Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F48 I1 R1
|
75 |
141.5 |
4784044 |
99.1% |
4740987 |
139.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
577,334 |
C→A |
intergenic (‑509/‑64) |
nmpC ← / → essD |
DLP12 prophage; putative outer membrane porin NmpC/DLP12 prophage; putative phage lysis protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 577,334 | 0 | C | A | 98.9%
| 633.7
/ ‑0.7
| 179 | intergenic (‑509/‑64) | nmpC/essD | DLP12 prophage; putative outer membrane porin NmpC/DLP12 prophage; putative phage lysis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base A (92/84); total (92/87) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 |
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
TACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCCGGGTACTGGTTT > NC_000913/577197‑577469
|
tacgtacgTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACg > 2:1855954/1‑140 (MQ=255)
tacgtacgTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACg > 2:1776967/1‑140 (MQ=255)
acgtacgtAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGa < 1:1837477/140‑1 (MQ=255)
acgtaAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCt > 2:199839/1‑140 (MQ=255)
gtaAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGt > 2:1760213/1‑140 (MQ=255)
taACAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGtt < 1:2082646/140‑1 (MQ=255)
taAAAAATTGGTTATTCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACCCAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGACTGtt > 2:18377/1‑140 (MQ=255)
taAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGtt > 2:646285/1‑140 (MQ=255)
aaaaTTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACg < 2:1149519/140‑1 (MQ=255)
aaaaTTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACg < 1:1274034/140‑1 (MQ=255)
aaTTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGtt < 1:571624/140‑1 (MQ=255)
aaTTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGtt < 2:122020/140‑1 (MQ=255)
aaTTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGtt < 1:1314703/140‑1 (MQ=255)
ggTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACg < 1:1671098/134‑1 (MQ=255)
ggTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCgt < 1:1690492/140‑1 (MQ=255)
gCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTAtt > 1:856177/1‑140 (MQ=255)
ttAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCt < 1:793109/140‑1 (MQ=255)
ttAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCt < 2:1235337/140‑1 (MQ=255)
aaGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCa > 2:784365/1‑140 (MQ=255)
agTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAAtt < 2:1132209/140‑1 (MQ=255)
tGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTa > 1:926126/1‑140 (MQ=255)
ggTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTac > 2:1288932/1‑140 (MQ=255)
gTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTaca < 1:1847936/140‑1 (MQ=255)
gTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTaca > 2:455470/1‑140 (MQ=255)
ttACTTCGTCACACAGCTTAAGCCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTacac > 2:1790998/1‑140 (MQ=255)
ttACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTacac > 1:1103329/1‑140 (MQ=255)
ttACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTacac > 2:1114506/1‑140 (MQ=255)
ttACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTacac > 2:294268/1‑140 (MQ=255)
ttACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTacac > 1:671537/1‑140 (MQ=255)
ttACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTacac > 1:1456912/1‑140 (MQ=255)
aCTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACAccc > 1:1747948/1‑140 (MQ=255)
tCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCt < 1:1089710/140‑1 (MQ=255)
gTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCttt > 1:764446/1‑140 (MQ=255)
gTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCttt > 2:1614733/1‑140 (MQ=255)
cacacaGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGt < 1:912621/140‑1 (MQ=255)
acaGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTg < 2:642616/140‑1 (MQ=255)
acaGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTg < 2:1328871/140‑1 (MQ=255)
caGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGc < 1:199839/140‑1 (MQ=255)
cTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAg > 2:2279771/1‑140 (MQ=255)
cTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAg > 1:1937210/1‑140 (MQ=255)
ttAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTTCGAGTCTGCTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAgg < 1:1178567/140‑1 (MQ=255)
ttAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAgg < 1:2197945/140‑1 (MQ=255)
ttAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAgg < 2:953649/140‑1 (MQ=255)
aaaCCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTg > 1:691946/1‑140 (MQ=255)
aCCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTggg < 2:1339252/140‑1 (MQ=255)
ccgTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTGGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTAt > 1:1200773/1‑140 (MQ=255)
ccgTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTAt > 1:951120/1‑140 (MQ=255)
ccgTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTAt > 2:1426336/1‑140 (MQ=255)
ccgTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTAt > 1:456357/1‑140 (MQ=255)
ccgTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTAt > 1:1567718/1‑140 (MQ=255)
ccgTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTAt > 2:464289/1‑140 (MQ=255)
ccgTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTAt > 2:2158530/1‑140 (MQ=255)
ccgTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTAt > 2:108771/1‑140 (MQ=255)
ccgTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTAt > 1:734980/1‑140 (MQ=255)
gTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGa < 2:1255191/140‑1 (MQ=255)
tCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGaa < 2:1775749/140‑1 (MQ=255)
ggTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATg < 2:856177/140‑1 (MQ=255)
ttttCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGAt < 1:1652452/140‑1 (MQ=255)
tttttGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTaac > 1:1306678/1‑140 (MQ=255)
ttGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTaacaac < 1:1614733/140‑1 (MQ=255)
tctcGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGgtg < 2:600400/140‑1 (MQ=255)
tctcGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGgtg < 1:1114506/140‑1 (MQ=255)
tctcGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGgtg < 2:1456912/140‑1 (MQ=255)
tctcGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGgtg < 1:1788732/140‑1 (MQ=255)
tctcGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACCAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGgtg < 2:1416230/140‑1 (MQ=255)
tcGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGAt > 2:483816/1‑122 (MQ=255)
tcGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTc < 1:1912233/140‑1 (MQ=255)
aGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATgg < 2:1040239/140‑1 (MQ=255)
gCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTACCAACGGGTGTCGACTATGGc < 2:2246780/140‑1 (MQ=255)
cTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCa < 1:2307335/140‑1 (MQ=255)
cTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCa < 1:323976/140‑1 (MQ=255)
aTAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCt > 1:149501/1‑140 (MQ=255)
tAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTc > 2:226274/1‑140 (MQ=255)
tAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTc > 1:2348214/1‑140 (MQ=255)
tAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTc > 1:2374353/1‑140 (MQ=255)
tAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTc > 2:487411/1‑140 (MQ=255)
aaCCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTca < 2:1688470/140‑1 (MQ=255)
cccAATACCTGAGTTATTCACTGACTATGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTcagc > 1:1371504/1‑140 (MQ=255)
aTACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGt > 1:1398815/1‑140 (MQ=255)
aTACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGt > 2:406407/1‑140 (MQ=255)
tACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTa > 2:222125/1‑140 (MQ=255)
tACCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTa < 2:1189070/140‑1 (MQ=255)
aCCTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTAGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAg > 2:1934265/1‑140 (MQ=255)
cTGAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTg > 1:646846/1‑140 (MQ=255)
gAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGcc > 2:2010554/1‑140 (MQ=255)
gAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGcc > 1:2269286/1‑140 (MQ=255)
gAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGcc > 1:1529796/1‑140 (MQ=255)
gAGTTATTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGcc > 2:1135258/1‑140 (MQ=255)
aGTTATTCACTGACTACGAG‑CTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCCgg > 1:752592/1‑140 (MQ=255)
aTTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCCGGGTa < 1:2250464/140‑1 (MQ=255)
aTTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCCGGGTa > 1:421949/1‑140 (MQ=255)
aTTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCCGGGTa < 2:691946/140‑1 (MQ=255)
aTTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCCGGGTa < 2:734980/140‑1 (MQ=255)
aTTCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGAAGTGCCGGGTa < 2:2374353/140‑1 (MQ=255)
ttCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGCGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCCGGGTAc > 2:269272/1‑140 (MQ=255)
ttCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCCGGGTAc > 2:1715286/1‑140 (MQ=255)
ttCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCCGGGTAc > 1:1883643/1‑140 (MQ=255)
tCACTGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCCGGGTACt > 2:2316378/1‑140 (MQ=255)
tGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCCGGGTACTGGtt > 2:1656450/1‑140 (MQ=255)
tGACTACGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCCGGGTACTGGtt > 2:1299372/1‑140 (MQ=255)
|
TACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCCGGGTACTGGTTT > NC_000913/577197‑577469
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
