Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,370,869 |
C→T |
A98V (GCG→GTG) |
b4533 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,370,869 | 0 | C | T | 100.0%
| 378.9
/ NA
| 115 | A98V (GCG→GTG) | b4533 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (46/69); total (46/69) |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGC > NC_000913/2370780‑2370958
|
gATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGCGGTGtt > 1:171805/1‑93 (MQ=255)
aTGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTc > 2:1660693/1‑93 (MQ=255)
tGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCa < 1:1389681/93‑1 (MQ=255)
gTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCat < 1:4099580/93‑1 (MQ=255)
gTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCat > 1:2068806/1‑93 (MQ=255)
tAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCatta < 2:1758675/93‑1 (MQ=255)
aaGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCattat > 2:1033384/1‑93 (MQ=255)
aaGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCattat < 1:3908233/93‑1 (MQ=255)
aaGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCattat > 2:732582/1‑93 (MQ=255)
gTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTg > 1:668092/1‑93 (MQ=255)
tGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTggcg < 2:4413907/93‑1 (MQ=255)
gAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTggcgg < 1:43637/93‑1 (MQ=255)
aaTTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTggcggc < 1:3873561/93‑1 (MQ=255)
aTTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCa < 2:916615/93‑1 (MQ=255)
aTTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCa < 2:1786878/93‑1 (MQ=255)
aTTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCa < 2:4523167/93‑1 (MQ=255)
tttGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCAtt < 2:3375728/93‑1 (MQ=255)
tttGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCAtt < 1:3356347/93‑1 (MQ=255)
ttGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATtg > 1:1119990/1‑93 (MQ=255)
tGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGGGGCATtgc > 2:3829641/1‑92 (MQ=255)
tGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATtgc < 2:2936812/93‑2 (MQ=255)
tGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATc < 2:3599609/93‑1 (MQ=255)
tGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATc > 2:3046670/1‑93 (MQ=255)
ggTGACGCTGGCAGCAGTACAACTGTGACACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTAGCGGCATTGCGATCCt < 2:4209433/93‑1 (MQ=255)
gTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTc < 2:224888/93‑1 (MQ=255)
tGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCg < 2:2015644/93‑1 (MQ=255)
aCGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCggg < 2:2056179/93‑1 (MQ=255)
cGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGa > 2:3968958/1‑93 (MQ=255)
cGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGa < 1:1531395/93‑1 (MQ=255)
cGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGa < 1:2153897/93‑1 (MQ=255)
ctggctgCAGTAAATCTGTAGCACGAAGCGGTATCGCGGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGt < 2:4150348/93‑1 (MQ=255)
ctggctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGt < 1:2053752/93‑1 (MQ=255)
tggctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGAGGTGGTGTTCATTATTGGCGGTATTGCGCTCCTCGGGAgaa > 1:2011526/1‑91 (MQ=255)
tggctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGCGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCCTTGCGATCCTCGGGAGtt > 1:1205288/1‑92 (MQ=255)
ggctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTAc > 1:3681786/1‑93 (MQ=255)
gctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCTGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACg < 2:825446/93‑1 (MQ=255)
ctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACgg > 1:608481/1‑93 (MQ=255)
ctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACgg < 2:3158989/93‑1 (MQ=255)
gCATTAAAACTGTGCCACGACCCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGgtg < 2:3172565/93‑1 (MQ=255)
gCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCCTTATTGGCGGCATTGTGTTCCTCGGGGGCACGgtg > 2:1305102/1‑93 (MQ=255)
gCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGgtg < 2:3172566/93‑1 (MQ=255)
gCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGgtg > 2:727510/1‑93 (MQ=255)
cAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTAACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGgtgt < 2:1747646/93‑1 (MQ=255)
aGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTa < 1:778430/93‑1 (MQ=255)
gTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTaa < 1:3048421/93‑1 (MQ=255)
tAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAAt > 2:599212/1‑93 (MQ=255)
aaaaCTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATg < 2:244558/93‑1 (MQ=255)
aaaaCTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATg < 1:3515920/93‑1 (MQ=255)
cTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGcc < 1:285265/93‑1 (MQ=255)
tgGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGa < 1:2556612/93‑1 (MQ=255)
ggCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGAt > 1:2768961/1‑93 (MQ=255)
ggCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGAt < 2:3070692/93‑1 (MQ=255)
cACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGAtgt < 2:391226/93‑1 (MQ=255)
cACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGAtgt < 2:3472387/93‑1 (MQ=255)
aCGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGAtgtg > 2:3328721/1‑93 (MQ=255)
aCGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGAtgtg > 2:1033902/1‑93 (MQ=255)
cGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTgg < 1:3565452/93‑1 (MQ=255)
aaCCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTgggg > 1:1735481/1‑93 (MQ=255)
aCCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGa < 1:3023692/93‑1 (MQ=255)
aCCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGa < 1:2523042/93‑1 (MQ=255)
cGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTAGGGTGTAATGGGCCTGCTGTGGGGgtt > 1:1166762/1‑93 (MQ=255)
cGGTATCCCCCGGTCAGTGGTGTCGGGTCGTTTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGatt < 2:1005621/93‑1 (MQ=255)
ggTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGatta < 2:1868037/93‑1 (MQ=255)
ggTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGatta > 1:2250464/1‑93 (MQ=255)
ggTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGatta > 1:4404988/1‑93 (MQ=255)
ggTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTAGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGatta < 2:2751100/93‑1 (MQ=255)
tATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGattatt < 1:1321135/93‑1 (MQ=255)
aTCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTc < 2:903879/93‑1 (MQ=255)
aTCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTc < 2:3075285/93‑1 (MQ=255)
tCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCa < 1:477788/93‑1 (MQ=255)
tCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCa < 1:3333087/93‑1 (MQ=255)
tCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCa > 2:1039910/1‑93 (MQ=255)
gccgcGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGattattacac < 2:4130748/93‑5 (MQ=255)
ccgcGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCg < 1:4417604/93‑1 (MQ=255)
ccgcGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCg > 1:4368575/1‑93 (MQ=255)
cgcgTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGt > 1:4019681/1‑93 (MQ=255)
gcgTCACTGGTGTGGGGTTGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTc > 2:4151356/1‑93 (MQ=255)
cgTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCa < 2:2391262/93‑1 (MQ=255)
cgTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCa < 1:2461864/93‑1 (MQ=255)
gTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCat > 2:3159665/1‑93 (MQ=255)
gTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCat > 1:3520792/1‑93 (MQ=255)
gTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCat < 2:1507878/93‑1 (MQ=255)
gTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCat > 1:3447823/1‑93 (MQ=255)
tCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCatt > 2:4476059/1‑93 (MQ=255)
cACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCatta > 2:1704941/1‑93 (MQ=255)
cACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCatta > 2:559750/1‑93 (MQ=255)
aCTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCattat > 2:3328954/1‑93 (MQ=255)
aCTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCattat < 1:798855/93‑1 (MQ=255)
aCTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCattat > 2:474701/1‑93 (MQ=255)
aCTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCattat < 1:3926099/93‑1 (MQ=255)
cTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCattatt < 1:1835294/93‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGTATTATTCAGCGTCATTATTg < 2:4520705/93‑1 (MQ=255)
tgtgGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCt < 1:1777051/93‑1 (MQ=255)
ggtgGGGTGGTGGTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCt < 1:1777052/92‑1 (MQ=255)
ttgGGTTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGTGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTc < 2:3393008/92‑1 (MQ=255)
tgGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCa < 1:3593990/93‑1 (MQ=255)
tgGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTACGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCa < 1:3593991/93‑1 (MQ=255)
ggggTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAg > 2:4131763/1‑93 (MQ=255)
gtggtgTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTg < 2:1662146/93‑1 (MQ=255)
tGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTgc < 2:639835/93‑1 (MQ=255)
|
GATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGC > NC_000913/2370780‑2370958
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAG > NC_000913/2370776‑2370954
|
ACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGT < SRR4302544.2269326/94‑1 (MQ=60)
ACCCGATGTTAAGTCTAAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGT < SRR4302544.3161703/94‑1 (MQ=60)
CGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGCGGTGTT > SRR4302544.173498/1‑94 (MQ=60)
TGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCAT < SRR4302544.1403554/94‑1 (MQ=60)
TGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCAT > SRR4302544.2088669/1‑94 (MQ=60)
GTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATT < SRR4302544.4140377/94‑1 (MQ=60)
AAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATT < SRR4302544.3947064/94‑1 (MQ=60)
AGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTG < SRR4302544.1432245/94‑1 (MQ=60)
AGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTG > SRR4302544.674688/1‑94 (MQ=60)
GAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGC < SRR4302544.44066/94‑1 (MQ=60)
AATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCA < SRR4302544.3912030/94‑1 (MQ=60)
TTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTG > SRR4302544.1131162/1‑94 (MQ=60)
TTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTG < SRR4302544.3388376/94‑1 (MQ=60)
TGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCG > SRR4302544.3728525/1‑94 (MQ=60)
TCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGAT < SRR4302544.927347/94‑1 (MQ=60)
TGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCC > SRR4302544.4148396/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAG < SRR4302544.2174381/94‑1 (MQ=60)
CGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAG < SRR4302544.1546598/94‑1 (MQ=60)
CTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTA < SRR4302544.2073517/94‑1 (MQ=60)
CTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTA > SRR4302544.3571079/1‑94 (MQ=60)
CTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGAGGTGGTGTTCATTATTGGCGGTATTGCGCTCCTCGGGAGAA > SRR4302544.2031074/1‑94 (MQ=60)
CTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGCGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCCTTGCGATCCTCGGGAGTT > SRR4302544.1217226/1‑94 (MQ=60)
TGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTAC > SRR4302544.3718501/1‑94 (MQ=60)
GGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGGGATCCTCGGGAGTACG < SRR4302544.2106900/94‑1 (MQ=60)
GGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGATTACG < SRR4302544.4608094/94‑1 (MQ=60)
GCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGG > SRR4302544.614453/1‑94 (MQ=60)
CAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTA > SRR4302544.263954/1‑94 (MQ=60)
AGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAA < SRR4302544.785979/94‑1 (MQ=60)
GTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAAT < SRR4302544.3077556/94‑1 (MQ=60)
AAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGG < SRR4302544.3549483/94‑1 (MQ=60)
CTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCT < SRR4302544.288234/94‑1 (MQ=60)
TGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGAT > SRR4302544.2795603/1‑94 (MQ=60)
TGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGAT < SRR4302544.2581158/94‑1 (MQ=60)
CGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGG < SRR4302544.3599633/94‑1 (MQ=60)
GAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGG > SRR4302544.1752487/1‑94 (MQ=60)
ACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGAT < SRR4302544.3052665/94‑1 (MQ=60)
ACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGAT < SRR4302544.2547285/94‑1 (MQ=60)
CCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTAGGGTGTAATGGGCCTGCTGTGGGGGTT > SRR4302544.1178396/1‑94 (MQ=60)
CGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTA > SRR4302544.4449480/1‑94 (MQ=60)
CGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTA > SRR4302544.2271612/1‑94 (MQ=60)
TATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTC < SRR4302544.1334128/94‑1 (MQ=60)
TCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAG < SRR4302544.482465/94‑1 (MQ=60)
TCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAG < SRR4302544.3364833/94‑1 (MQ=60)
GCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCG > SRR4302544.4412879/1‑94 (MQ=60)
CCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGT > SRR4302544.4059683/1‑94 (MQ=60)
CCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGT < SRR4302544.4462190/94‑1 (MQ=60)
CGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCAT > SRR4302544.3341244/1‑94 (MQ=60)
CGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCAT < SRR4302544.2485367/94‑1 (MQ=60)
CGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCAT > SRR4302544.3480755/1‑94 (MQ=60)
CGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCAT > SRR4302544.3554418/1‑94 (MQ=60)
ACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATT < SRR4302544.3965096/94‑1 (MQ=60)
ACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATT < SRR4302544.806600/94‑1 (MQ=60)
CTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTG < SRR4302544.1853119/94‑1 (MQ=60)
TGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTC < SRR4302544.1795169/94‑1 (MQ=60)
TGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTC < SRR4302544.1794441/94‑1 (MQ=60)
GGTGGGGTGGTGGTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTC < SRR4302544.1794442/94‑1 (MQ=60)
TGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAG < SRR4302544.3628518/94‑1 (MQ=60)
TGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTACGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAG < SRR4302544.3628519/94‑1 (MQ=60)
|
ACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAG > NC_000913/2370776‑2370954
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
