Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F60 I1 R1
|
13 |
105.3 |
3633418 |
98.5% |
3578916 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,923,045 |
T→C |
intergenic (‑605/+12) |
atpI ← / ← rsmG |
ATP synthase accessory factor/16S rRNA m(7)G527 methyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,923,045 | 0 | T | C | 97.9%
| 340.8
/ ‑4.4
| 93 | intergenic (‑605/+12) | atpI/rsmG | ATP synthase accessory factor/16S rRNA m(7)G527 methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (52/39); total (53/40) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGATATTCTTCGGGCAACAAAGCGATTTCATCTTCC > NC_000913/3922907‑3923174
|
aCTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAA‑CGGTCAATTTTTTATGAtttctt > 2:1371776/1‑140 (MQ=255)
ttttCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGAt < 1:1804403/140‑1 (MQ=255)
tGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATaaaaa > 2:1717764/1‑140 (MQ=255)
tGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATaaaaa > 2:1090741/1‑140 (MQ=255)
gCTTACCAGAAAAAGCCCCGTTCTCTTGTTGGTCCGAAATAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAaaat < 2:802694/140‑1 (MQ=255)
cTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGTACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTGACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAaaatt > 2:13662/1‑140 (MQ=255)
cTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTGGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGACTTCTTTGCTAAaaatt > 2:807862/1‑140 (MQ=255)
aCCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAaaattaaa > 1:407401/1‑140 (MQ=255)
aCCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAaaattaaa > 1:1509491/1‑140 (MQ=255)
aCCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAaaattaaa > 2:1363272/1‑140 (MQ=255)
aCCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAAACGGTCAACTTTTTACGATTTCCTTGATAAaaattaaa > 1:741202/1‑140 (MQ=255)
ccAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAaaattaaat < 1:1004145/140‑1 (MQ=255)
aaaaGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTAt < 1:1326586/140‑1 (MQ=255)
ccACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCt < 2:407401/140‑1 (MQ=255)
cACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCtt < 2:1147578/140‑1 (MQ=255)
cACGTTATATTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCtt < 1:1072616/140‑1 (MQ=255)
cGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTa < 1:1717764/140‑1 (MQ=255)
cGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTa > 2:1452516/1‑140 (MQ=255)
cGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTa > 2:1759844/1‑140 (MQ=255)
gTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTaa > 1:266882/1‑140 (MQ=255)
gTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAA‑CGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAAt < 1:1371776/140‑1 (MQ=255)
tCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAAt < 2:114783/137‑1 (MQ=255)
tCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAAt > 1:114783/1‑137 (MQ=255)
tCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATcac < 2:259478/140‑1 (MQ=255)
cTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATcacc < 2:1665940/140‑1 (MQ=255)
ttgATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCAccacca > 1:1302261/1‑140 (MQ=255)
tgATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAg > 2:1619855/1‑140 (MQ=255)
gATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGa > 2:1016140/1‑140 (MQ=255)
gCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGa < 2:1273929/140‑1 (MQ=255)
aaCGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCCCCACCACATGACGTTCGCCATc > 1:683676/1‑140 (MQ=255)
aaCGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATc > 2:370368/1‑140 (MQ=255)
ggCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAggg > 1:206638/1‑140 (MQ=255)
cGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCt < 1:1251165/140‑1 (MQ=255)
cGTTAAATGTAACCACTTATATCAGCAGACAACCTGGCTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCt < 1:532272/140‑1 (MQ=255)
gTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTg > 1:955343/1‑140 (MQ=255)
ttAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTgg < 1:13662/140‑1 (MQ=255)
ttAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTgg < 2:1659702/140‑1 (MQ=255)
tGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCt < 1:370368/140‑1 (MQ=255)
gTAACCAGTTATATCAGAAGAAAACCTGGTTCTTGGTAATAGTCTAACTGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTg < 2:683676/140‑1 (MQ=255)
tAACCAGTTATATCAGTAGAAAATCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGa < 1:1261384/140‑1 (MQ=255)
tAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCt > 2:357432/1‑131 (MQ=255)
tAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCt < 1:357432/131‑1 (MQ=255)
tAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGa < 1:148397/140‑1 (MQ=255)
aaCCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAAccagcg > 2:1186131/1‑136 (MQ=255)
aaCCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGaa > 1:1782097/1‑140 (MQ=255)
aaCCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGaa > 1:295250/1‑140 (MQ=255)
aaCCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGAT‑AAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAg > 1:174797/1‑140 (MQ=255)
ccAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGt > 2:220780/1‑140 (MQ=255)
ccAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGt > 1:1605083/1‑140 (MQ=255)
aGTTATATCAGTAGAAACCCTGTTTGTTGTTTACAGTCTCACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGttt < 2:609351/140‑1 (MQ=255)
aGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGttt < 2:146920/140‑1 (MQ=255)
gTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTa < 2:197589/140‑1 (MQ=255)
gTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTa > 1:1459583/1‑140 (MQ=255)
gTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTa > 1:1779549/1‑140 (MQ=255)
tataTCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAAc > 1:1178333/1‑140 (MQ=255)
tataTCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGAAGACGTTCACCAACCCGGGCTGAAACCTGAAGTTTAAc > 1:676398/1‑140 (MQ=255)
tatCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCa < 2:1131638/140‑1 (MQ=255)
tCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACt > 1:1459499/1‑140 (MQ=255)
gTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGAt < 2:1459499/140‑1 (MQ=255)
gTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGAt > 2:236568/1‑140 (MQ=255)
tAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGAtt > 1:1252761/1‑140 (MQ=255)
tAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCACCATCCAAGGCTGGGACCTGAGGTTTAACCACTGAtt > 1:482101/1‑140 (MQ=255)
aGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGAtt < 1:1760730/139‑1 (MQ=255)
aGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGAtt > 2:1760730/1‑139 (MQ=255)
aGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTc > 2:1810838/1‑140 (MQ=255)
gAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCg > 2:138380/1‑140 (MQ=255)
gAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCg < 2:1459583/140‑1 (MQ=255)
gAAAACCTGGCTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCg < 2:349771/140‑1 (MQ=255)
aaaCCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGAc < 2:206638/140‑1 (MQ=255)
ccTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTg > 2:1442112/1‑140 (MQ=255)
tGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGat < 1:1363272/140‑1 (MQ=255)
ggTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAAcc < 2:1330668/123‑1 (MQ=255)
ggTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAAcc > 1:1330668/1‑123 (MQ=255)
ggTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTATAACCACTGATTCGACCTGata > 1:794786/1‑140 (MQ=255)
ttgttAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGa > 2:918522/1‑128 (MQ=255)
ttgttAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGa < 1:918522/128‑1 (MQ=255)
ttgttAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAACTTTTACCACTGATGCGACCTGATAttctt > 1:822173/1‑140 (MQ=255)
gacaggTCTAACCGGTCAATTTATTTTGAGTTCTTTGGTAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGATATTCTTCggg < 1:620985/135‑1 (MQ=255)
tCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGATATTCTTCGGGcaacaa > 1:1682941/1‑140 (MQ=255)
tCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGATATTCTTCGGGcaacaa > 2:1343363/1‑140 (MQ=255)
tCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGATATTCTTCGGGcaacaa > 1:258265/1‑140 (MQ=255)
tCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGAT‑AAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGATATTCTTCGGGCAACaaa < 2:174797/140‑1 (MQ=255)
cTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGATATTCTTCGGGCAACaaa > 2:304610/1‑140 (MQ=255)
tAACCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGATATTCTTCGGGCAACAAAg < 2:258265/140‑1 (MQ=255)
aaCCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGATATTCTTCGGGCAACAAAGc > 1:717771/1‑140 (MQ=255)
aaCCGGTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGATATTCTTCGGGCAACAAAGc > 1:1594886/1‑140 (MQ=255)
aCCGGTCAATTTTTTCTGATTTTTTTGATCAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGATATTCTTCGGGCAACAAAGCg < 1:559488/140‑1 (MQ=255)
gTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCTCTGGTTCTACCTGATAGTCTTGGGGCAACAAAGCGAttt > 2:484576/1‑140 (MQ=255)
gTCAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGTTTCGACCTGATAATCTTTGGGCAACAAAGCGAttt > 2:559488/1‑140 (MQ=255)
cAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGTCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGGTTCGACCTGATATTATTCGGGTAACAAAGCGATTTCa > 1:866541/1‑140 (MQ=255)
cAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGATATTCTTCGGGCAACAAAGCGATTTCa > 2:1523702/1‑140 (MQ=255)
cAATTTTTTATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGGTTAACCACCGATCCGAACTGATATTGTTCGTGCAACAAAGCGactgtc > 2:620985/1‑135 (MQ=255)
ttttATGATTTCTTTGATAAAAGTTAAATTTTATTTGTTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGATATTCTTCGGGCAACAAAGCGATTTCATCTTc < 1:807862/140‑1 (MQ=255)
tttATGATTTCTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGATATTCTTCGGGCAACAAAGCGATTTCATCTTcc < 2:1509491/140‑1 (MQ=255)
|
ACTTATTTTCTGCTTACCAAAAAAAGCCACGTTATCTTGTTGATGCAAAAGAGTGAACGTGGCGTTAAATGTAACCAGTTATATCAGTAGAAAACCTGGTTGTTGTTAACAGTCTAACCGGTCAATTTTTTATGATTTTTTTGATAAAAATTAAATTTTATTTGCTTTAATCACCACCAGATGACGTTCGCCATCCAGGGCTGGAACCTGAAGTTTAACCACTGATTCGACCTGATATTCTTCGGGCAACAAAGCGATTTCATCTTCC > NC_000913/3922907‑3923174
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
