Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F56 I20 R2
|
1958 |
92.1 |
3575798 |
91.1% |
3257551 |
126.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP006881 |
2,198,389 |
A→G |
I198I (ATT→ATC) |
U712_11015 ← |
Chemotaxis protein methyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP006881 | 2,198,389 | 0 | A | G | 100.0%
| 192.4
/ NA
| 60 | I198I (ATT→ATC) | U712_11015 | Chemotaxis protein methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (31/29); total (31/29) |
AATTTCTCCGGATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAATAGGACTCCATTCTTTTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATAAAGCTCTTCCTTGGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACAATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCAGCCAGTAGATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGCTTTTACTTCATAACTTCTATTTGCATTTTGAGTAAAATAACGATCCTTCACAGATGAA > CP006881/2198255‑2198524
|
aaTTTCTCGGGATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGAtt > 5:108278/1‑138 (MQ=255)
ctcGGGATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTACATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCAGTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTc > 7:8559/1‑138 (MQ=255)
gggATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCa < 2:26750/135‑1 (MQ=255)
gATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTc < 2:347858/139‑1 (MQ=255)
gATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTc < 3:115067/139‑1 (MQ=255)
gATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTc < 2:39613/139‑1 (MQ=255)
gATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTc < 2:105339/139‑1 (MQ=255)
gATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTc < 5:421213/139‑1 (MQ=255)
aaGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGtt > 1:133478/1‑139 (MQ=255)
aaGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGt < 1:253269/138‑1 (MQ=255)
ttGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATaa > 7:125756/1‑139 (MQ=255)
ttGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATaa > 3:305137/1‑139 (MQ=255)
tGCTCGGTGCTGCCGACAAAAAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATaa < 8:125756/138‑1 (MQ=255)
gctgcCGACAAAAAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATTCAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGcc < 7:112268/139‑1 (MQ=255)
ctgcCGACAAAAAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCa < 7:239346/139‑1 (MQ=255)
ccGACAAAAAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAgc > 1:60363/1‑137 (MQ=255)
aCAAAAAGAACTCCATTCTTCATCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAgcaaat > 6:114764/1‑134 (MQ=255)
aaaaAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATtg > 1:151721/1‑139 (MQ=255)
aaaaAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATtg > 7:137227/1‑139 (MQ=255)
aaaaAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATtg > 3:111693/1‑139 (MQ=255)
aaaaAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATtg > 2:442834/1‑139 (MQ=255)
aaaaAGAACTCCATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTAATAACGATCCGCCAGCAAATtg > 5:254012/1‑139 (MQ=255)
aaaaAGAACTCCAATCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTACTTCGCGCTTTATGTAAAATAAATAAATACATAGAGGCACAAGATTAAGTAAAACTCTTGTTCAAAAAGATCCGCCAGCAAATtg > 7:2940/1‑139 (MQ=255)
cATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACTCGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGa < 8:123737/138‑1 (MQ=255)
cATTCTTCTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGa < 8:201869/138‑1 (MQ=255)
atCAAGCTATGTGCGATTTTTTAATACCGCGCTTCCTTGGCGCTTTCTGTTAAATAATTAATTTCATTGCGGCACAGGATTAAGGCTAAGTCTAGTTCTTAAAGATCCGCCAGAAAATTTTGATTATTGAATGtattat > 2:345789/2‑139 (MQ=255)
cAAGCTATGTGCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTc > 8:254042/1‑139 (MQ=255)
tgtgCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGa > 3:71555/1‑139 (MQ=255)
tgtgCCATTTTTAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGa > 5:19195/1‑139 (MQ=255)
ttttAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGTCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCgtt > 6:68061/1‑137 (MQ=255)
ttttAAATACAGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCgtt > 8:306419/1‑137 (MQ=255)
taaatacaGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGtttt < 8:2940/138‑1 (MQ=255)
taaatacaGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGtttt < 1:442834/138‑1 (MQ=255)
taaatacaGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGtttt < 7:306419/138‑1 (MQ=255)
taaatacaGCTCTTCCTTCGCGCCTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGtttt < 5:114764/138‑1 (MQ=255)
taaatacaGCTCTTACTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGGTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGtttt < 1:252732/138‑1 (MQ=255)
aatacaGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGttttca < 4:71555/138‑3 (MQ=255)
tacaGCTCTTACTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACtt < 2:81286/136‑1 (MQ=255)
aGCTCTTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCAt < 2:406119/139‑1 (MQ=255)
ctctTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATaa > 4:71972/1‑139 (MQ=255)
ctctTCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATAAATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTATTTAATGTAATATTCTTTTTGATATCCGTTTTCACTTCATa > 5:243376/1‑138 (MQ=255)
ttCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAAc < 6:108278/137‑1 (MQ=255)
ttCCTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACtt > 4:57383/1‑139 (MQ=255)
ccTTCGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTc > 5:223715/1‑138 (MQ=255)
tcgcgcTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTc > 1:410950/3‑55 (MQ=255)
tcgcgcTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTc < 2:410950/53‑1 (MQ=255)
tCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGtttt > 3:337826/1‑139 (MQ=255)
aataaataCATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATaa < 6:223715/139‑1 (MQ=255)
aataaataCATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATaa < 3:71972/139‑1 (MQ=255)
taaataCATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACg < 7:346063/139‑1 (MQ=255)
aataCATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGAt < 4:305137/139‑1 (MQ=255)
aataCATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGAt < 8:137227/139‑1 (MQ=255)
cATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGCTCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCttt > 8:103588/1‑139 (MQ=255)
cATTGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCttt < 2:60363/139‑1 (MQ=255)
tGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTca > 5:71533/1‑138 (MQ=255)
tGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTca > 8:169309/1‑138 (MQ=255)
tGCGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTca > 3:60538/1‑138 (MQ=255)
tGCGGCACACGATTAAGTCAAAGGCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGATTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTca > 4:72123/1‑138 (MQ=255)
cGGCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTca > 3:98203/1‑136 (MQ=255)
ggCACACGATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTCACAGa < 4:337826/139‑1 (MQ=255)
cacacgATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATAGTGCTTTTTCAATGTATTATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATACCTACTATTTGCGTTTTGCG‑AAAATAACGATCTTTCACAGAtag > 3:276149/1‑137 (MQ=255)
cacgATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCCGCCAGCAAATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGTTTTCACTTCATAACTTCTATTTGCGTTTTGCGTAAAATAACGATCTTTCACAGAtagc > 6:25971/1‑136 (MQ=255)
|
AATTTCTCCGGATTGAAGATTTGCTCGGTGCTGCCGACAAATAGGACTCCATTCTTTTTCAAGCTATGTGCCATTTTTAAATAAAGCTCTTCCTTGGCGCTTTCTGTAAAATAAATAAATACATTGCGGCACACAATTAAGTCAAAGTCTTGTTCATAACGATCAGCCAGTAGATTGTGCTTTTTGAATGTAATATTCTTTTTGATTTCCGCTTTTACTTCATAACTTCTATTTGCATTTTGAGTAAAATAACGATCCTTCACAGATGAA > CP006881/2198255‑2198524
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
