Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,762,307 |
T→C |
Q35R (CAG→CGG) |
ydiC ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,762,307 | 0 | T | C | 98.7%
| 457.4
/ ‑2.9
| 148 | Q35R (CAG→CGG) | ydiC | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (81/65); total (82/66) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.46e-01 |
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
TGTCCGGCTCGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCTGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCT > NC_000913/1762218‑1762396
|
tGTCCGGCTCGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGgccgct < 1:1020299/93‑1 (MQ=255)
gTCCGGCTCGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCtt < 1:3140223/93‑1 (MQ=255)
tCGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGccacc > 1:2495201/1‑93 (MQ=255)
tCGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGccacc > 1:939720/1‑93 (MQ=255)
tCGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGATTTGccacc > 2:1787409/1‑93 (MQ=255)
cGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGccccca < 2:3594252/93‑1 (MQ=255)
cGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGccacca > 2:4722759/1‑93 (MQ=255)
cTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGc > 1:393675/1‑93 (MQ=255)
tAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCt > 2:1008866/1‑93 (MQ=255)
acacTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCAGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCCCTTTGCCACCACCTcc > 2:4039010/1‑92 (MQ=255)
cacTGTCGAGGACATAGCCAAAGCCCGCGGAGCCCGTTTGCTTCACGCTTAAGCGCACGCCGACCATTCCCGGCCGCTTTGTCACCAGCTCAc < 2:2381446/93‑1 (MQ=255)
acTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACg > 2:745982/1‑93 (MQ=255)
acTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACg > 2:37333/1‑93 (MQ=255)
acTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACg < 1:2760632/93‑1 (MQ=255)
cTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACgg > 2:4380214/1‑93 (MQ=255)
cTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACgg > 2:3940327/1‑93 (MQ=255)
cGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACTCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGAttt > 1:1452911/1‑91 (MQ=255)
cGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGAtgt > 1:71466/1‑93 (MQ=255)
cGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGAtgt < 1:2430488/93‑1 (MQ=255)
cGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGAtgt > 1:1452912/1‑93 (MQ=255)
gCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTa > 2:347518/1‑93 (MQ=255)
cacaTAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTAt < 2:2245661/93‑1 (MQ=255)
caTAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTTCCACCAGCTCACGGATGTGTATcg > 2:4639895/1‑93 (MQ=255)
caTAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATcc > 1:3618192/1‑92 (MQ=255)
tAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATcgcc > 1:2622843/1‑93 (MQ=255)
tAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATcgcc > 1:1700339/1‑93 (MQ=255)
tAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATcgcc > 1:1246364/1‑93 (MQ=255)
aGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATcgccg > 2:2324712/1‑93 (MQ=255)
aGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATcgccg > 1:4596640/1‑93 (MQ=255)
gCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATcgccgc < 1:2320790/93‑1 (MQ=255)
cAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCtc > 1:4050874/1‑92 (MQ=255)
aaGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCg > 2:161634/1‑93 (MQ=255)
aGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCgg < 1:809572/93‑1 (MQ=255)
gCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCggg > 2:3244405/1‑93 (MQ=255)
cccGCGCAGCCCGTTTTCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGgt < 1:1094579/93‑1 (MQ=255)
cgcgCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGgtgt > 2:2901773/1‑93 (MQ=255)
gcgcAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGGGTc > 1:2453359/1‑93 (MQ=255)
gcgcAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCAGCTGCGGGTGTc > 1:1676134/1‑93 (MQ=255)
gcAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAg > 2:2952225/1‑93 (MQ=255)
gcAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAg < 1:2386463/93‑1 (MQ=255)
gcAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAg > 1:3056508/1‑93 (MQ=255)
cAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCTGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGc < 1:4658103/93‑1 (MQ=255)
cAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGc > 2:2322541/1‑93 (MQ=255)
aGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCg > 1:1048546/1‑93 (MQ=255)
aGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCg < 2:3577238/93‑1 (MQ=255)
aGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCg > 2:724069/1‑93 (MQ=255)
gCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGt < 2:622974/93‑1 (MQ=255)
gCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGt < 2:1170960/93‑1 (MQ=255)
gCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGAACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATTGCCGCTTCGCGTGCCTGCGt > 2:3905201/1‑93 (MQ=255)
cccGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGtt < 1:1510887/93‑1 (MQ=255)
cccGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGtt > 1:2433170/1‑93 (MQ=255)
ccGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTa > 1:3113279/1‑93 (MQ=255)
ccGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTa > 2:2227618/1‑93 (MQ=255)
ccGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTa < 1:1007519/93‑1 (MQ=255)
ccGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTa > 1:3328640/1‑93 (MQ=255)
ccGTTTGATTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGCGTCAGCGTTa > 1:95641/1‑93 (MQ=255)
gTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCTACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAg < 2:2920815/93‑1 (MQ=255)
gTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAg < 2:4615253/93‑1 (MQ=255)
tttGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGGTAAGc > 1:4207550/1‑93 (MQ=255)
ttGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGcc > 2:1520466/1‑93 (MQ=255)
tGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCt < 2:3068379/93‑1 (MQ=255)
gCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCtt < 2:365368/93‑1 (MQ=255)
ttCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGc < 1:1749511/93‑1 (MQ=255)
ttCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGc > 2:2396750/1‑93 (MQ=255)
ttCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGc < 1:3473567/93‑1 (MQ=255)
tCACGCCTCGGCGCCCGCCGCCCATACCCGGCCGCTTTGCCCCCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGcc < 1:3616001/93‑1 (MQ=255)
tCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCTGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGcc > 2:4024543/1‑93 (MQ=255)
tCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGcc < 1:4293686/93‑1 (MQ=255)
tCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGcc < 1:3276509/93‑1 (MQ=255)
cACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCa < 1:4618960/93‑1 (MQ=255)
gCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGc < 1:3051873/93‑1 (MQ=255)
gCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGc > 1:3777007/1‑93 (MQ=255)
ccTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCg > 1:4427210/1‑93 (MQ=255)
ccTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCg > 2:1548772/1‑93 (MQ=255)
cTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGa > 1:1154846/1‑93 (MQ=255)
cTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGa > 1:3831696/1‑93 (MQ=255)
aGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAAt < 1:1747880/93‑1 (MQ=255)
gcgcACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGGCAGTGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAAtt > 2:3394200/1‑92 (MQ=255)
cgcACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCt < 2:393675/93‑1 (MQ=255)
gcACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCtt < 2:4209915/93‑1 (MQ=255)
gcACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCtt < 2:4650671/93‑1 (MQ=255)
gcACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCtt < 1:913895/93‑1 (MQ=255)
cACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTtg > 2:3187080/1‑93 (MQ=255)
cACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTtg < 1:3384759/93‑1 (MQ=255)
aCGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTtgt > 2:2609404/1‑93 (MQ=255)
aCGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTtgt < 1:486592/93‑1 (MQ=255)
aCGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTtgt > 1:4406967/1‑93 (MQ=255)
cGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTtgtg < 1:1898528/93‑1 (MQ=255)
cGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTtgtg < 2:1388473/93‑1 (MQ=255)
cGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCtgtg > 2:2168001/1‑93 (MQ=255)
gACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGtt > 1:73540/1‑93 (MQ=255)
aTACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAg > 1:2527590/1‑93 (MQ=255)
aTACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAg > 2:842557/1‑93 (MQ=255)
aTACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAg > 2:1184804/1‑93 (MQ=255)
atcccGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAgg < 1:3694964/91‑1 (MQ=255)
aCCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGt < 2:3561335/93‑1 (MQ=255)
cGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTcc < 1:3303620/93‑1 (MQ=255)
cGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTcc < 1:4488779/93‑1 (MQ=255)
ggCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCt < 2:1926120/93‑1 (MQ=255)
ggCCGCCTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCt < 2:1926121/93‑1 (MQ=255)
|
TGTCCGGCTCGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCTGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCT > NC_000913/1762218‑1762396
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGTCCGGCTCGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCTGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAAT > NC_000913/1762218‑1762400
|
TGTCCGGCTCGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTT < SRR4302544.1030484/94‑1 (MQ=60)
GTCCGGCTCGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTT < SRR4302544.3170067/94‑1 (MQ=60)
CGGCTCGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCC > SRR4302544.790031/1‑94 (MQ=60)
GGCTCGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCA > SRR4302544.309933/1‑94 (MQ=60)
CTCGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACC > SRR4302544.948971/1‑94 (MQ=60)
CTCGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACC > SRR4302544.2519110/1‑94 (MQ=60)
GCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCTGCCGCTTTGCCACCAGC > SRR4302544.397665/1‑94 (MQ=60)
GCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGC > SRR4302544.397666/1‑94 (MQ=60)
GCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGA > SRR4302544.1052730/1‑94 (MQ=60)
ACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGG < SRR4302544.2787194/94‑1 (MQ=60)
ACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGG > SRR4302544.1606864/1‑94 (MQ=60)
TGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGAT < SRR4302544.1752356/94‑1 (MQ=60)
TCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACTCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATTT > SRR4302544.1467346/1‑94 (MQ=60)
TCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGT > SRR4302544.1467347/1‑94 (MQ=60)
TCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGT > SRR4302544.72160/1‑94 (MQ=60)
CGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTG < SRR4302544.2453638/94‑1 (MQ=60)
CGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTG < SRR4302544.2453637/94‑1 (MQ=60)
AGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTA < SRR4302544.3346361/94‑1 (MQ=60)
ACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCC > SRR4302544.3654147/1‑94 (MQ=60)
CATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGC > SRR4302544.1119263/1‑94 (MQ=60)
ATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCC > SRR4302544.1717117/1‑94 (MQ=60)
ATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCC > SRR4302544.2647994/1‑94 (MQ=60)
ATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCC > SRR4302544.1258642/1‑94 (MQ=60)
TAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCG > SRR4302544.4642353/1‑94 (MQ=60)
GCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCT < SRR4302544.2342779/94‑1 (MQ=60)
CCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTC > SRR4302544.4091217/1‑94 (MQ=60)
AAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCG > SRR4302544.3730538/1‑94 (MQ=60)
AGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGG < SRR4302544.817468/94‑1 (MQ=60)
GCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGT > SRR4302544.4416244/1‑94 (MQ=60)
CCCGCGCAGCCCGTTTTCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTG < SRR4302544.1105472/94‑1 (MQ=60)
CGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGGGTC > SRR4302544.2476764/1‑94 (MQ=60)
CGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCAGCTGCGGGTGTC > SRR4302544.1692640/1‑94 (MQ=60)
CGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAG > SRR4302544.3085687/1‑94 (MQ=60)
GCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGC < SRR4302544.2409066/94‑1 (MQ=60)
CAGCCCGTTTGCTTCGCGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCG > SRR4302544.4690727/1‑94 (MQ=60)
CAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCTGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCG < SRR4302544.4704187/94‑1 (MQ=60)
CAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCGCGGATGAGTATCCACGCTGCGGGggtccgca > SRR4302544.2982787/1‑86 (MQ=60)
CAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCG > SRR4302544.1058938/1‑94 (MQ=60)
GCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTT > SRR4302544.2456354/1‑94 (MQ=60)
GCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTT > SRR4302544.3362110/1‑94 (MQ=60)
CCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTA < SRR4302544.1525863/94‑1 (MQ=60)
CCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTA > SRR4302544.3142896/1‑94 (MQ=60)
CCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTA > SRR4302544.3360340/1‑94 (MQ=60)
CCCGTTTGATTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGCGTCAGCGTTA > SRR4302544.96520/1‑94 (MQ=60)
CCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAA < SRR4302544.1017537/94‑1 (MQ=60)
GTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGGTAAGC > SRR4302544.4249799/1‑94 (MQ=60)
TTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCT > SRR4302544.3846097/1‑94 (MQ=60)
TTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCC < SRR4302544.833512/94‑1 (MQ=60)
TTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCC < SRR4302544.1495141/94‑1 (MQ=60)
TTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCC < SRR4302544.1766636/94‑1 (MQ=60)
TTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCC < SRR4302544.3506690/94‑1 (MQ=60)
TCACGCCTCGGCGCCCGCCGCCCATACCCGGCCGCTTTGCCCCCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCA < SRR4302544.3651707/94‑1 (MQ=60)
TCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCA < SRR4302544.3307738/94‑1 (MQ=60)
TCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCA < SRR4302544.4337524/94‑1 (MQ=60)
CACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAG < SRR4302544.4664799/94‑1 (MQ=60)
CGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGC > SRR4302544.3814433/1‑94 (MQ=60)
GCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCG > SRR4302544.4471881/1‑94 (MQ=60)
GCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCG < SRR4302544.3081028/94‑1 (MQ=60)
CCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGA > SRR4302544.4621271/1‑94 (MQ=60)
CCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGA > SRR4302544.1166333/1‑94 (MQ=60)
CCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGA > SRR4302544.3869689/1‑94 (MQ=60)
AAGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAAT < SRR4302544.964560/94‑1 (MQ=60)
AGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATC < SRR4302544.2470034/94‑1 (MQ=60)
AGCGCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATC < SRR4302544.1764991/94‑1 (MQ=60)
GCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTG < SRR4302544.922928/94‑1 (MQ=60)
GCACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTG < SRR4302544.2704322/94‑1 (MQ=60)
CACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGT < SRR4302544.1270762/94‑1 (MQ=60)
CACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGT < SRR4302544.3417099/94‑1 (MQ=60)
CACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGT > SRR4302544.4451478/1‑94 (MQ=60)
ACGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTG < SRR4302544.491362/94‑1 (MQ=60)
CGCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGG < SRR4302544.1916873/94‑1 (MQ=60)
GCCGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGG < SRR4302544.3299156/94‑1 (MQ=60)
CGACCATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTT > SRR4302544.74247/1‑94 (MQ=60)
CATACCCGGCCTCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTAAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAG < SRR4302544.2368824/94‑1 (MQ=60)
CATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAG > SRR4302544.1890077/1‑94 (MQ=60)
CATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAG < SRR4302544.4509794/94‑1 (MQ=60)
CATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAG > SRR4302544.2551881/1‑94 (MQ=60)
CATACCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGGGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAG > SRR4302544.351242/1‑94 (MQ=60)
atCCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGT < SRR4302544.3731770/92‑1 (MQ=60)
TACCCGGCCGCTTTGGCACCAGCTCACCGATGTGTCTCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGT < SRR4302544.2534260/94‑1 (MQ=60)
CCCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTC > SRR4302544.409461/1‑94 (MQ=60)
CCGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCC < SRR4302544.545506/94‑1 (MQ=60)
CGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCT < SRR4302544.4533857/94‑1 (MQ=60)
CGGCCGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCT < SRR4302544.3335088/94‑1 (MQ=60)
TGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGCGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGGGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCGTGAAT > SRR4302544.3421250/1‑94 (MQ=60)
|
TGTCCGGCTCGCTAACACTGTCGAGCACATAGCCAAAGCCCGCGCAGCCCGTTTGCTTCACGCCTAAGCGCACGCCGACCATACCCGGCTGCTTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAAT > NC_000913/1762218‑1762400
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
