Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F56 I20 R2
|
1958 |
92.1 |
3575798 |
91.1% |
3257551 |
126.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP006881 |
2,197,784 |
C→T |
A118A (GCG→GCA) |
U712_11010 ← |
Chorismate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP006881 | 2,197,784 | 0 | C | T | 98.2%
| 164.7
/ NA
| 54 | A118A (GCG→GCA) | U712_11010 | Chorismate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (25/28); minor base A (1/0); total (26/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TACGTGACCTGCCACCTTAATGCCGAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCGACAGCTCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAGCGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGGTGATTATATTTAATCGCTCCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATTTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCATCCTCTGTAATCGGAGCCGCACCCATGATTTTTGTCCAATGCTTCCAATCGTTATTTTCAACGACGA > CP006881/2197649‑2197917
|
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAATGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 5:354610/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTTCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 5:212272/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 7:368578/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 1:357595/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 1:80139/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 5:271173/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 6:439260/138‑2 (MQ=255)
caCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATATTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 7:169235/138‑2 (MQ=255)
aCGTGGCCCGCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGcac < 1:319475/139‑3 (MQ=255)
ccgCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTaa < 2:200984/137‑1 (MQ=255)
cgCCACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAg < 5:290697/138‑1 (MQ=255)
cACCTTAATGCCAAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGt > 7:204382/1‑137 (MQ=255)
ccTTAATGCCACGCTCCCCAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTGTCCCTTGCTGAAGAACGCGCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGc < 1:364140/139‑1 (MQ=255)
aGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCCCTCGGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGCACGCTCAAGCACAATTCTCATATCACGAAGATTATATTTAATAGCACCGATTAAGTCAGCGTGcccgagtc > 4:276453/1‑134 (MQ=255)
aGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACGTTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGtc > 6:263872/1‑139 (MQ=255)
aGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCCCGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGtc > 1:182076/1‑139 (MQ=255)
aGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca < 2:310693/114‑2 (MQ=255)
aGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGca > 1:310693/1‑113 (MQ=255)
aGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGtc > 5:223694/1‑139 (MQ=255)
aGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGtc > 5:75606/1‑139 (MQ=255)
ccTCAGCAAGACTCTTTTTAGCGACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGGTGTTTCCCTTGCAGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGGTTAAGTCAGCGTGCCCAGGtct < 2:184932/138‑1 (MQ=255)
gaaTCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGa < 7:156886/139‑1 (MQ=255)
gaaTCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGa < 3:397749/139‑1 (MQ=255)
aTCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCa < 6:286975/114‑1 (MQ=255)
aTCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCa > 5:286975/1‑114 (MQ=255)
aTCTTTTTAGCTACAGCCCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTATCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGaaa > 7:52533/1‑139 (MQ=255)
tttttAGCTCCAGCCAATTCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCGTTGCTTAAGAAAGCTCCAGCACATAAGTAATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGGTTAAGTCAGCGAGCCGAGGTCACGGTCTGGAAAtct > 2:295233/1‑137 (MQ=255)
gccgccACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCttt > 6:398283/1‑138 (MQ=255)
gccgccACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGAATATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATATCCtttt > 7:338344/1‑139 (MQ=255)
ccgccACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTttc < 1:214554/139‑1 (MQ=255)
cACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGGGCGTCAGTTCCttttggtca > 8:269881/1‑134 (MQ=255)
tctGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTGCAGTTCCGTTTGTTAATca > 2:406291/1‑138 (MQ=255)
aCAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATCTTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCATCttc < 1:406291/137‑1 (MQ=255)
aCAGTTGATTCCCTTGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGGGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCAtcttct < 5:90409/138‑1 (MQ=255)
tGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCATCTTCTGTAATCGGAGCGGcg > 3:183477/1‑138 (MQ=255)
tGCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCGTCATCTTCTGTAATCGGAGCGGcg > 7:60014/1‑138 (MQ=255)
gCTGAAGAACGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCATCTTCTGTAATCGGAGCGGcg < 4:222091/138‑2 (MQ=255)
cgcTCAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTACTTTTGTTCATATTCTGTTATCGTAGCTGCGCCCATGAttt > 7:322929/1‑139 (MQ=255)
cAAGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCATCTTCTGTAATCGGAGCGGCGCCCATGATTTTTGt < 1:321058/139‑1 (MQ=255)
aaGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCAt < 8:172680/104‑1 (MQ=255)
aaGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCAt > 7:172680/1‑104 (MQ=255)
aaGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCATCTTCTGTAATCGGAGCGGCGCCCATGATTTTTg < 8:180844/137‑1 (MQ=255)
aaGCACATTTCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCATCTTCTGTAATCGGAGCGGCGCCCATGATTTTTGTc < 7:56492/139‑1 (MQ=255)
cacaTTTCTCCTATAAAGATGATTATATTTATTTGCAACGTTTAAGTCATAGTGCCCATGTCTCGGTCTTGAAAGCTGGAGCTTCATTTCCTTTTCTTCATATGCTGTAATCGGATCGGCGCCCATGATTTTTGTCCaa < 7:278346/139‑1 (MQ=255)
ttCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGtct < 2:218247/58‑1 (MQ=255)
ttCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGtct > 1:218247/1‑58 (MQ=255)
ttCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCAATTACTTTTCTTAATATTATGTAATAGGAGCGGCGCCCCATATTTTTGTCCTATgat > 4:77790/1‑136 (MQ=255)
ttCTCATATCACGATGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCGACTCTTCCTTTTCGTGATCATCTGTAATCGGAGCGGCGCCCCATATTTTTTTCCAAGGCt > 5:425864/1‑138 (MQ=255)
atGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTGCTTTTGTTCATCTTGTGTAATCGGAGCGGCGCCCATGTTTTTTGTGCAATGGTTGCAATCGTTAttt > 4:168391/2‑139 (MQ=255)
atGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCAtcttct < 5:3225/87‑1 (MQ=255)
atGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCAtcttct > 6:3225/2‑88 (MQ=255)
atGATTATATTTAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTAATTTCCTTTTCTTCGTCTTCTGTTATCGGAGCGGCGCCCATGATTTTTGTAGATTGCTTACAATCGTTAttt > 8:75501/2‑139 (MQ=255)
tttAATTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTGTTCATCTTCTGTTATCGGAGCGGCGCCCATGATTTTTGTCCAATGCTTCCCATCGTTTTTTTCAactacg > 5:75066/1‑139 (MQ=255)
aaTTGCACCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATCTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCATCTTCTTTAATCGGAGCGGCGCCCATGATTTTTGTCCAATGCTTCCAATCGTTATTTTCAActacga > 6:314458/1‑137 (MQ=255)
|
TACGTGACCTGCCACCTTAATGCCGAGCTCAGAAAGAATCTTTTTAGCGACAGCTCCTGCCGCCACTCTGACAGTTGTTTCCCTTGCTGAAGAGCGCTCAAGCACATTTCTCATATCACGGTGATTATATTTAATCGCTCCGTTTAAGTCAGCGTGCCCAGGTCTCGGTCTGGAAATTTGGCGCTTCATTTCCTTTTCTTCATCCTCTGTAATCGGAGCCGCACCCATGATTTTTGTCCAATGCTTCCAATCGTTATTTTCAACGACGA > CP006881/2197649‑2197917
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
