Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,779,462 |
T→C |
V15A (GTT→GCT) |
ydiS → |
YdiS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,779,462 | 0 | T | C | 99.0%
| 324.1
/ NA
| 102 | V15A (GTT→GCT) | ydiS | YdiS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (56/45); total (57/45) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGTAAAAA > NC_000913/1779372‑1779549
|
tCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTg > 2:848775/1‑93 (MQ=255)
tCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTg < 1:3771118/93‑1 (MQ=255)
tCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTg > 1:1390997/1‑93 (MQ=255)
cAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGc < 1:3975371/93‑1 (MQ=255)
cAACCACACCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGc < 2:4161510/93‑1 (MQ=255)
ccACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTgg > 2:649049/1‑93 (MQ=255)
ccACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTgg > 2:649048/1‑93 (MQ=255)
cacaTCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGt < 1:4280036/93‑1 (MQ=255)
acaTCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTa > 2:895468/1‑93 (MQ=255)
acaTCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGCGAGGGCGCTGCTGGTa > 2:103475/1‑93 (MQ=255)
acaTCTCCCGCTATAGACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATATCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGAAGCGGGCGCTGCTGGTa < 2:4211993/93‑1 (MQ=255)
caTCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAg > 1:2760634/1‑93 (MQ=255)
aTCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGc > 2:3622923/1‑93 (MQ=255)
aTCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGc < 2:2880281/93‑1 (MQ=255)
tctcCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCg > 1:3764821/1‑93 (MQ=255)
tctcCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCg > 1:2856613/1‑93 (MQ=255)
cccccGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGt < 1:2987468/91‑1 (MQ=255)
tcCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGtt < 2:1773681/93‑1 (MQ=255)
tcCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGtt > 1:589820/1‑93 (MQ=255)
cccGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTg > 2:3282109/1‑93 (MQ=255)
ccGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGc > 2:1170252/1‑93 (MQ=255)
ccGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGc < 1:2667644/93‑1 (MQ=255)
ccGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGc < 2:4677901/93‑1 (MQ=255)
ccGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGc < 2:2037440/93‑1 (MQ=255)
gCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCg < 1:2107791/93‑1 (MQ=255)
gCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCg > 2:1373048/1‑93 (MQ=255)
cTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGc > 1:3899120/1‑93 (MQ=255)
cTGAAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGCCAACTGTGATCGCATTGTGCTCGTTCCGGGCGCTGCTGGCAGCGTTGCCGc > 1:3899121/1‑93 (MQ=255)
aaCGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTgg > 1:1204457/1‑93 (MQ=255)
aaCGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTgg > 2:4654713/1‑93 (MQ=255)
gCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTct > 2:3684801/1‑92 (MQ=255)
gCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCa < 2:2016655/93‑1 (MQ=255)
gCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCa < 2:1243072/93‑1 (MQ=255)
aGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATg < 2:706715/93‑1 (MQ=255)
gggAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCa > 2:4301943/1‑93 (MQ=255)
gggAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCa < 1:2693858/93‑1 (MQ=255)
ggAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCAc < 2:4396502/93‑1 (MQ=255)
ggAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCAc > 2:4487112/1‑93 (MQ=255)
gAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACg < 2:3940137/93‑1 (MQ=255)
aaGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGa < 2:597469/93‑1 (MQ=255)
aGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAg < 2:3254400/93‑1 (MQ=255)
aGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAg > 2:1865585/1‑93 (MQ=255)
aGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAg > 1:2263644/1‑93 (MQ=255)
aGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAg > 1:3012716/1‑93 (MQ=255)
gggAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGc > 1:3534698/1‑93 (MQ=255)
ggAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGcc < 2:2181892/93‑1 (MQ=255)
gAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCg < 2:406006/93‑1 (MQ=255)
aGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCgg > 1:3844183/1‑93 (MQ=255)
gCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCggg > 2:3317314/1‑93 (MQ=255)
gCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCACTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCggg < 2:264518/93‑1 (MQ=255)
cATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGc < 1:614866/93‑1 (MQ=255)
aTAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCt < 1:1472004/93‑1 (MQ=255)
aTAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCt > 1:4548602/1‑93 (MQ=255)
tAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTg > 1:74265/1‑93 (MQ=255)
aaCGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTgg < 1:135178/93‑1 (MQ=255)
aaCGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGGCATGGCACGAGCCGGGCTgg > 2:1283232/1‑93 (MQ=255)
aCGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTggt > 2:1775837/1‑92 (MQ=255)
aCGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGa < 2:3128800/93‑1 (MQ=255)
aCGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGa < 2:937388/93‑1 (MQ=255)
cGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGAt < 2:4300529/93‑1 (MQ=255)
gCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATg > 2:1367575/1‑93 (MQ=255)
aTGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTc < 1:2028534/93‑1 (MQ=255)
tGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTcc < 2:3421309/93‑1 (MQ=255)
tGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCACGGCACGAGCCGGGCTGGATGTcc > 1:887936/1‑93 (MQ=255)
gTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCt > 1:1372287/1‑93 (MQ=255)
ggATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTggg > 1:1258724/1‑92 (MQ=255)
ggATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTggg > 2:1515502/1‑92 (MQ=255)
ggATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCAAGAGCCGGGCTGGATGGCCTggg > 2:857528/1‑92 (MQ=255)
gATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTg > 1:1108509/1‑93 (MQ=255)
tGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGAt > 2:4253924/1‑93 (MQ=255)
gACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATa > 2:2403651/1‑93 (MQ=255)
aaaTTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGaa < 1:2635167/93‑1 (MQ=255)
aaaTTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGaa < 2:3114977/93‑1 (MQ=255)
aaTTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAAc > 1:2073245/1‑93 (MQ=255)
aaTTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAAc < 2:4200250/93‑1 (MQ=255)
tttGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAAcgc > 2:2076798/1‑93 (MQ=255)
tttGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAAcgc > 1:1260641/1‑93 (MQ=255)
tGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACgcgg < 2:2337356/93‑1 (MQ=255)
gCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGAc > 2:4095991/1‑93 (MQ=255)
gCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGAc > 2:2190631/1‑93 (MQ=255)
gCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGAc < 2:1805024/93‑1 (MQ=255)
cATTGGGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGGGATAGAACGCGGCGACAg > 2:595905/1‑93 (MQ=255)
aTTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGt > 2:3987014/1‑93 (MQ=255)
aTTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGt > 2:3114092/1‑93 (MQ=255)
aTTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGt < 1:77746/93‑1 (MQ=255)
aTTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGt > 2:3114089/1‑93 (MQ=255)
aTTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGt < 1:2001719/93‑1 (MQ=255)
aTTGTGGTAGGGGGGGGCGCTGCAGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGAATGTCCTGGTGATAGAACGCAGCGACacc > 2:3114233/1‑91 (MQ=255)
ttGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTg > 2:1071936/1‑93 (MQ=255)
gtgGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGcc > 1:2211785/1‑93 (MQ=255)
gtgGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGcc < 2:2244991/93‑1 (MQ=255)
gtgGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCAGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGcc < 2:3545050/93‑1 (MQ=255)
ggTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGACGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCgg > 1:3017311/1‑93 (MQ=255)
gTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGa < 2:3416886/93‑1 (MQ=255)
cGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATg < 1:1315493/93‑1 (MQ=255)
ggTGCGGGGGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGgtgt > 2:2207352/1‑93 (MQ=255)
ggTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGt > 2:2280162/1‑93 (MQ=255)
gTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGTa < 1:4368143/93‑1 (MQ=255)
gCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGTaaa > 2:237177/1‑93 (MQ=255)
gggCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGTaaaaa > 1:1017152/1‑93 (MQ=255)
|
TCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGTAAAAA > NC_000913/1779372‑1779549
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGTAAAAA > NC_000913/1779371‑1779549
|
TTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTG < SRR4302544.2791330/94‑1 (MQ=60)
TTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTG > SRR4302544.1404882/1‑94 (MQ=60)
TCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGC < SRR4302544.3808499/94‑1 (MQ=60)
CAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCT < SRR4302544.4014929/94‑1 (MQ=60)
CACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTA < SRR4302544.4323744/94‑1 (MQ=60)
ACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAG > SRR4302544.2787196/1‑94 (MQ=60)
ATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCG > SRR4302544.2884197/1‑94 (MQ=60)
ATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCG > SRR4302544.3802171/1‑94 (MQ=60)
CTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTT > SRR4302544.595610/1‑94 (MQ=60)
CCCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTT < SRR4302544.3016124/94‑1 (MQ=60)
CCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCC < SRR4302544.2693215/94‑1 (MQ=60)
GCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGC > SRR4302544.3937850/1‑94 (MQ=60)
GCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGC < SRR4302544.2128068/94‑1 (MQ=60)
GCTGAAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGCCAACTGTGATCGCATTGTGCTCGTTCCGGGCGCTGCTGGCAGCGTTGCCGC > SRR4302544.3937851/1‑94 (MQ=32)
AAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGG > SRR4302544.1216387/1‑94 (MQ=60)
GGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCAC < SRR4302544.2719710/94‑1 (MQ=60)
AAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAG > SRR4302544.3041599/1‑94 (MQ=60)
AAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAG > SRR4302544.2284934/1‑94 (MQ=60)
AGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGC > SRR4302544.139209/1‑94 (MQ=60)
AGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGC > SRR4302544.3568507/1‑94 (MQ=60)
GGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCC < SRR4302544.4271623/94‑1 (MQ=60)
GAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGG > SRR4302544.3882324/1‑94 (MQ=60)
CATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCT > SRR4302544.4594025/1‑94 (MQ=60)
CATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCT < SRR4302544.620901/94‑1 (MQ=60)
ATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTG < SRR4302544.1486582/94‑1 (MQ=60)
ATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTG > SRR4302544.74977/1‑94 (MQ=60)
AACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGA < SRR4302544.136451/94‑1 (MQ=60)
ATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCC < SRR4302544.2048185/94‑1 (MQ=60)
ATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCACGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCC > SRR4302544.896738/1‑94 (MQ=60)
TGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCT > SRR4302544.1385958/1‑94 (MQ=60)
CGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGG > SRR4302544.1271104/1‑94 (MQ=60)
GGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTG > SRR4302544.1119562/1‑94 (MQ=60)
TGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCGCTGGTCATGGCACGAGACGGGCTGGCTGTCCTTGTGATA > SRR4302544.3328093/1‑94 (MQ=60)
AAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAAC < SRR4302544.2660420/94‑1 (MQ=60)
AAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAAC > SRR4302544.2093165/1‑94 (MQ=60)
ATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGC > SRR4302544.1273041/1‑94 (MQ=60)
TGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGC < SRR4302544.958183/94‑1 (MQ=60)
CATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGG > SRR4302544.2622854/1‑94 (MQ=60)
ATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTG < SRR4302544.2021159/94‑1 (MQ=60)
ATTGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTG < SRR4302544.78496/94‑1 (MQ=60)
TGTGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCC > SRR4302544.2232601/1‑94 (MQ=60)
TGGTCGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGACGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGG > SRR4302544.3046238/1‑94 (MQ=60)
CGGTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGT < SRR4302544.1328434/94‑1 (MQ=60)
GTGCGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGTAA < SRR4302544.4412447/94‑1 (MQ=60)
CGGGCGCTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGTAAAAA > SRR4302544.1027302/1‑94 (MQ=60)
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TTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGTAAAAA > NC_000913/1779371‑1779549
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
