Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,418,628 |
A→G |
A286A (GCA→GCG) |
b3269 → |
putative transport system permease protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,418,628 | 0 | A | G | 100.0%
| 472.5
/ NA
| 147 | A286A (GCA→GCG) | b3269 | putative transport system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (81/66); total (81/66) |
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
TTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCG > NC_000913/3418538‑3418717
|
tttAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGt > 2:3272246/1‑93 (MQ=255)
tttAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGCTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGt > 1:575873/1‑93 (MQ=255)
ttAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTg < 1:3778995/93‑1 (MQ=255)
ttAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTg > 1:2507016/1‑93 (MQ=255)
aTTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCt > 2:1921158/1‑93 (MQ=255)
aTTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCt < 2:1155625/93‑1 (MQ=255)
aTTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCt < 1:2943182/93‑1 (MQ=255)
tCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTa > 2:4519676/1‑93 (MQ=255)
tCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTa < 1:4668905/93‑1 (MQ=255)
tCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTa < 1:4668904/93‑1 (MQ=255)
tCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTa > 1:2532032/1‑93 (MQ=255)
cTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATg > 1:4519931/1‑93 (MQ=255)
tGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATgg > 2:3620979/1‑93 (MQ=255)
tGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATgg > 2:157079/1‑93 (MQ=255)
tGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATgg > 1:91120/1‑93 (MQ=255)
tGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATgg > 1:2161438/1‑93 (MQ=255)
cTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCaa < 2:1454144/93‑1 (MQ=255)
cTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCaa > 2:527261/1‑93 (MQ=255)
tGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAAc < 1:3189673/93‑1 (MQ=255)
aGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGa > 1:3044720/1‑93 (MQ=255)
gCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGaa > 1:2165347/1‑93 (MQ=255)
ctttATCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAg < 2:3790566/91‑1 (MQ=255)
ccTTAACGCTGGCATGTTCGTTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCTTTATGGTCAACATGAAg < 2:4063646/93‑1 (MQ=255)
ccTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAg < 1:2180733/93‑1 (MQ=255)
ccTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAg > 2:2896504/1‑93 (MQ=255)
ccTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAg < 2:4063645/93‑1 (MQ=255)
ccTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAg > 1:3219989/1‑93 (MQ=255)
ttAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCg > 2:2303479/1‑93 (MQ=255)
ttAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCg > 2:2303478/1‑93 (MQ=255)
aaCGCTGGCACTTTCGGTTTATAGATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGc < 2:2589608/93‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGc < 2:367302/93‑1 (MQ=255)
aCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCt > 2:1205530/1‑93 (MQ=255)
aCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCt > 2:2555429/1‑93 (MQ=255)
aCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTAGGGTCAACATGAAGCgccg > 2:3811925/1‑90 (MQ=255)
cGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTc > 1:2329504/1‑93 (MQ=255)
cGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTc < 1:2327868/93‑1 (MQ=255)
gCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCg > 1:3316131/1‑93 (MQ=255)
gCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCg > 1:2068908/1‑93 (MQ=255)
gCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCg > 1:538721/1‑93 (MQ=255)
tGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGt < 1:2273451/93‑1 (MQ=255)
cACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCAc < 2:868902/93‑1 (MQ=255)
aCTTTCGGTGTATACATCTGCACTAATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGACCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACt < 2:1264364/93‑1 (MQ=255)
cTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTg < 1:993157/93‑1 (MQ=255)
tttCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCAGTgg > 2:4454396/1‑93 (MQ=255)
tttCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACtcg > 1:3742619/1‑91 (MQ=255)
tttCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTgg > 1:1984147/1‑93 (MQ=255)
tgtCGGTTTATAGATCTGCATTTATCGCCAAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGCCGGTGCGTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTgg < 2:1186860/91‑1 (MQ=255)
tCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGa < 1:1656856/93‑1 (MQ=255)
gTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTAGGTCACTGGGATTa > 1:3534759/1‑93 (MQ=255)
tttATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTAc > 1:761467/1‑93 (MQ=255)
tttATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTAc > 2:560483/1‑93 (MQ=255)
tataCATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTAccc > 1:3023509/1‑93 (MQ=255)
gtaCATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGGCACTGGGATTACCCa > 2:2879954/2‑93 (MQ=255)
ataCATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCa > 2:2181763/1‑93 (MQ=255)
cATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAAcc > 1:1749426/1‑93 (MQ=255)
aTCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAAccc < 1:4347056/93‑1 (MQ=255)
cttcATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGTGCCAGGCGGTACCTTATGGTCATCATGAAGCGGCTTGGTCACTGGGATTGCCCAACCCgg < 2:3348189/90‑1 (MQ=255)
tGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGt > 1:4144378/1‑93 (MQ=255)
gCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCCACCCGGtt > 2:1938553/1‑93 (MQ=255)
cATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTta < 2:434679/93‑1 (MQ=255)
aTTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtac > 1:4391055/1‑93 (MQ=255)
aTTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtac > 1:3219891/1‑93 (MQ=255)
tttATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacg < 1:3407388/93‑1 (MQ=255)
ttATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCATCCCGGTtacgc < 2:1749198/93‑1 (MQ=255)
tATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacgct > 2:389146/1‑93 (MQ=255)
tATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacgct > 1:1089845/1‑93 (MQ=255)
aTCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTttcgcta > 2:2142597/1‑93 (MQ=255)
aTCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGGCACTGGGATTACCCCACCCGGGtacgcta > 2:490443/1‑93 (MQ=255)
aTCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGAACCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacgcta < 2:1219287/93‑1 (MQ=255)
aTCGCCGAGATTATCCGCGCTGGCATCCAGGCGGTGCCTTATTGTTAACATGAAGCGGCTCGGTCACGGGGATTTCCCAACTCGGTtacggta < 2:1219288/93‑1 (MQ=255)
gCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacgctacgc > 1:4464075/1‑93 (MQ=255)
ccGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGcc < 2:1555924/93‑1 (MQ=255)
gagaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAg < 1:2046093/93‑1 (MQ=255)
agaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAgg < 1:2584089/93‑1 (MQ=255)
aTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGTCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTc < 2:2714926/93‑1 (MQ=255)
aTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTc < 2:2714927/93‑1 (MQ=255)
aTCCGCGCTGGGATCCCGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGCAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCCACCCGGTTACGCTCCGCCCGGTCatt > 1:1896797/1‑93 (MQ=255)
aTCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGGCatt > 1:2015265/1‑93 (MQ=255)
ccGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCCACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCattat > 1:1774177/1‑93 (MQ=255)
gcgcTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTc < 2:3785128/93‑1 (MQ=255)
cgcTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTcc > 1:1295807/1‑93 (MQ=255)
gcTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTccc > 1:1862667/1‑93 (MQ=255)
gcTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTccc < 2:16315/93‑1 (MQ=255)
cTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTcccc < 1:3985439/93‑1 (MQ=255)
tGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCa > 2:2108002/1‑93 (MQ=255)
tGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCa < 1:2597159/93‑1 (MQ=255)
gggATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAg > 2:732317/1‑93 (MQ=255)
gggATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAg < 2:1821942/93‑1 (MQ=255)
gggATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAg < 2:1370258/93‑1 (MQ=255)
gATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGc < 2:1654781/93‑1 (MQ=255)
aTCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCa < 2:1225934/93‑1 (MQ=255)
tCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAt > 1:3172202/1‑93 (MQ=255)
tCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAt > 1:705146/1‑93 (MQ=255)
ccAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAtt < 2:3129377/93‑1 (MQ=255)
ccAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAtt < 2:2089866/93‑1 (MQ=255)
ccAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGGTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAtt > 2:4419180/1‑93 (MQ=255)
cAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTg < 2:4257031/93‑1 (MQ=255)
cAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTg < 2:4167668/93‑1 (MQ=255)
cAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTg < 2:960836/93‑1 (MQ=255)
aGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGGTTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCCTTATTCCCCAGGCCTTGc > 2:3135834/1‑93 (MQ=255)
|
TTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCG > NC_000913/3418538‑3418717
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGG > NC_000913/3418535‑3418719
|
GGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCG < SRR4302544.1603621/94‑1 (MQ=60)
GGGTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCG < SRR4302544.1603619/94‑1 (MQ=60)
GTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGG < SRR4302544.3626483/94‑1 (MQ=60)
TTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGCTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGT > SRR4302544.581500/1‑94 (MQ=60)
TTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTG > SRR4302544.2531052/1‑94 (MQ=60)
TTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGC < SRR4302544.3816428/94‑1 (MQ=60)
AATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCT > SRR4302544.4255145/1‑94 (MQ=60)
AATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCT > SRR4302544.3903501/1‑94 (MQ=60)
ATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTT < SRR4302544.2971451/94‑1 (MQ=60)
TTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTA > SRR4302544.2556359/1‑94 (MQ=60)
TCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTAT < SRR4302544.4715065/94‑1 (MQ=60)
TCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTAT < SRR4302544.4715064/94‑1 (MQ=60)
CCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATG > SRR4302544.4565186/1‑94 (MQ=60)
CTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGG > SRR4302544.91974/1‑94 (MQ=60)
CTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGG > SRR4302544.2181962/1‑94 (MQ=60)
AACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCA < SRR4302544.1759060/94‑1 (MQ=60)
CTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAAC > SRR4302544.2572144/1‑94 (MQ=60)
TGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACA < SRR4302544.3220063/94‑1 (MQ=60)
GGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACAT > SRR4302544.2042609/1‑94 (MQ=60)
CAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGA > SRR4302544.3073836/1‑94 (MQ=60)
AGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAA > SRR4302544.2185898/1‑94 (MQ=60)
GCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAG > SRR4302544.3250711/1‑94 (MQ=60)
GCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAG > SRR4302544.3250712/1‑94 (MQ=60)
CCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGC < SRR4302544.2201378/94‑1 (MQ=60)
CCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGC < SRR4302544.3397256/94‑1 (MQ=60)
ACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTC > SRR4302544.2351589/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCG < SRR4302544.2349937/94‑1 (MQ=60)
CGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCG > SRR4302544.2088773/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCG > SRR4302544.544041/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCG > SRR4302544.3347719/1‑94 (MQ=60)
GCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGG > SRR4302544.4486145/1‑94 (MQ=60)
TGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTC < SRR4302544.2294855/94‑1 (MQ=60)
GGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCA > SRR4302544.2505661/1‑94 (MQ=60)
CTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGG < SRR4302544.1002971/94‑1 (MQ=60)
CTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGG > SRR4302544.2003413/1‑94 (MQ=60)
CTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGG > SRR4302544.625252/1‑94 (MQ=60)
CTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTCG > SRR4302544.3779805/1‑94 (MQ=60)
TTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGA < SRR4302544.186020/94‑1 (MQ=60)
TCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGAT < SRR4302544.1673186/94‑1 (MQ=60)
GGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTAGGTCACTGGGATTA > SRR4302544.3568568/1‑94 (MQ=60)
GTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTAC > SRR4302544.768893/1‑94 (MQ=60)
TTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCC > SRR4302544.3052482/1‑94 (MQ=60)
TACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAAC > SRR4302544.3205201/1‑94 (MQ=60)
ACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACC > SRR4302544.1766551/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCG < SRR4302544.4391239/94‑1 (MQ=60)
CTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGT > SRR4302544.4185405/1‑94 (MQ=60)
GCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTA < SRR4302544.1939730/94‑1 (MQ=60)
CATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTAC > SRR4302544.3250611/1‑94 (MQ=60)
CATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTAC > SRR4302544.4435484/1‑94 (MQ=60)
TTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGC < SRR4302544.3439967/94‑1 (MQ=60)
TTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCT > SRR4302544.1100684/1‑94 (MQ=60)
CGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGC > SRR4302544.4508998/1‑94 (MQ=60)
GAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGG < SRR4302544.2065813/94‑1 (MQ=60)
AGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGT < SRR4302544.2608935/94‑1 (MQ=60)
TATCCGCGCTGGGATCCCGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGCAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCCACCCGGTTACGCTCCGCCCGGTCATT > SRR4302544.1915130/1‑94 (MQ=60)
TATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGGCATT > SRR4302544.2034842/1‑94 (MQ=60)
TCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCCACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTAT > SRR4302544.1791540/1‑94 (MQ=60)
GCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCC > SRR4302544.1308568/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCC > SRR4302544.1880665/1‑94 (MQ=60)
GCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCC > SRR4302544.4679734/1‑94 (MQ=60)
CTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCA < SRR4302544.4025108/94‑1 (MQ=60)
CTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCA < SRR4302544.3072831/94‑1 (MQ=60)
TGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAG < SRR4302544.2348349/94‑1 (MQ=60)
TGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAG < SRR4302544.2622129/94‑1 (MQ=60)
GGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCACCCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGC < SRR4302544.2196279/94‑1 (MQ=60)
ATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAT > SRR4302544.712157/1‑94 (MQ=60)
ATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAT > SRR4302544.3202385/1‑94 (MQ=60)
CCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTG < SRR4302544.854337/94‑1 (MQ=60)
CAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGC > SRR4302544.2114895/1‑94 (MQ=60)
AGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCG < SRR4302544.4733823/94‑1 (MQ=60)
AGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCACGCATTGCG > SRR4302544.2848679/1‑94 (MQ=60)
AGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGCGCTTATTCCCCAGGGCTTGCG > SRR4302544.363202/1‑94 (MQ=60)
GCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATCCCACAGGCATTGCGGG < SRR4302544.3054630/94‑1 (MQ=60)
|
GGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGG > NC_000913/3418535‑3418719
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
