 1:170918/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 1:1208453/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 1:428064/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 2:1143773/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 1:520739/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 2:1035346/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 2:1015565/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 2:518845/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 2:1003472/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAAATGGGGATTGTTCAGGTGGAGTTGCGGAGCTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGGGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 1:1493170/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAACCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctct > 1:1076076/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAAC‑GGGAAAAAACCCATCCCAAAAAGGAAGTGATTCGTTTTCTTTTACCGGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGGGGTTTTTTGAAGGTTAAGCCTGGGGGAGGGAAAATCTGTGGCAGGAACCGCctct < 2:556069/140‑1 (MQ=255)
aaCGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGtata > 1:798119/1‑140 (MQ=255)
acaacaGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAgggg > 1:73856/1‑140 (MQ=255)
acaacaGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGGAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGCGGTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCCCCTCTGGTGTAgggg > 2:357393/1‑140 (MQ=255)
acaaca‑GAAAAAAACCCATCCCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACGGGGGATTGTTCGGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACGGGGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAgggg < 2:635454/140‑1 (MQ=255)
aacaGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGa > 1:161316/1‑140 (MQ=255)
|
GCTGTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGA > NC_000913/4361305‑4361575
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
