Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,973,993 |
T→C |
E96G (GAA→GGA) |
motB ← |
MotB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,973,993 | 0 | T | C | 99.1%
| 344.6
/ ‑4.4
| 109 | E96G (GAA→GGA) | motB | MotB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (52/56); total (52/57) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
ATCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTTCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGCC > NC_000913/1973903‑1974082
|
aTCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTccc > 2:1304460/1‑93 (MQ=255)
tCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTcccc > 1:2593955/1‑93 (MQ=255)
aaCTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTcccccc > 1:4478528/1‑93 (MQ=255)
aCTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCt > 2:2451613/1‑93 (MQ=255)
aCTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCt < 1:3507410/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTgg > 2:1511960/1‑93 (MQ=255)
tGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTgg < 1:4134662/93‑1 (MQ=255)
gTCGAGAGCCCCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCt < 2:1125756/93‑1 (MQ=255)
gagaTCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTg < 2:1187110/93‑1 (MQ=255)
gaTCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTggg > 1:3687523/1‑93 (MQ=255)
aTCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCGCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCTCTCCCCCCTGGCTTTGGgt < 1:2039113/93‑1 (MQ=255)
tCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGgtg < 1:663909/93‑1 (MQ=255)
cACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTGCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTTGgtgt < 2:3879561/93‑1 (MQ=255)
aCCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTa > 1:3787837/1‑93 (MQ=255)
aCCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTa > 2:2545309/1‑93 (MQ=255)
aCCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTa > 2:4472345/1‑93 (MQ=255)
aCCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTa < 1:2195085/93‑1 (MQ=255)
cccGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAat > 2:4167743/1‑93 (MQ=255)
cccGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAat > 1:1389901/1‑93 (MQ=255)
ccGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAatc > 1:3511025/1‑93 (MQ=255)
ccGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAatc < 2:4534800/93‑1 (MQ=255)
ccGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAatc > 2:3517429/1‑93 (MQ=255)
cGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAatca > 2:4064399/1‑93 (MQ=255)
cAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAatcatc < 2:1804275/93‑1 (MQ=255)
aaTTTCCGCAATCGACTTTTCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAAtcatca < 2:2931480/93‑1 (MQ=255)
tttCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATcacc > 2:3144986/1‑93 (MQ=255)
tCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATcaccac < 2:3147436/93‑1 (MQ=255)
ccGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCaccacc > 1:986571/1‑93 (MQ=255)
gCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCAccgc > 1:4097301/1‑93 (MQ=255)
gCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCAccgc < 2:4217080/93‑1 (MQ=255)
gCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCAccgc < 1:4428076/93‑1 (MQ=255)
gCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGCGTGTAATCATCACCAccgc > 2:1787583/1‑93 (MQ=255)
aaTCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCCCGCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCAccgccg < 2:2807416/93‑1 (MQ=255)
aaTCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCAccgccg < 1:313410/93‑1 (MQ=255)
aTCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCgg < 2:1712321/93‑1 (MQ=255)
aTCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCgg < 2:4384442/93‑1 (MQ=255)
tCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCggg > 2:1732582/1‑93 (MQ=255)
gACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGaa > 2:2225354/1‑93 (MQ=255)
aCTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAAt > 2:711955/1‑93 (MQ=255)
aCTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAAt > 1:4525334/1‑93 (MQ=255)
aCTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAAt > 1:372763/1‑93 (MQ=255)
cTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGCGAAtt > 2:1868573/1‑93 (MQ=255)
ttGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGTAATTgg < 2:4607426/93‑1 (MQ=255)
ttGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTgg < 2:3172479/93‑1 (MQ=255)
ttGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTgg > 1:4252041/1‑93 (MQ=255)
gCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGc > 1:1328507/1‑93 (MQ=255)
cTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCt < 1:384243/93‑1 (MQ=255)
tCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCTTCACCACCGCCGGGAATTGGGCtt > 2:3419089/1‑93 (MQ=255)
tCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCtt < 2:545834/93‑1 (MQ=255)
tCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCtt > 2:3603909/1‑93 (MQ=255)
tCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCtt > 2:2754495/1‑93 (MQ=255)
tCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCtt > 1:3171931/1‑93 (MQ=255)
tCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCtt > 1:1956257/1‑93 (MQ=255)
tCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCtt > 2:2389146/1‑93 (MQ=255)
tCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATAACCACCGCCGGGAATTGGGCtt > 2:3603908/1‑93 (MQ=255)
ccATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCttt < 2:3659254/93‑1 (MQ=255)
cATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTc > 2:1590700/1‑93 (MQ=255)
cATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTc < 1:1764253/93‑1 (MQ=255)
cATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTc > 1:3727682/1‑93 (MQ=255)
cATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTc < 2:3231122/93‑1 (MQ=255)
tGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCAc > 2:328027/1‑93 (MQ=255)
tGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCAc > 2:893657/1‑93 (MQ=255)
tGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCCCCGGGAATTGGGCTTTCat > 1:2654340/1‑92 (MQ=255)
ttttttCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTAtt < 2:1668053/93‑1 (MQ=255)
tttttCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTTCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTa < 1:4027904/93‑1 (MQ=255)
tttttCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTa < 1:2280232/93‑1 (MQ=255)
tCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGaaa < 2:189436/93‑1 (MQ=255)
tCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGaaa < 2:3341120/93‑1 (MQ=255)
ctctTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCg < 1:25201/93‑1 (MQ=255)
tctTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGa < 1:4355056/93‑1 (MQ=255)
tctTCGATCTTCGGCTGCTTATTCCCTCCCCCCTGGCTTTGGGTTTAATCATCTCCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGa < 1:2639859/93‑1 (MQ=255)
ctTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGAt < 1:1217078/93‑1 (MQ=255)
ctTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGAt < 2:3213529/93‑1 (MQ=255)
ctTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGAt < 2:3213530/93‑1 (MQ=255)
ctTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGAt < 2:4075602/93‑1 (MQ=255)
ttCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATc > 1:1873999/1‑93 (MQ=255)
ttCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATc > 1:4726937/1‑93 (MQ=255)
ttCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATc < 2:3282068/93‑1 (MQ=255)
ttCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATc > 1:953496/1‑93 (MQ=255)
ttCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATc > 2:4155806/1‑93 (MQ=255)
gATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATcgcc < 2:574711/93‑1 (MQ=255)
aTGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATcgccg > 1:3257320/1‑93 (MQ=255)
tGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATcgccgc > 2:3130132/1‑93 (MQ=255)
ttCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTg > 1:3380680/1‑61 (MQ=255)
tCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCg < 1:344599/93‑1 (MQ=255)
tCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCg > 1:1857695/1‑93 (MQ=255)
cGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGt > 1:1021383/1‑93 (MQ=255)
ggCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTa > 1:4109972/1‑93 (MQ=255)
gtgctTATTCCCTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAAc < 2:4057976/92‑1 (MQ=255)
ctgctTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAAc > 2:1635892/1‑93 (MQ=255)
ctgctTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAAc < 2:3580288/93‑1 (MQ=255)
ctgctTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAAc < 1:3180968/93‑1 (MQ=255)
ttATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCa < 1:4539869/93‑1 (MQ=255)
ttATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCa < 1:717003/93‑1 (MQ=255)
aTTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGt < 2:2437597/93‑1 (MQ=255)
aTTCACACCCCCCTGACTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAga < 2:4216353/93‑2 (MQ=255)
ttCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTc < 1:1079967/93‑1 (MQ=255)
agcACTTGCCCGTGGCGTTGGGTGTAATCATCTCCACCGGTGGGAATTGGGCTGTCTTTATTAGAAATGCCATCTCCTCCCGTAACCGCAGTc < 2:3873031/91‑1 (MQ=255)
cACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGc < 1:1536381/93‑1 (MQ=255)
aCTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGcc > 1:1827576/1‑93 (MQ=255)
|
ATCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTTCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGCC > NC_000913/1973903‑1974082
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TCTATCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTTCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGCCAG > NC_000913/1973900‑1974084
|
TCTATCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTC > SRR4302544.4201220/1‑94 (MQ=60)
CTATCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCC > SRR4302544.2709942/1‑94 (MQ=60)
CTATCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCC > SRR4302544.2832890/1‑94 (MQ=60)
ATCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCC > SRR4302544.2618903/1‑94 (MQ=60)
CAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCC > SRR4302544.4523552/1‑94 (MQ=60)
ACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTG > SRR4302544.3839890/1‑94 (MQ=60)
ACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTG < SRR4302544.3540865/94‑1 (MQ=60)
CTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGG < SRR4302544.3077054/94‑1 (MQ=60)
TGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGC < SRR4302544.4175625/94‑1 (MQ=60)
AGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGG > SRR4302544.3724279/1‑94 (MQ=60)
ATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCGCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCTCTCCCCCCTGGCTTTGGGTG < SRR4302544.2058801/94‑1 (MQ=60)
TCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGT < SRR4302544.670464/94‑1 (MQ=60)
CACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTA > SRR4302544.3825344/1‑94 (MQ=60)
ACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAA > SRR4302544.1558859/1‑94 (MQ=60)
ACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAA < SRR4302544.2215794/94‑1 (MQ=60)
CCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAAT > SRR4302544.1403776/1‑94 (MQ=60)
CCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATC > SRR4302544.3544522/1‑94 (MQ=60)
TCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACC > SRR4302544.996247/1‑94 (MQ=60)
TCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACC < SRR4302544.488478/94‑1 (MQ=60)
CCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCG > SRR4302544.3537720/1‑94 (MQ=60)
CGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGC > SRR4302544.4138077/1‑94 (MQ=60)
GCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCC < SRR4302544.4472754/94‑1 (MQ=60)
AATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGG < SRR4302544.316667/94‑1 (MQ=60)
CGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCCCGCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCCCCGCCGGGAA < SRR4302544.1126283/94‑1 (MQ=60)
GACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAAT > SRR4302544.2061673/1‑94 (MQ=60)
GACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAAT > SRR4302544.376572/1‑94 (MQ=60)
GACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAAT > SRR4302544.4570622/1‑94 (MQ=60)
TTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGG > SRR4302544.4295393/1‑94 (MQ=60)
TGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGC > SRR4302544.1341576/1‑94 (MQ=60)
CTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTT > SRR4302544.3202113/1‑94 (MQ=60)
CTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTT < SRR4302544.388152/94‑1 (MQ=60)
CTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTT > SRR4302544.1975230/1‑94 (MQ=60)
CCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTC > SRR4302544.3764747/1‑94 (MQ=60)
CATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCA < SRR4302544.1781514/94‑1 (MQ=60)
ATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCCCCGGGAATTGGGCTTTCAT > SRR4302544.2679794/1‑94 (MQ=60)
TTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTTCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAG < SRR4302544.4068022/94‑1 (MQ=60)
TTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAG < SRR4302544.2301717/94‑1 (MQ=60)
CTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGA < SRR4302544.25445/94‑1 (MQ=60)
TCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGAT < SRR4302544.4399280/94‑1 (MQ=60)
TCTTCGATCTTCGGCTGCTTATTCCCTCCCCCCTGGCTTTGGGTTTAATCATCTCCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGAT < SRR4302544.2665164/94‑1 (MQ=60)
CTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATC > SRR4302544.4773589/1‑94 (MQ=60)
CTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATC < SRR4302544.1229121/94‑1 (MQ=60)
CTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATC > SRR4302544.962873/1‑94 (MQ=60)
CTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATC > SRR4302544.1892113/1‑94 (MQ=60)
GATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCG > SRR4302544.3288455/1‑94 (MQ=60)
GTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGagatataagatcggaagagcggttcagcagg > SRR4302544.3412959/1‑63 (MQ=60)
TTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCG > SRR4302544.1875659/1‑94 (MQ=60)
TCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGT < SRR4302544.348152/94‑1 (MQ=60)
TCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGT > SRR4302544.1031583/1‑94 (MQ=60)
CGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTA > SRR4302544.4150825/1‑94 (MQ=60)
CTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACC < SRR4302544.3211237/94‑1 (MQ=60)
TGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCG > SRR4302544.4325149/1‑94 (MQ=60)
TTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAG < SRR4302544.4585248/94‑1 (MQ=60)
TTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAG < SRR4302544.724085/94‑1 (MQ=60)
TTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCG < SRR4302544.1090703/94‑1 (MQ=60)
CACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGCC > SRR4302544.1845361/1‑94 (MQ=60)
CACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGCC < SRR4302544.1551644/94‑1 (MQ=60)
ACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGCCA > SRR4302544.1261589/1‑94 (MQ=60)
CTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGCCAG > SRR4302544.2445816/1‑94 (MQ=60)
CTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGCCAG < SRR4302544.1623715/94‑1 (MQ=60)
|
TCTATCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTTCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGCCAG > NC_000913/1973900‑1974084
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
