Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F56 I20 R2
|
1958 |
92.1 |
3575798 |
91.1% |
3257551 |
126.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP006881 |
4,023,241 |
A→G |
L163L (TTA→TTG) |
U712_20780 → |
Uncharacterized protein yyaC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP006881 | 4,023,241 | 0 | A | G | 98.1%
| 325.9
/ NA
| 104 | L163L (TTA→TTG) | U712_20780 | Uncharacterized protein yyaC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base G (40/61); minor base T (0/2); total (40/64) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
AGAGTGTGGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTACAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCAAAGGCTCACTGGGCGCATATAAAATAA > CP006881/4023105‑4023375
|
agagTGTGGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCa < 5:166880/139‑1 (MQ=255)
agagTGTGGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCa < 1:295499/139‑1 (MQ=255)
agagTGTGGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCa < 1:256683/139‑1 (MQ=255)
agagTGTGGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTACa < 8:148471/139‑1 (MQ=255)
tgtgGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTAC‑AAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATa < 5:206038/139‑1 (MQ=255)
gtgGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGAGGTTTTTATGAATATTTTGTATTGGAAAAt > 1:382165/1‑138 (MQ=255)
tgGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATa > 2:383006/1‑138 (MQ=255)
tgGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATAc < 8:328540/139‑1 (MQ=255)
tgGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATAc > 6:47768/1‑139 (MQ=255)
tgGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATAc > 7:14771/1‑139 (MQ=255)
tgGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATAc > 7:149302/1‑139 (MQ=255)
tgGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATAc < 2:184701/139‑1 (MQ=255)
ttCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATTTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGa < 4:421190/139‑1 (MQ=255)
ttCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGa < 1:431480/139‑1 (MQ=255)
cATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATa < 7:438183/132‑1 (MQ=255)
cATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATa > 8:438183/1‑132 (MQ=255)
cATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATa > 4:378415/1‑132 (MQ=255)
cATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATa < 3:378415/132‑1 (MQ=255)
aTTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACt < 5:147411/138‑1 (MQ=255)
tttCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCa < 3:323568/125‑1 (MQ=255)
cAAATCGGGGACGGTCCATTACAGCCAGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAAc < 4:28931/138‑1 (MQ=255)
acaTCGGTGACGGGACATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACt < 1:335132/136‑1 (MQ=255)
aaaTCGGGGACGGGCCATTAAAGGCCGGAGCCGGTGTACAATAAGACCTTCCTGTAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACt < 3:163691/138‑1 (MQ=255)
aaaTCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACt < 4:226054/138‑1 (MQ=255)
aaaTCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACt < 1:383006/138‑1 (MQ=255)
aaaTCGCGGACGGGCCAGTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACt < 4:422224/138‑1 (MQ=255)
aaaTCCGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACATAAAGACCTTCCAGAAGTGGGAGATCTTCATATAAACGGAATCGTGAATGTGTGCGGGTTTATGGAATATTTTGTATTGCATAATACTAGACTCAACt < 2:326575/138‑1 (MQ=255)
aaTCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATTGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTg > 1:123211/1‑139 (MQ=255)
aTTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGCTCTTCATATTAACGGAATCGTGATTGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGGCTCACCGTGGTCATGAATATGGc > 8:132102/1‑138 (MQ=255)
ttAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCa > 8:113289/1‑138 (MQ=255)
cccGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACt > 3:340607/1‑115 (MQ=255)
cccGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACt < 4:340607/115‑1 (MQ=255)
aGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCg > 5:393444/1‑139 (MQ=255)
gtgtACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAgg > 4:147713/1‑139 (MQ=255)
gtgtACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAgg > 6:134418/1‑139 (MQ=255)
tgtTCAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGt < 7:428032/139‑1 (MQ=255)
tACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGttt < 4:247120/139‑1 (MQ=255)
tACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGttt < 1:234269/139‑1 (MQ=255)
cAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGttt > 1:124980/1‑137 (MQ=255)
aaaGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTACTAGCCGAAGTTTTGAGtt > 2:254789/1‑139 (MQ=255)
aGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACTGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTa < 1:254789/139‑1 (MQ=255)
aGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTa < 3:109776/139‑1 (MQ=255)
ccTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTaa > 1:314562/1‑137 (MQ=255)
tgcTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGTGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACt < 4:214366/87‑1 (MQ=255)
tCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGTGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACt > 3:214366/1‑89 (MQ=255)
ccTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAAGGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGa < 5:81598/137‑1 (MQ=255)
ccTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGa < 8:149302/137‑1 (MQ=255)
ccTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGa < 5:88033/137‑1 (MQ=255)
ccTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGAt < 1:33949/138‑1 (MQ=255)
aaGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCTGTTTTATGGAATATTTTGTATTTCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGa < 5:115563/138‑1 (MQ=255)
aaGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGa < 3:147713/138‑1 (MQ=255)
aaGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGa < 5:134418/138‑1 (MQ=255)
aaGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGa < 8:14771/138‑1 (MQ=255)
aaGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGa < 8:272780/138‑1 (MQ=255)
aaGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGa < 2:123211/138‑1 (MQ=255)
aaGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGa < 2:124980/138‑1 (MQ=255)
aaGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGAc < 6:393444/139‑1 (MQ=255)
aaGGGGTAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTGTGAGTTTAACAGATCGGa < 8:357912/138‑1 (MQ=255)
aGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACa < 1:47981/139‑1 (MQ=255)
aGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACa < 4:370681/139‑1 (MQ=255)
aGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACa < 1:306386/139‑1 (MQ=255)
ggAGATCTTCATATTTACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGt > 3:12705/1‑139 (MQ=255)
ggAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGa < 4:92760/128‑1 (MQ=255)
ggAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGa > 3:92760/1‑128 (MQ=255)
ggAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGt > 8:139370/1‑139 (MQ=255)
ggAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGt > 7:122806/1‑139 (MQ=255)
gagaTCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTg < 4:178095/139‑1 (MQ=255)
tatTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGa < 3:77939/122‑1 (MQ=255)
tatTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGa > 4:77939/1‑122 (MQ=255)
tatTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGaa < 1:19107/139‑1 (MQ=255)
tatTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGaa < 7:192722/139‑1 (MQ=255)
tatTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGaa < 7:139370/139‑1 (MQ=255)
tatTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGaa < 2:382165/139‑1 (MQ=255)
aaCGTAATCGTGAATGTGATCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGa < 3:430402/113‑1 (MQ=255)
aaCGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGa > 4:430402/1‑113 (MQ=255)
aCGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCt > 3:200480/1‑139 (MQ=255)
aCGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCt > 1:135022/1‑139 (MQ=255)
cGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCgg > 2:266247/1‑92 (MQ=255)
cGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCgg < 5:309583/92‑1 (MQ=255)
cGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCgg < 1:266247/92‑1 (MQ=255)
cGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAAAATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCgg > 6:309583/1‑92 (MQ=255)
gAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTaa > 6:394567/1‑139 (MQ=255)
aTCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAAcc < 2:135022/139‑1 (MQ=255)
aTCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAAcc < 4:200480/139‑1 (MQ=255)
tCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGa < 8:373046/106‑1 (MQ=255)
tCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGa > 7:373046/1‑106 (MQ=255)
aTGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCa < 7:67321/139‑1 (MQ=255)
aTGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCa < 7:71179/139‑1 (MQ=255)
aTGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCa < 1:270046/139‑1 (MQ=255)
aGCGGTTTTATGGAATAATTTGTATTGCAAAATACTATACTCAACTTGGTGATGAATATTGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGTGTTTAAAAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCAAAGGc > 7:275558/1‑139 (MQ=255)
tGGAATATTTTGTATTTAAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCAAAGGCTCACTGGgc < 3:81723/138‑1 (MQ=255)
atatTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGaa > 7:65657/1‑103 (MQ=255)
atatTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGaa < 8:65657/103‑1 (MQ=255)
tatTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCAAAGGCTCACTGGGCTCata > 2:172451/1‑138 (MQ=255)
tatTTTGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCAAAGGCTCACTGGGCGCata > 7:122080/1‑138 (MQ=255)
tttGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAg < 6:440496/55‑1 (MQ=255)
tttGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAg > 5:440496/1‑55 (MQ=255)
tttGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGa > 3:115888/1‑82 (MQ=255)
tttGTATTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGa < 4:115888/82‑1 (MQ=255)
aTTGCAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCAAAGGCTCACTGGGCGCATataaaataa > 5:382020/1‑138 (MQ=255)
|
AGAGTGTGGGTTCATTTCAAATCGGGGACGGGCCATTAAAGCCCGGAGCCGGTGTACAAAAAGACCTTCCTGAAGTGGGAGATCTTCATATTAACGGAATCGTGAATGTGAGCGGTTTTATGGAATATTTTGTATTACAAAATACTAGACTCAACTTGGTCATGAATATGGCAAATGTTCTAGCGGAAGGTTTGAGTTTAACAGATCGGACAGAGTGGAGGCAAGAACGCCTTAACCCGTTGCAAAGGCTCACTGGGCGCATATAAAATAA > CP006881/4023105‑4023375
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
