Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1475 |
266.7 |
13469680 |
98.2% |
13227225 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,370,869 |
C→T |
A98V (GCG→GTG) |
b4533 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,370,869 | 0 | C | T | 99.6%
| 764.9
/ NA
| 221 | A98V (GCG→GTG) | b4533 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (98/122); total (99/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
CGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGC > NC_000913/2370779‑2370958
|
aTGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTc > 2:197608/1‑93 (MQ=255)
tGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCa < 1:5412435/93‑1 (MQ=255)
ttAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCatt < 1:184307/93‑1 (MQ=255)
aaGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCattat > 2:4285825/1‑93 (MQ=255)
aaGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCattat < 2:4682558/93‑1 (MQ=255)
gTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTg > 2:4934140/1‑93 (MQ=255)
cTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTggc > 2:3702121/1‑93 (MQ=255)
tGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTCAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTggcg > 1:2449673/1‑93 (MQ=255)
tGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTggcg > 2:6440015/1‑93 (MQ=255)
aTTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCa > 2:808495/1‑93 (MQ=255)
aTTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCa < 1:2501512/93‑1 (MQ=255)
aTTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCa > 1:2602698/1‑93 (MQ=255)
ttttGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCAt < 2:4266023/93‑1 (MQ=255)
tttGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCAtt > 1:4641807/1‑93 (MQ=255)
gTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATtgcg > 1:5387792/1‑91 (MQ=255)
tCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGa < 2:4454720/93‑1 (MQ=255)
cTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGAt < 2:4080064/93‑1 (MQ=255)
tGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCg > 1:1012981/1‑93 (MQ=255)
ggACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCg < 1:5814744/92‑1 (MQ=255)
gACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCgg > 1:2704983/1‑93 (MQ=255)
gACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCgg < 2:5099651/93‑1 (MQ=255)
aCGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCggg > 2:4525069/1‑93 (MQ=255)
cGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGa < 1:2294363/93‑1 (MQ=255)
cGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGa < 1:5616761/93‑1 (MQ=255)
tggctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTa > 1:4301487/1‑93 (MQ=255)
tggctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGGATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGGGGTGTTCATTAGTGGCGGCATTGCGATCCCCGGGAgga > 2:1657992/1‑91 (MQ=255)
tgctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTAc < 2:1602814/92‑1 (MQ=255)
ggctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTAc > 2:578104/1‑93 (MQ=255)
ggctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTAc < 1:6218930/93‑1 (MQ=255)
ggctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTAc < 1:328092/93‑1 (MQ=255)
ggctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTAc > 2:6629275/1‑93 (MQ=255)
ctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACgg < 2:2201806/93‑1 (MQ=255)
ctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACgg < 2:3981776/93‑1 (MQ=255)
ctgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCCGGAGGACgg > 2:3539716/1‑93 (MQ=255)
tgCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGgt < 1:4071201/93‑1 (MQ=255)
gCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGgtg > 1:4812147/1‑93 (MQ=255)
aGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTa > 2:1162380/1‑93 (MQ=255)
aGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTa > 1:700631/1‑93 (MQ=255)
gTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTaa < 1:3102586/93‑1 (MQ=255)
gTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTaa > 2:3936388/1‑93 (MQ=255)
gTAAAACCGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTaa < 2:2571479/93‑1 (MQ=255)
tAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAAt < 2:4618560/93‑1 (MQ=255)
aCTGTGGCCCGAACCGGTAACGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGAACGGAGTAATGGGc > 1:6529596/1‑93 (MQ=255)
aCTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTTGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGc > 1:2051930/1‑93 (MQ=255)
aCTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGc < 2:2700327/93‑1 (MQ=255)
aCTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGc > 1:3824657/1‑93 (MQ=255)
cTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGcc < 2:2323237/93‑1 (MQ=255)
cTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGcc < 1:3883646/93‑1 (MQ=255)
tgtgGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCt < 1:3949473/93‑1 (MQ=255)
tgtgGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCt > 2:1544989/1‑93 (MQ=255)
gtgGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTg > 1:4686428/1‑93 (MQ=255)
gtgGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGGGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTg > 2:47722/1‑93 (MQ=255)
tgGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGa > 1:3609005/1‑93 (MQ=255)
ggCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTggt > 1:3491680/1‑91 (MQ=255)
ggCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGAt < 1:2376582/93‑1 (MQ=255)
aCGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGAtgtg < 2:1697346/93‑1 (MQ=255)
aCGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGAtgtg < 2:1892242/93‑1 (MQ=255)
gAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGTAGTACAGTGTAATGGGCCTGATGTggg < 2:1454895/93‑1 (MQ=255)
aaCCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTgggg > 2:4910708/1‑93 (MQ=255)
aCCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGa < 1:3222991/93‑1 (MQ=255)
aCCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGa > 2:5721090/1‑93 (MQ=255)
cgTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGatta < 1:2210046/92‑1 (MQ=255)
gTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGattat > 2:6517131/1‑93 (MQ=255)
gTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGattat > 1:6623533/1‑93 (MQ=255)
gTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGattat < 1:4563077/93‑1 (MQ=255)
tATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGattatt < 2:2543606/93‑1 (MQ=255)
tATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGattatt < 1:2885483/93‑1 (MQ=255)
aTCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTc > 2:534087/1‑93 (MQ=255)
tCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCa < 1:807846/93‑1 (MQ=255)
tCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCa < 1:5921792/93‑1 (MQ=255)
tCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCa > 2:2787906/1‑93 (MQ=255)
cgccgcGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAg < 1:6344638/93‑1 (MQ=255)
cgccgcGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAg > 2:2515161/1‑93 (MQ=255)
gctgcgTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGc < 2:3088233/90‑1 (MQ=255)
gccgcGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGc > 2:3285731/1‑93 (MQ=255)
ccgcGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCg > 1:6074674/1‑93 (MQ=255)
gTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCat < 1:5117020/93‑1 (MQ=255)
cACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCatta < 1:1982063/93‑1 (MQ=255)
cACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCatta > 1:6049771/1‑93 (MQ=255)
aCTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCattat > 2:6250597/1‑93 (MQ=255)
aCTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCattat < 1:3389235/93‑1 (MQ=255)
aCTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCattat > 2:3442407/1‑93 (MQ=255)
cTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCattatt < 2:1788955/93‑1 (MQ=255)
cTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCattatt < 2:3276611/93‑1 (MQ=255)
cTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCattatt > 1:4148936/1‑93 (MQ=255)
ggTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGc > 1:313795/1‑93 (MQ=255)
ggTGTGGGGGGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGc > 1:4951480/1‑93 (MQ=255)
gtgtGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGcc < 2:2297390/93‑1 (MQ=255)
tgtgGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCt > 1:716500/1‑93 (MQ=255)
gtgGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTc < 1:6402858/93‑1 (MQ=255)
tgGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCa < 2:5813867/93‑1 (MQ=255)
ggggggGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAg > 1:1123738/1‑93 (MQ=255)
gggTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGt < 2:5620224/93‑1 (MQ=255)
gggTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGt > 2:3876269/1‑93 (MQ=255)
gggTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGt < 1:1227318/93‑1 (MQ=255)
ggtggtGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGtt < 1:5145634/93‑1 (MQ=255)
ggtggtGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGtt < 2:5530115/93‑1 (MQ=255)
ggtggtGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGtt < 1:5662742/93‑1 (MQ=255)
ggtggtGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGtt < 1:669591/93‑1 (MQ=255)
tGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTgc > 2:6162214/1‑93 (MQ=255)
|
CGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGC > NC_000913/2370779‑2370958
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAA > NC_000913/2370778‑2370962
|
CCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGT > SRR4302536.4053542/1‑94 (MQ=60)
TGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTT > SRR4302536.6226295/1‑94 (MQ=60)
CGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTT < SRR4302536.4154039/94‑1 (MQ=60)
GATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTC < SRR4302536.1150755/94‑1 (MQ=60)
TGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCAT < SRR4302536.5574174/94‑1 (MQ=60)
TTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTA < SRR4302536.3662237/94‑1 (MQ=60)
TTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTA < SRR4302536.189171/94‑1 (MQ=60)
TTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTA > SRR4302536.1011341/1‑94 (MQ=60)
GTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGG > SRR4302536.245802/1‑94 (MQ=60)
GTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGG < SRR4302536.6641655/94‑1 (MQ=60)
TCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGC < SRR4302536.1813901/94‑1 (MQ=60)
TCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGC < SRR4302536.5457983/94‑1 (MQ=60)
TCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGC < SRR4302536.4058846/94‑1 (MQ=60)
CTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTCAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCG > SRR4302536.2523675/1‑94 (MQ=60)
CTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGGGGGGTTCATTATTGGCG > SRR4302536.5785775/1‑94 (MQ=60)
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TGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGATGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGG > SRR4302536.5550672/1‑94 (MQ=60)
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ATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCAT < SRR4302536.2576939/94‑1 (MQ=60)
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TGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCC > SRR4302536.2354568/1‑94 (MQ=60)
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GTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCG < SRR4302536.3405526/94‑1 (MQ=60)
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AACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGC > SRR4302536.3938602/1‑94 (MQ=60)
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CGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTAT < SRR4302536.2276789/94‑1 (MQ=60)
GTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATT > SRR4302536.5902293/1‑94 (MQ=60)
GTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATT < SRR4302536.4699983/94‑1 (MQ=60)
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ATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCA > SRR4302536.2103831/1‑94 (MQ=60)
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GGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTG < SRR4302536.2021638/94‑1 (MQ=60)
GGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTG < SRR4302536.689221/94‑1 (MQ=60)
GGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTG < SRR4302536.5831046/94‑1 (MQ=60)
GGTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTG < SRR4302536.5299200/94‑1 (MQ=60)
GGTGGTGTTCATTATTGGCGACATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTG < SRR4302536.4430052/94‑1 (MQ=60)
GTGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGC > SRR4302536.3584868/1‑94 (MQ=60)
TGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCG < SRR4302536.3694297/94‑1 (MQ=60)
TGGTGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCG > SRR4302536.4698899/1‑94 (MQ=60)
TGGGGTTCATTATTGGCGGCATTGCGGTCCTCGGGTGTACGGTGTACTGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTCTTGCCTCAGTTGGG > SRR4302536.387681/1‑94 (MQ=60)
TGTTCATTATTGGCGGCATTGCGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAA < SRR4302536.3629762/94‑1 (MQ=60)
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CCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAA > NC_000913/2370778‑2370962
|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
