Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F18 I0 R2
|
19 |
23.5 |
523274 |
98.7% |
516471 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,646,189 |
G→C |
100% |
A155G (GCA→GGA) |
ypdF ← |
Aminopeptidase YpdF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | 0 | G | C | 100.0%
| 79.9
/ NA
| 21 | A155G (GCA→GGA) | ypdF | Aminopeptidase YpdF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (10/11); total (10/11) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCT > USA300TCH1516_ALE/1646062‑1646293
|
tGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGt < 1:85538/141‑1 (MQ=255)
cacCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTaaaa > 2:139408/1‑141 (MQ=255)
tgtgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAatatat > 2:98490/1‑141 (MQ=255)
ggTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCa < 2:146026/141‑1 (MQ=255)
tAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCata > 2:200931/1‑141 (MQ=255)
aTGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATg < 2:157022/141‑1 (MQ=255)
aTGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATg < 2:157033/141‑1 (MQ=255)
aTGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATg < 2:213457/141‑1 (MQ=255)
cACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGttt > 1:27932/1‑141 (MQ=255)
tGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATcaaca > 1:213100/1‑141 (MQ=255)
tGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATcaaca > 1:67425/1‑141 (MQ=255)
aCCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAat < 1:25623/141‑1 (MQ=255)
cTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgctg > 2:20925/1‑141 (MQ=255)
aTCGTGTCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTCGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 2:180168/141‑1 (MQ=255)
aTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 2:11226/141‑1 (MQ=255)
atgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCaa < 2:150030/141‑1 (MQ=255)
cTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCtt < 1:20925/141‑1 (MQ=255)
tAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCttt < 2:76594/141‑1 (MQ=255)
gCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAtttt > 1:165128/1‑141 (MQ=255)
gCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAAtttt > 1:212069/1‑141 (MQ=255)
tCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCt > 1:222349/1‑141 (MQ=255)
|
TGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCT > USA300TCH1516_ALE/1646062‑1646293
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
