Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,429,483 |
T→C |
E65E (GAA→GAG) |
dedD ← |
putative lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,429,483 | 0 | T | C | 99.1%
| 367.8
/ NA
| 116 | E65E (GAA→GAG) | dedD | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (55/60); total (56/60) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACTTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGG > NC_000913/2429393‑2429572
|
gACAGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCAcctc < 2:2805137/93‑1 (MQ=255)
ccGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGCGCTGCGGCATCACCTGCCCGCAcctctt < 1:3418463/93‑1 (MQ=255)
cGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACctcttc < 1:1108649/93‑1 (MQ=255)
cGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACctcttc < 2:3740189/93‑1 (MQ=255)
gCAGGTTCGGGTACAACGTCGGTGTTATTGGATGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCTCCTCTTCCGCt < 2:3952743/93‑1 (MQ=255)
gCAGGTTCCGGTTCAACCTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCt < 2:3215880/93‑1 (MQ=255)
gaGGTTCCGGTGCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTg < 1:2813476/92‑1 (MQ=255)
cAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTg < 1:2443427/93‑1 (MQ=255)
aGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTgc < 2:2967084/93‑1 (MQ=255)
aGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTgc < 1:2924712/93‑1 (MQ=255)
aGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTgc < 1:2924710/93‑1 (MQ=255)
aGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATAACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTgc > 2:4044059/1‑93 (MQ=255)
ggTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTgcg > 1:3220406/1‑93 (MQ=255)
gTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTgcgc < 1:1000122/93‑1 (MQ=255)
tCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCt > 1:361642/1‑93 (MQ=255)
ctgTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTc < 1:2633761/91‑1 (MQ=255)
cGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTc < 1:4602824/93‑1 (MQ=255)
cGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGGGCTGCGGCATCACCTGCCCGCAACTCTTACGCTGCGCCTTc > 2:1843358/1‑93 (MQ=255)
gTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCcg > 1:150015/1‑93 (MQ=255)
aaaCTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCcggcgg > 1:2642181/1‑93 (MQ=255)
aaCTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCggcggc > 2:3604289/1‑93 (MQ=255)
aaCTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCggcggc < 2:624442/93‑1 (MQ=255)
aCTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCt > 2:4421403/1‑93 (MQ=255)
tCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGc > 1:333878/1‑93 (MQ=255)
tCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCACACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGc > 1:3852475/1‑93 (MQ=255)
gttgtTATTGGCTGCAATAGTGGCCGTATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGt < 2:4722/91‑1 (MQ=255)
ggTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGTTGCGGCTTCACCTGCCCGCACTTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGt > 1:4200950/1‑93 (MQ=255)
ggTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTCCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGt < 2:4721/93‑1 (MQ=255)
gtgtTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTc > 1:2838092/1‑93 (MQ=255)
gtTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCgg > 2:410384/1‑93 (MQ=255)
gtTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCgg < 2:2856420/93‑1 (MQ=255)
tATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTa > 2:4006322/1‑93 (MQ=255)
tATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTa < 1:1433165/93‑1 (MQ=255)
aTTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCCCCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTaa < 2:2166640/93‑1 (MQ=255)
aTTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTaa < 1:3003914/93‑1 (MQ=255)
aTTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTaa > 1:4591186/1‑93 (MQ=255)
ttGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAAc < 2:2256574/93‑1 (MQ=255)
ggCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGGGCCTTCCGGCGGCTGTGTCGGTAACGc > 1:2925125/1‑93 (MQ=255)
ggCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGc < 1:1027237/93‑1 (MQ=255)
gCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGcc < 2:3581978/93‑1 (MQ=255)
gCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGcc < 1:1579488/93‑1 (MQ=255)
tGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTg < 1:3960512/93‑1 (MQ=255)
tGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTg > 2:2723892/1‑93 (MQ=255)
tGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTg < 1:3302408/93‑1 (MQ=255)
gCATTAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTgg < 2:279685/93‑1 (MQ=255)
gCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTgg < 2:279686/93‑1 (MQ=255)
aaTAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTgggg > 2:1809418/1‑92 (MQ=255)
aaTAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTgggg > 2:1809417/1‑92 (MQ=255)
aaTAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGt < 2:317670/93‑1 (MQ=255)
aaTAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGt < 1:1808263/93‑1 (MQ=255)
aTAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTg < 2:688494/93‑1 (MQ=255)
aTAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTg < 1:666098/93‑1 (MQ=255)
aTAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGAGTCGGTAACGCCTGGGTg < 2:3479858/93‑1 (MQ=255)
tGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTggcgg < 2:4076874/93‑1 (MQ=255)
ggCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTggcggc < 1:1339933/93‑1 (MQ=255)
gCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCt > 2:2367975/1‑93 (MQ=255)
ccGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTg < 1:1876933/93‑1 (MQ=255)
gATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGca > 2:3896302/1‑93 (MQ=255)
gATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGca > 2:3896301/1‑93 (MQ=255)
aTCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGcat > 2:2980188/1‑93 (MQ=255)
cGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGcatca > 2:2888361/1‑93 (MQ=255)
gAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGcatcat > 1:2859476/1‑93 (MQ=255)
gCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCatat < 1:4370980/93‑1 (MQ=255)
gCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGAATTatat > 2:1135855/1‑93 (MQ=255)
gCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGGGGCGGCTGGCATCatat > 2:1135854/1‑93 (MQ=255)
aCGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCAGCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAg < 1:1644698/93‑1 (MQ=255)
aCGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAg < 2:2304152/93‑1 (MQ=255)
aCGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAg < 1:2038495/93‑1 (MQ=255)
aCGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAg > 2:3909215/1‑93 (MQ=255)
aCGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAg > 1:4162107/1‑93 (MQ=255)
gTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCt < 1:558333/93‑1 (MQ=255)
gctgcGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCtca < 2:687239/93‑1 (MQ=255)
tgcGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCtcatc > 1:4126967/1‑93 (MQ=255)
tgcGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCtcatc > 1:2637880/1‑93 (MQ=255)
gcGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCtcatca > 2:4510263/1‑93 (MQ=255)
gcGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCtcatca < 1:1049365/93‑1 (MQ=255)
ggCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACg > 1:2474954/1‑93 (MQ=255)
gCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGa < 2:3165290/93‑1 (MQ=255)
cATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGAt < 2:3007544/93‑1 (MQ=255)
cATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGAt < 1:2405400/93‑1 (MQ=255)
cATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGAt > 2:1733458/1‑93 (MQ=255)
aTCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATc > 2:3392410/1‑93 (MQ=255)
aTCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATc < 1:1246741/93‑1 (MQ=255)
tCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCg > 2:1383204/1‑93 (MQ=255)
tCACCTGCCCGCACCTCGCCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGGCGGGAACGCCCGGGGGGCGGCCGGCAGCATAGCAGGCTCACCACGACCg > 1:3615451/1‑93 (MQ=255)
cACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGc < 2:3586626/93‑1 (MQ=255)
cACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGc > 1:2009665/1‑93 (MQ=255)
cccTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGcc < 2:1795213/92‑1 (MQ=255)
aCCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCCGATGAGGGTCATCCCGATCggc > 1:3434456/1‑91 (MQ=255)
aCCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGcc > 1:3434455/1‑93 (MQ=255)
aCCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCATGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGcc < 1:1775522/93‑1 (MQ=255)
ccTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGccc > 2:4702375/1‑93 (MQ=255)
ccTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGccc > 1:410700/1‑93 (MQ=255)
cTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCg > 1:1669925/1‑93 (MQ=255)
tGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGc < 1:4080563/93‑1 (MQ=255)
tcccGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCt < 2:338750/92‑1 (MQ=255)
gCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCt < 2:710771/93‑1 (MQ=255)
cgccGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCt < 1:955751/91‑1 (MQ=255)
ccGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCttt < 1:2546824/93‑1 (MQ=255)
cACCTCTTCCGCTGCGCATTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCgg > 1:3228397/1‑93 (MQ=255)
|
GACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACTTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGG > NC_000913/2429393‑2429572
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACTTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGGCACC > NC_000913/2429395‑2429576
|
CCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGCGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTC < SRR4302544.3451145/94‑1 (MQ=60)
CGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCC < SRR4302544.1119704/94‑1 (MQ=60)
GAGGTTCCGGTGCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGC < SRR4302544.2840628/94‑1 (MQ=60)
CAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGC < SRR4302544.2466723/94‑1 (MQ=60)
AGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCG > SRR4302544.3251135/1‑94 (MQ=60)
AGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCG < SRR4302544.2952825/94‑1 (MQ=60)
AGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCG < SRR4302544.2952823/94‑1 (MQ=60)
GTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCC < SRR4302544.1010029/94‑1 (MQ=60)
TTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCT > SRR4302544.365336/1‑94 (MQ=60)
CTGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCC < SRR4302544.2659004/94‑1 (MQ=60)
CGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCC < SRR4302544.4648574/94‑1 (MQ=60)
GGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCG > SRR4302544.151454/1‑94 (MQ=60)
CAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGG > SRR4302544.2667509/1‑94 (MQ=60)
CTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGC > SRR4302544.337344/1‑94 (MQ=60)
CTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCACACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGC > SRR4302544.3890715/1‑94 (MQ=60)
CTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGACGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATTACCATCCCGCATCTCTTCCGCTGCGCCTcgcgggcgatcg > SRR4302544.337345/1‑82 (MQ=60)
CGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGTTGCGGCTTCACCTGCCCGCACTTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGT > SRR4302544.4242903/1‑94 (MQ=60)
GGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTC > SRR4302544.2865500/1‑94 (MQ=60)
TATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAA > SRR4302544.4636866/1‑94 (MQ=60)
TATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAA < SRR4302544.1447428/94‑1 (MQ=60)
ATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAAC < SRR4302544.3032708/94‑1 (MQ=60)
TGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGGGCCTTCCGGCGGCTGTGTCGGTAACGC > SRR4302544.2953240/1‑94 (MQ=60)
TGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGC > SRR4302544.2953239/1‑94 (MQ=60)
GGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCC < SRR4302544.1037482/94‑1 (MQ=60)
GCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCT < SRR4302544.3487865/94‑1 (MQ=60)
GCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCT < SRR4302544.1595098/94‑1 (MQ=60)
TGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGG < SRR4302544.3333861/94‑1 (MQ=60)
TGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGG < SRR4302544.3999896/94‑1 (MQ=60)
GCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGG > SRR4302544.257104/1‑94 (MQ=60)
aatgggggcgggagCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCGCCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTG < SRR4302544.4344346/80‑1 (MQ=60)
AATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTG < SRR4302544.1825937/94‑1 (MQ=60)
ATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGG < SRR4302544.672673/94‑1 (MQ=60)
TAGTGGGGGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCCCCTCTTCCGCTCCGCCTTCCGGCGGGTGAGTCGGTAACGCCTGGGTGGC < SRR4302544.255544/94‑1 (MQ=60)
AGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCG < SRR4302544.2805276/94‑1 (MQ=60)
GGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCT < SRR4302544.1353174/94‑1 (MQ=60)
CCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGG < SRR4302544.1895080/94‑1 (MQ=60)
CGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCAT > SRR4302544.3298579/1‑94 (MQ=60)
CGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCAT > SRR4302544.2887078/1‑94 (MQ=60)
AGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATAT > SRR4302544.4121054/1‑94 (MQ=60)
GCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATC < SRR4302544.4415299/94‑1 (MQ=60)
GACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCTGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAG > SRR4302544.1309829/1‑94 (MQ=60)
GACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAG > SRR4302544.4203338/1‑94 (MQ=60)
ACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCAGCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGG < SRR4302544.1660912/94‑1 (MQ=60)
ACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGG < SRR4302544.2058181/94‑1 (MQ=60)
CGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGC > SRR4302544.566730/1‑94 (MQ=60)
GTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTC < SRR4302544.563793/94‑1 (MQ=60)
CTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATC > SRR4302544.2663164/1‑94 (MQ=60)
CTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATC > SRR4302544.4167896/1‑94 (MQ=60)
GCGTCATCTCCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCAC < SRR4302544.4350933/94‑1 (MQ=60)
GCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCAC < SRR4302544.1059763/94‑1 (MQ=60)
CGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACG > SRR4302544.2498620/1‑94 (MQ=60)
CATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATC < SRR4302544.2428234/94‑1 (MQ=60)
CATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATC > SRR4302544.1685784/1‑94 (MQ=60)
ATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCG < SRR4302544.1259022/94‑1 (MQ=60)
ATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGGCGGTAACGCCCGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCGTCACGATCG > SRR4302544.1974189/1‑94 (MQ=60)
ATCACCTGCCCGCACCTCGCCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGGCGGGAACGCCCGGGGGGCGGCCGGCAGCATAGCAGGCTCACCACGACCG > SRR4302544.3651097/1‑94 (MQ=26)
TCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGC > SRR4302544.2029190/1‑94 (MQ=60)
CACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCcgatgagggtcatcccgatcggc > SRR4302544.3467285/1‑71 (MQ=60)
CACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCC > SRR4302544.3467284/1‑94 (MQ=60)
ACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCC > SRR4302544.414886/1‑94 (MQ=60)
ACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCATGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCC < SRR4302544.1792898/94‑1 (MQ=60)
CCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCG > SRR4302544.1686381/1‑94 (MQ=60)
TGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCT < SRR4302544.4121156/94‑1 (MQ=60)
cgCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTT < SRR4302544.965144/92‑1 (MQ=60)
CCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTC < SRR4302544.2571280/94‑1 (MQ=60)
GCACCTCTTCCGCTGCGCATTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGG > SRR4302544.3259277/1‑94 (MQ=60)
ACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCTGCA > SRR4302544.3054770/1‑94 (MQ=60)
ACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGGCA > SRR4302544.1034544/1‑94 (MQ=60)
CCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGGCAC > SRR4302544.1575241/1‑94 (MQ=60)
CCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGCCACCATATCAGGCTCATCACGATCGACCGCTTTCGcaac > SRR4302544.1575242/1‑90 (MQ=60)
CTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGGCACC < SRR4302544.560024/94‑1 (MQ=60)
|
CCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACTTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGGCACC > NC_000913/2429395‑2429576
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
