Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F41 I0 R1
|
38 |
250.3 |
5754022 |
94.2% |
5420288 |
134.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,010,363 |
C→T |
100% |
C146Y (TGT→TAT) |
USA300HOU_RS10125 ← |
Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | 0 | C | T | 100.0%
| 559.3
/ NA
| 174 | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (83/91); total (83/91) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATG > USA300TCH1516_ALE/2010233‑2010493
|
tgtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACATCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAGGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAAt < 1:2427193/134‑1 (MQ=255)
tgtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAATGCAATAATAATTGTTATATAAt > 1:974009/1‑134 (MQ=255)
gtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTAACCTCTATTATCATCATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATc > 2:1293205/1‑134 (MQ=255)
ggcAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATc > 1:1679249/3‑134 (MQ=255)
cAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTa > 2:1865100/1‑134 (MQ=255)
aTTTTCTTAATCTGCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAAc < 2:1571066/134‑1 (MQ=255)
tttGTTAATTGTCCAAAGAAAACGTAAATCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGAT‑GCTAAAGTAAACGTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGTAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 2:2333145/134‑1 (MQ=255)
tttCTTAATTGCCCAAAGAAACCGTACTCCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑TCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 1:861103/134‑1 (MQ=255)
gttCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 2:278726/133‑1 (MQ=255)
cTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATAATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAat > 1:2317307/1‑134 (MQ=255)
ttAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCACTTTAACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAGATGTTATATAATCTAACCAAata > 2:2749700/1‑134 (MQ=255)
ttAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAATGCAATAATAATTGTTATGTAATATAACAAAata > 2:890018/1‑134 (MQ=255)
ttAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGACAGTACACTAAGAATTGTTATATAATCTAACCAAata > 2:27009/1‑134 (MQ=255)
ttAATCTTCCAAAGAAAAAGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTCAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAata > 2:515327/1‑134 (MQ=255)
tCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATTGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTa < 1:2496124/134‑1 (MQ=255)
tCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTa < 1:1831995/134‑1 (MQ=255)
cAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAc > 2:1949006/1‑134 (MQ=255)
aaGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAccc > 2:55575/1‑134 (MQ=255)
aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAATATAAATAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCg < 1:1133166/134‑1 (MQ=255)
aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTaaaacg > 1:2680930/1‑130 (MQ=255)
aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTCATATAAACTAAACAAATATTAATAAACACg > 1:2039511/1‑134 (MQ=255)
aaaaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGt > 1:1526296/1‑134 (MQ=255)
aaaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGtt > 1:1263269/1‑134 (MQ=255)
cGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaa > 1:2183232/1‑134 (MQ=255)
gTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGTATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaaa < 1:2725066/134‑1 (MQ=255)
gTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaaa > 1:1405743/1‑134 (MQ=255)
acacCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTTCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATg < 1:1166179/134‑1 (MQ=255)
catggTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGCACATAATAGATGTTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGa < 2:344746/130‑1 (MQ=255)
ccGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGaaa > 1:2764169/1‑134 (MQ=255)
acGTTAAAATGTAAAATGGGGAGATAAACAGCAATCACTTGAAT‑AGTGTCACATCTAAAAAGAACATTATTGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGaaa < 1:1340877/133‑1 (MQ=255)
cGTTAAAATGTAAAATTGGAAGATAAATATTGAT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAAt < 1:968800/134‑1 (MQ=255)
cGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAATGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAAt < 1:1382847/134‑1 (MQ=255)
aaaatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAGGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCttt < 1:1880743/134‑1 (MQ=255)
aatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttg > 1:606603/1‑134 (MQ=255)
atgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttgt < 2:515397/134‑1 (MQ=255)
atgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTACACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTAATTCACCCGGTTAACATGAAATCTttagt > 2:1237403/1‑134 (MQ=255)
gtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttgttt > 1:1851281/1‑134 (MQ=255)
aaaattGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGTCAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTttgtttgt < 2:1740892/134‑1 (MQ=255)
aaaatgGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCAAATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACAACATATTCATTAACCCCGCTAACCTAATATTTTctgtttgt > 2:1146101/1‑134 (MQ=255)
aatgGGAAGATAAACAGTGTT‑GCTAAAGTCAATTACACATCTAAAAAGAACAATATGTATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAAACAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTc < 1:1759951/134‑1 (MQ=255)
tgGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCaa < 1:2279307/134‑1 (MQ=255)
ggAAGATAAACATTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAATATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAca < 1:71915/134‑1 (MQ=255)
aaGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatc < 1:2445642/134‑1 (MQ=255)
gATAAACAGTGTT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:1095380/134‑1 (MQ=255)
gATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 1:1865100/134‑1 (MQ=255)
gATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:1370991/134‑1 (MQ=255)
gATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:379242/134‑1 (MQ=255)
gATAAACAGTGCT‑GCAAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCGAACCAAATATTCATTAACCCGTTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:737589/134‑1 (MQ=255)
gATAAACAGTGCT‑GATAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:579596/134‑1 (MQ=255)
aTAAACAGTTCT‑GTTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCAtt < 1:2328732/134‑1 (MQ=255)
aTAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCAtt < 1:675140/134‑1 (MQ=255)
aTAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCAtt < 1:2632180/134‑1 (MQ=255)
tAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGTTTAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTa < 2:2640380/134‑1 (MQ=255)
aaCAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAAt < 2:1794294/134‑1 (MQ=255)
cAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAATAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATTAAATATTTTGTTTGTTCTTTTTCATTAATCa < 2:1048204/134‑1 (MQ=255)
gct‑gctAAAGTCAATTTCACATCTAGAAAGGACATGAGGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCActct > 1:2874836/1‑134 (MQ=255)
aaaGTCAATATCAAAACTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGatat < 2:2764169/134‑1 (MQ=255)
aaGTCAATGTCACATCTAAAGAGTATATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCTGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATAtt < 2:706409/134‑1 (MQ=255)
cAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTTCAATAATAATTGTTATATAATCTAACAAAATATTCATTAACCAGGTTAAAATGAAATATTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACtt > 1:2665495/1‑134 (MQ=255)
aaTTTCGCATATAAAAAGAACATTATGTATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTTGATATTACTTg < 2:1259041/134‑1 (MQ=255)
aTTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCCCACCTGCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGa < 2:721025/134‑1 (MQ=255)
aTTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGa > 2:2224591/1‑134 (MQ=255)
tttCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGAc > 1:2125677/1‑134 (MQ=255)
cacaTCTAAAAAGAACATTATTTATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAGTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTa < 1:2053844/134‑1 (MQ=255)
acaTCTAAAAAGCACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTAc > 2:2515510/1‑134 (MQ=255)
acaTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTAc > 2:2293229/1‑134 (MQ=255)
caTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTAAATAACCCGCTTTATATTCATCATATTGCCTGTCCAACATCATTAATAACTCTAGATATTACTTGACCTACt > 2:2045961/1‑134 (MQ=255)
aTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACtt < 2:2554001/134‑1 (MQ=255)
cATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCAt < 1:560486/134‑1 (MQ=255)
aTTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATa > 1:2789826/1‑134 (MQ=255)
aTTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATa > 2:418148/1‑134 (MQ=255)
ttATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATaa > 1:570020/1‑134 (MQ=255)
ttATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAAATATTACTTGACATACTTGATTATTAGCATaa > 1:191484/1‑134 (MQ=255)
tGGATGGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAAt > 1:1516092/1‑134 (MQ=255)
aGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAATTGTTGTCCAAAATTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGc < 1:2104120/134‑1 (MQ=255)
aGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGc < 2:774341/134‑1 (MQ=255)
aGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGc < 2:1261451/134‑1 (MQ=255)
aGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTAGc > 1:1121449/1‑134 (MQ=255)
gCAATAGTAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACt < 2:2439329/134‑1 (MQ=255)
ataataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAAACTCGAACTTaa > 1:549845/1‑134 (MQ=255)
taataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTaaa > 1:481383/1‑134 (MQ=255)
taataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTaaa > 1:110760/1‑134 (MQ=255)
taataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTaaa < 2:1405743/134‑1 (MQ=255)
taataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTaaa > 1:2286/1‑134 (MQ=255)
taataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGAACTACTTGATTATTAGCATTAAATCTCGTACTTaaa > 1:914585/1‑134 (MQ=255)
taatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCt > 1:2007599/1‑134 (MQ=255)
taatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCt > 1:1761353/1‑134 (MQ=255)
taatTGTTATATAATATAATAAAATATTTATTAATTTTGTTAAAATTAAATTTTTTGTTTGTTAAACATCATTAATTACTTTAGATATTACTTGAACTACTTGATTATTAGCATAAAATTTTGTATTTAAAGCt < 2:2724130/134‑1 (MQ=255)
aatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCtt > 1:227650/1‑134 (MQ=255)
aatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCtt > 1:29962/1‑134 (MQ=255)
aatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCtt > 1:1491637/1‑134 (MQ=255)
aatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCtt > 1:1587959/1‑134 (MQ=255)
atTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg < 1:2339819/134‑1 (MQ=255)
atTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg < 2:227144/134‑1 (MQ=255)
atTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg < 1:2384499/134‑1 (MQ=255)
atTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg < 2:398241/134‑1 (MQ=255)
ttGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATATTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAACTTGt > 2:2039825/1‑134 (MQ=255)
tGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTa > 1:2309972/1‑134 (MQ=255)
tatataATCTAACCAAATATTCATTAATCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAATCTTGTAAAt > 2:1908201/1‑134 (MQ=255)
tatataATCTAACCAAATATTCATTAATCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGAAATTGATAGACGTACTTGATTATTATCAGAAAATCTCGCACTTAAAACTTGTAAAt > 2:470207/1‑134 (MQ=255)
|
TGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATG > USA300TCH1516_ALE/2010233‑2010493
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
