Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,071,598 |
A→G |
R680G (AGG→GGG) |
b2000 → |
outer membrane fluffing protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,071,598 | 0 | A | G | 96.5%
| 343.0
/ 1.1
| 114 | R680G (AGG→GGG) | b2000 | outer membrane fluffing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/3); new base G (52/58); total (53/61) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAA > NC_000913/2071510‑2071687
|
ggggCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCt < 1:4455686/93‑1 (MQ=255)
ggCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGc > 2:3478660/1‑93 (MQ=255)
ggCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGc < 2:1715133/93‑1 (MQ=255)
gCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGACGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCa < 2:2907550/93‑1 (MQ=255)
gCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCa < 1:3659374/93‑1 (MQ=255)
gCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCa < 1:1722406/93‑1 (MQ=255)
gCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGAAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCa < 2:1425041/93‑1 (MQ=255)
tGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAgg > 1:1957620/1‑93 (MQ=255)
ggCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGc > 2:3119369/1‑93 (MQ=255)
ggCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGc < 2:2160489/93‑1 (MQ=255)
gCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGcc < 1:2421143/93‑1 (MQ=255)
aCCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGt > 2:1631995/1‑93 (MQ=255)
cAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGc > 1:1062561/1‑93 (MQ=255)
cAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGc > 1:1062711/1‑93 (MQ=255)
aGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGcc < 2:1421148/93‑1 (MQ=255)
cGGTAATGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCtt < 1:979339/93‑1 (MQ=255)
gTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTa > 2:1242042/1‑93 (MQ=255)
gTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTa < 1:4732658/93‑1 (MQ=255)
gTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTa > 2:2683136/1‑93 (MQ=255)
tAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTaa > 1:4360132/1‑93 (MQ=255)
aaGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAac > 2:3587995/1‑93 (MQ=255)
aGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAact > 1:62680/1‑93 (MQ=255)
gggTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAacta < 1:171505/93‑1 (MQ=255)
tATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTc > 2:580723/1‑93 (MQ=255)
aTTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTcc > 1:1712397/1‑93 (MQ=255)
cAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTc > 1:430877/1‑93 (MQ=255)
ggtggtGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCaa > 1:1974819/1‑93 (MQ=255)
tggtggAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAAcc < 2:2606642/93‑1 (MQ=255)
gAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGCCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGAc < 1:1190258/93‑1 (MQ=255)
aaGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACa < 1:3871977/93‑1 (MQ=255)
aGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAg > 1:2772676/1‑93 (MQ=255)
aGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAg > 1:1745000/1‑93 (MQ=255)
aGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAg > 2:2195112/1‑93 (MQ=255)
gCCATTAACGGTGCCAACACGGAGGAAGGGGCCTTTGTACAAGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGt < 2:4204322/93‑1 (MQ=255)
ccATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGtg > 1:1946813/1‑93 (MQ=255)
cATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCGCTCAACCGGGACAGtgg > 2:2060611/1‑92 (MQ=255)
cATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGtga < 1:4438396/93‑1 (MQ=255)
aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGtgat < 1:2859056/93‑1 (MQ=255)
aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGtgat < 1:2179427/93‑1 (MQ=255)
aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGtgat > 2:2864162/1‑93 (MQ=255)
aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGtgat > 1:2992028/1‑93 (MQ=255)
ttAACGGTGCCCCCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGACCGGGCTGCCGGCCGGTGCCTTTACCCACTCCCTCAACCGGGACAGtgatg > 1:3388595/1‑93 (MQ=255)
ttAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGtgatg < 1:4137678/93‑1 (MQ=255)
ttAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGtgatg < 2:4745764/93‑1 (MQ=255)
ttAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGcgatg > 1:3388596/1‑93 (MQ=255)
tcaCGGTGCCCACACGGAGGAAGGGGCATTTGTCCAGCGGAACAGGCTGCAGGCAGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGtgatga < 1:4514695/91‑1 (MQ=255)
tAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGtgatgg > 1:2628603/1‑92 (MQ=255)
tAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGtgatga < 1:4179450/93‑1 (MQ=255)
tAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGtgatga < 2:2901589/93‑1 (MQ=255)
aaCGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATgag > 2:2094714/1‑93 (MQ=255)
aaCGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATgag > 1:1896893/1‑93 (MQ=255)
aaCGGGGCCACCACGGAGGAAGTGGCCTTGGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATgag < 2:912208/93‑1 (MQ=255)
cGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGagag > 2:1881554/1‑93 (MQ=255)
ggTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCATTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGc < 1:2865079/93‑1 (MQ=255)
gTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCt < 1:4103412/93‑1 (MQ=255)
gTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCt < 2:627487/93‑1 (MQ=255)
gTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCt < 1:499192/93‑1 (MQ=255)
tGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTg < 1:1311684/93‑1 (MQ=255)
ccaccaCGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGt < 1:4121765/93‑1 (MQ=255)
ccacGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATc > 2:3737975/1‑93 (MQ=255)
ccacGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATc < 2:3593557/93‑1 (MQ=255)
ccacGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATc < 1:352732/93‑1 (MQ=255)
ccacGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATc < 1:3592690/93‑1 (MQ=255)
acGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTg > 1:3057205/1‑93 (MQ=255)
ggaggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTgcg < 2:751130/93‑1 (MQ=255)
aggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCa > 2:2274111/1‑93 (MQ=255)
ggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAg > 2:1379502/1‑93 (MQ=255)
ggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAg > 2:3228066/1‑93 (MQ=255)
ggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAg < 1:4227092/93‑1 (MQ=255)
gaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGt < 1:4149244/93‑1 (MQ=255)
aGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGa > 1:3249067/1‑93 (MQ=255)
aGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGa > 2:3978028/1‑93 (MQ=255)
aGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGa > 2:3108480/1‑93 (MQ=255)
aGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGa > 1:2404545/1‑93 (MQ=255)
gtgCCTGTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGTCCGGGGCCTTTAACGACTCCCTCAGCCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGaaa < 1:2995233/91‑1 (MQ=255)
ggCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGaaaa < 2:1606940/93‑1 (MQ=255)
ggCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGaaaa < 1:3862273/93‑1 (MQ=255)
ccTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATg > 2:1514568/1‑93 (MQ=255)
ccTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATg > 2:1514566/1‑93 (MQ=255)
ccTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATg > 2:1403515/1‑93 (MQ=255)
cTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGc < 2:654752/93‑1 (MQ=255)
tttGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCt < 2:4025209/93‑1 (MQ=255)
ttGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCtt < 1:2789089/93‑1 (MQ=255)
tGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTa < 2:2514318/93‑1 (MQ=255)
gTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTAt < 2:1235254/93‑1 (MQ=255)
gTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTAt < 2:4005101/93‑1 (MQ=255)
tCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATc < 1:2365711/93‑1 (MQ=255)
tCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATc < 1:2020730/93‑1 (MQ=255)
tCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATc < 1:3904955/93‑1 (MQ=255)
ccAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCg > 2:4679065/1‑93 (MQ=255)
ccAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCg > 2:4679066/1‑93 (MQ=255)
cAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGt < 1:449902/93‑1 (MQ=255)
aGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTg > 2:2197289/1‑93 (MQ=255)
aGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTg > 2:2149694/1‑93 (MQ=255)
ggggAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGc > 2:3846124/1‑93 (MQ=255)
ggggAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGc < 1:1306421/93‑1 (MQ=255)
ggggAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGc > 2:1615260/1‑93 (MQ=255)
ggggAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGc < 1:1725350/93‑1 (MQ=255)
aaCGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGaa < 1:1246442/93‑1 (MQ=255)
aaCAGACTAAAGGCCGGTGCCTTTAACTCCTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGaa < 1:3323931/93‑1 (MQ=255)
|
GGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAA > NC_000913/2071510‑2071687
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCC > NC_000913/2071505‑2071691
|
GCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGTGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACG < SRR4302544.2764089/94‑1 (MQ=60)
GCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACG < SRR4302544.61965/94‑1 (MQ=60)
GCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACG < SRR4302544.1221481/94‑1 (MQ=60)
CGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGG > SRR4302544.4735931/1‑94 (MQ=60)
GGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTG < SRR4302544.4500560/94‑1 (MQ=60)
GCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAG < SRR4302544.3695883/94‑1 (MQ=60)
GCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAG < SRR4302544.1739318/94‑1 (MQ=60)
CTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGG > SRR4302544.1976610/1‑94 (MQ=60)
GCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCG < SRR4302544.2444198/94‑1 (MQ=60)
CCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGC > SRR4302544.1073279/1‑94 (MQ=60)
CCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGC > SRR4302544.1073129/1‑94 (MQ=60)
CGGTACGGGTATTCAGGCGGTGGAAGCGATTAACTGTGCCACGACGGAGGAAGGGGCCTTTGGCCAGGTGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTT < SRR4302544.1376366/94‑1 (MQ=60)
CGGTAATGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTT < SRR4302544.988936/94‑1 (MQ=60)
CGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTT < SRR4302544.1376365/94‑1 (MQ=60)
GTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAA < SRR4302544.4779334/94‑1 (MQ=60)
GTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAA > SRR4302544.4404381/1‑94 (MQ=60)
TAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACT < SRR4302544.4377109/94‑1 (MQ=60)
AAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACT > SRR4302544.63319/1‑94 (MQ=60)
AGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTA < SRR4302544.4156699/94‑1 (MQ=60)
GGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTAC < SRR4302544.173198/94‑1 (MQ=60)
TATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCC > SRR4302544.1729250/1‑94 (MQ=60)
TTCAGGTGGGGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCT < SRR4302544.3269514/94‑1 (MQ=60)
TCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTC > SRR4302544.435240/1‑94 (MQ=60)
AGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAA > SRR4302544.1994007/1‑94 (MQ=60)
TGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCG < SRR4302544.366110/94‑1 (MQ=60)
GGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGAC > SRR4302544.2874693/1‑94 (MQ=60)
GAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGCCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACA < SRR4302544.1202072/94‑1 (MQ=60)
AAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAG < SRR4302544.3910430/94‑1 (MQ=60)
AAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAG > SRR4302544.1762084/1‑94 (MQ=60)
AAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAG > SRR4302544.2799346/1‑94 (MQ=60)
GCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTG > SRR4302544.1965669/1‑94 (MQ=60)
CATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGAT < SRR4302544.4483147/94‑1 (MQ=60)
CATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGAT > SRR4302544.3020720/1‑94 (MQ=60)
ATTAACGGTGCCCCCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGACCGGGCTGCCGGCCGGTGCCTTTACCCACTCCCTCAACCGGGACAGTGATG > SRR4302544.3420977/1‑94 (MQ=60)
ATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATG < SRR4302544.2200066/94‑1 (MQ=60)
ATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATG < SRR4302544.2886655/94‑1 (MQ=60)
ATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGCGATG > SRR4302544.3420978/1‑94 (MQ=60)
TTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGG > SRR4302544.2653803/1‑94 (MQ=60)
TTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGA < SRR4302544.4178659/94‑1 (MQ=60)
TCACGGTGCCCACACGGAGGAAGGGGCATTTGTCCAGCGGAACAGGCTGCAGGCAGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAG < SRR4302544.4559916/94‑1 (MQ=60)
TAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAG > SRR4302544.1915227/1‑94 (MQ=60)
TAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAG < SRR4302544.4220846/94‑1 (MQ=60)
GGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCAAGGGGAACGGGCTGCAGGACGGTGCCTTTAACTACTTCCTCCACTGGGACAGTGCTGAGAGCT > SRR4302544.3251164/1‑94 (MQ=60)
GGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCATTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCT < SRR4302544.2892738/94‑1 (MQ=60)
GTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTG < SRR4302544.504097/94‑1 (MQ=60)
GTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTG < SRR4302544.4144228/94‑1 (MQ=60)
TGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGG < SRR4302544.1324583/94‑1 (MQ=60)
CCACCACGGATGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTA < SRR4302544.1487972/94‑1 (MQ=60)
CCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTA < SRR4302544.4162673/94‑1 (MQ=60)
CCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCT < SRR4302544.3627198/94‑1 (MQ=60)
CCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCT < SRR4302544.356344/94‑1 (MQ=60)
CACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTG > SRR4302544.3086386/1‑94 (MQ=60)
GGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGT < SRR4302544.4270138/94‑1 (MQ=60)
GAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTG < SRR4302544.4190328/94‑1 (MQ=60)
AAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGA > SRR4302544.234189/1‑94 (MQ=60)
AAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGA > SRR4302544.2427370/1‑94 (MQ=60)
AAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGA > SRR4302544.3280159/1‑94 (MQ=60)
GTGCCTGTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGTCCGGGGCCTTTAACGACTCCCTCAGCCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAA < SRR4302544.3023954/94‑1 (MQ=60)
GGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAAT < SRR4302544.3900617/94‑1 (MQ=60)
TTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTA < SRR4302544.2815942/94‑1 (MQ=60)
GTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTG‑AAATGCTTATCG > SRR4302544.191661/1‑94 (MQ=60)
TCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCG < SRR4302544.2040340/94‑1 (MQ=60)
TCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCG < SRR4302544.2388099/94‑1 (MQ=60)
TCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCG < SRR4302544.3943754/94‑1 (MQ=60)
TCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCG < SRR4302544.4606509/94‑1 (MQ=60)
CAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTG < SRR4302544.454368/94‑1 (MQ=60)
GGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCA < SRR4302544.1742281/94‑1 (MQ=60)
GGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCA < SRR4302544.1319262/94‑1 (MQ=60)
AACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAG < SRR4302544.1258721/94‑1 (MQ=60)
ACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGT < SRR4302544.521937/94‑1 (MQ=60)
CGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTC > SRR4302544.1844421/1‑94 (MQ=60)
CGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTC < SRR4302544.1121314/94‑1 (MQ=60)
GGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCC > SRR4302544.2450097/1‑94 (MQ=60)
|
GCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCC > NC_000913/2071505‑2071691
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
